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「植物ゲノムの転写単位新生能」を定量的に評価する手法の確立と応用

「植物ゲノムの転写単位新生能」を定量的に評価する手法の確立と応用
定量评价“植物基因组转录单元新一代潜力”方法的建立及应用
批准号：
17657016
负责人：
小保方 潤一
金额：
$1.86万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2005 至 2006
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17657016/
关键词：
植物ゲノムゲノムシャフリング転写単位の新生プロモータートラップ実験直物ゲノム

项目摘要

项目成果

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植物ゲノムで配列のシャフリング(DNA鎖の混ぜ合わせ=切断・交差・組換え、構造遺伝子の挿入・転移など)が生じたとき、それまで全く転写物の見られなかったDNA領域に突如として新規の転写産物が出現することがある。言い換えれば、プロモーターの無かったはずの領域で転写が始まる、ということである。このような現象が、本研究で対象とする「転写単位の新生」である。この現象は植物のゲノムや遺伝子システムの可塑性やダイナミズムを左右する重要な要因と考えられるが、これまでまとまった研究は行われていない。本研究では、この現象を定量的に解析する実験系を確立し、この現象の性質とその背後にある分子機構について、解析の端緒を開くことを目的としている。<本年度の成果>。(1)挿入発現系統の転写開始点を効率よく決定するために、cap-trapper法を用いた転写開始点のハイスループットマッピングを行い、良好な結果が得られた。そこで、昨年度まで主にRNase protection法で行っていた解析作業を、順次、本法に変更した。(2)上記の変更によって、転写開始点の解析スピードが大巾にアップしたため、新たに、以下の挿入系統の解析に着手した。・エキソントラップ系統植物でマーカーの発現が確認されているもの=T2世代、約300系統・IRESを含むトラップ系統植物で発現が確認されてるもの=T2世代,約400系統・エキソントラップ植物のT1種子=1〜数万系統に相当(3)本報告書作成時点で、上記(2)の解析を進めており、近日中にその成果をまとめたい。
期刊论文(8)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
C-to-U RNA編集.
C 到 U RNA 编辑。
DOI： --
发表时间： 2005
期刊： 医学のあゆみ 215
影响因子： --
作者： [宮本徹也, 小保方潤一, 杉浦昌弘, 小保方潤一, 小保方潤一]
通讯作者： 小保方潤一
Identification of plant promoter constituents by analysis of local dstribution of short sequences.
通过分析短序列的局部分布来鉴定植物启动子成分。
DOI： --
发表时间： 2007
期刊： BMC Genomics 8
影响因子： --
作者： [Yamamoto, YY., Ichida, H., Matsui, M., Obokata, J., Sakurai, T., Satou, M., Seki, M., Shinozaki, K., Abe, T.]
通讯作者： T.
Remote control of photosynthetic genes by the mitochondrial respiratory chain.
DOI： 10.1111/j.1365-313x.2006.02839.x
发表时间： 2006-09
期刊： The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子： --
作者： [M. Matsuo;J. Obokata]
通讯作者： M. Matsuo;J. Obokata
Systematic enrichment of translational regulatory elements.
系统丰富翻译调控元件。
DOI： --
发表时间： 2006
期刊： Analytical Biochemistry 354
影响因子： --
作者： [Nagao, I., Obokata, J.]
通讯作者： J.
共 7 条
    転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用
    • 批准号：
      19657016
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.3万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明
    • 批准号：
      18017014
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $5.63万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    高等植物における葉緑体RNAエディティングの分子機構の解明
    • 批准号：
      17026014
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $3.52万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明
    • 批准号：
      17018017
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $3.78万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University