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「植物ゲノムの転写単位新生能」を定量的に評価する手法の確立と応用

定量评价“植物基因组转录单元新一代潜力”方法的建立及应用

基本信息

批准号：
17657016
负责人：
小保方潤一
金额：
$ 1.86万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

植物ゲノムで配列のシャフリング(DNA鎖の混ぜ合わせ=切断・交差・組換え、構造遺伝子の挿入・転移など)が生じたとき、それまで全く転写物の見られなかったDNA領域に突如として新規の転写産物が出現することがある。言い換えれば、プロモーターの無かったはずの領域で転写が始まる、ということである。このような現象が、本研究で対象とする「転写単位の新生」である。この現象は植物のゲノムや遺伝子システムの可塑性やダイナミズムを左右する重要な要因と考えられるが、これまでまとまった研究は行われていない。本研究では、この現象を定量的に解析する実験系を確立し、この現象の性質とその背後にある分子機構について、解析の端緒を開くことを目的としている。<本年度の成果>。(1)挿入発現系統の転写開始点を効率よく決定するために、cap-trapper法を用いた転写開始点のハイスループットマッピングを行い、良好な結果が得られた。そこで、昨年度まで主にRNase protection法で行っていた解析作業を、順次、本法に変更した。(2)上記の変更によって、転写開始点の解析スピードが大巾にアップしたため、新たに、以下の挿入系統の解析に着手した。・エキソントラップ系統植物でマーカーの発現が確認されているもの=T2世代、約300系統・IRESを含むトラップ系統植物で発現が確認されてるもの=T2世代,約400系統・エキソントラップ植物のT1種子=1〜数万系統に相当(3)本報告書作成時点で、上記(2)の解析を進めており、近日中にその成果をまとめたい。

Plant DNA sequences (DNA lock hybrids = cut, cross, change, structural gene insertion, shift, etc.) are generated, and all DNA sequences are found in the DNA domain. In the middle of the sentence, there is no such thing as writing. This study aims at the phenomenon of "new generation of writing units". The important reason for this phenomenon is that the plasticity of plant growth and development is the key factor in the study of plant growth and development. In this study, the quantitative analysis of this phenomenon is carried out to establish the molecular mechanism behind the nature of this phenomenon, and the end of the analysis is opened to the purpose. "This year's results." (1)The write start point of the discovery system is determined by the cap-trapper method. The RNase protection method is used to analyze the operation, sequence and change the method. (2)The analysis of the starting point of the above record and the new entry point shall be started. The discovery of plant species in the T2 generation, approximately 300 systems·IRES, including the T1 seed of plant species in the T2 generation, approximately 400 systems·IRES, approximately 1 to tens of thousands of systems (3) The date of preparation of this report, the analysis of the above (2), and the results of recent studies.