曲がるDNAを用いた信号変換素子の構築と分析化学的応用

使用可弯曲 DNA 构建信号转换元件和分析化学应用

• 批准号: 17655036
• 负责人: 井原 敏博
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Kumamoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17655036/
• 关键词: DNAコンジュゲ-ト; アロステリック制御; 金属錯体; 融解実験; 機能性核酸; 三本鎖DNA; ターピリジン; 遺伝子診断; DNAコンジュゲート; DNAコンジュケート; 金属配位性アミダイト試薬; 高次構造制御; 熱的安定性; オリゴヌクレオチド

terpyridine(terpy)は適当な金属イオンとの結合によりそのコンフォメーションが変化し、構造の自由度が著しく制限される。本研究では、terpyを基体とするアミダイト試薬を合成した。これを利用すると骨格中にterpyを組み込んだ、DNA、およびRNAを自動合成装置内で容易に合成することができる。オリゴデオキシヌクレオチド骨格中にterpyを組み込んだ幾つかのDNAコンジュゲート合成した。このコンジュゲートの二本鎖形成、および三本鎖形成に及ぼす金属イオンの効果を検討した。二本鎖中にterpyを導入した場合には金属イオン、特にNi^<2+>共存下、二本鎖構造が大きく安定化することが確認された。金属イオンとの錯生成により、terpyがより固い構造となり、エントロピー的に安定化した結果と考えられる。一方、三本鎖形成に関してはパラレルモチーフの2つのピリミジン鎖を結ぶループ部位にterpyを導入したものについて検討した。興味深いことに、この系では金属イオンにより三本鎖が著しく不安定化することが明らかになった。すなわち、Cu^<2+>共存下、融解温度にして約14℃、結合定数にして1/1000の不安定化であった。コンピュータシミュレーションなどの構造解析の結果、用いたterpy骨格はそのトランス状態でリンカーを含めた長さが三本鎖の直径とほぼ等しく、また芳香族のスタッキングの効果も加わって理想的なループとして振る舞うが、金属イオンとの錯生成によりcis型となり全体の長さが4-5Å短くなることがわかった。錯生成によりループ近傍の構造には歪みが誘起され、塩基間の水素結合、スタッキングを著しく乱すためであろうと考えている。同じ構造でありながら導入する箇所の違いにより構造の安定性を高めたり低めたりすることが可能であることがわかり、これは今後の機能性核酸への導入に向けて非常に貴重な知見となる。

Terpyridine (terpy). When the metal is combined with the metal, the degree of freedom is determined by the degree of freedom. In this study, the matrix of terpy was used to synthesize the compound. It is easy to make use of the terpy in the bone lattice to make use of the hardware in the automatic synthesis device, such as DNA, DNA, and so on, to synthesize the device. This is the first time that terpy has been found in the bone lattice. This is not true. This is not true. In the bone lattice, you need to learn how to synthesize DNA. The formation of an ordinary university, the formation of an ordinary university, and the formation of an ordinary university and an ordinary university. In the case of the coexistence of terpy and special Ni ^ & lt;2+> in an ordinary university, it is necessary to build an ordinary university, stabilize it, and confirm it. The results of the stabilization test of the metal, the terpy, the metal, the metal and the metal. One party and three colleges and universities are responsible for the formation of secondary education. This is the first time that the terpy has been registered in the third part of the university. There is a deep taste, and there are three books in the department of metal, metal, and so on. Under the coexistence of copper, copper and lt;2+>, the melting temperature is about 14 ℃ and the fixed number is 1000 ℃. This is the first time to analyze the results of the experiment, to use the terpy bone lattice to analyze the results, to use the bone structure to analyze the results, to use the bone matrix to analyze the results, to use the bone structure to analyze the results, to use the bone matrix to analyze the results. The metal alloy is used to generate a high-speed, low-cost, high-speed, high-speed, low-temperature, low-temperature, The production system is close to the production system, the system is the combination of water and water in the system, and the production system is in the vicinity of the system. In the same way, the information system is used to increase the stability of the system. It is possible to improve the stability of the system. In the future, it is important to know that the functional nucleic acid is very important.

项目成果

Colorimetric allele typing through cooperative binding of DNA probes carrying a metal chelator for luminescent lanthanide ions.

• DOI: 10.1016/j.ab.2006.09.009
• 发表时间: 2006-12
• 期刊: Analytical biochemistry
• 影响因子: 2.9
• 作者: Yusuke Kitamura;T. Ihara;Y. Tsujimura;Yuka Osawa;M. Tazaki;A. Jyo

Metal Ion-Directed Cooperative DNA Labeling and Its Application to Colorimetric SNP Genotyping

金属离子定向协同 DNA 标记及其在比色 SNP 基因分型中的应用

• 发表时间: 2007
• 作者: Pelin Arslan;Toshihiro Ihara;Yusuke Kitamura;Yusuke Kitamura;Toshihiro Ihara;Toshihiro Ihara;Toshihiro Ihara;Yusuke Kitamura;Yusuke Kitamura;Toshihiro Ihara;Toshihiro Ihara;今村 隆亮;井原 敏博;Toshihiro Ihara
• 通讯作者: Toshihiro Ihara

The effect of local structural disruption on the yield of photochemical ligation between anthracene-oligonucleotide conjugates

局部结构破坏对蒽-寡核苷酸缀合物之间光化学连接产率的影响

• 发表时间: 2008
• 期刊: Analytical Sciences 24
• 作者: Pelin Arslan

Asymmetric Cooperativity in Tandem Hybridization of Enantiomeric Metal Complex-Tethered Short Fluorescent DNA Probe

对映体金属配合物系链短荧光 DNA 探针串联杂交中的不对称协同性

• 发表时间: 2005
• 期刊: Chemical Communications
• 影响因子: 4.9
• 作者: Pelin Arslan;Toshihiro Ihara;Yusuke Kitamura;Yusuke Kitamura;Toshihiro Ihara;Toshihiro Ihara;Toshihiro Ihara;Yusuke Kitamura
• 通讯作者: Yusuke Kitamura

Colorimetric Allele Analysis Based on the DNA-directed Cooperative Formation of Luminous Lanthanide Complexes

基于 DNA 指导协同形成发光稀土配合物的比色等位基因分析

• 发表时间: 2006
• 期刊: Nucleic Acids Symposium Series 50
• 作者: Pelin Arslan;Toshihiro Ihara;Yusuke Kitamura;Yusuke Kitamura
• 通讯作者: Yusuke Kitamura