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シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明

阐明共生发生的启动子获取原理

基本信息

批准号：
18017014
负责人：
小保方潤一
金额：
$ 5.63万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

シンビオジェネシスの過程では、一般に、細胞内共生者から宿主核への遺伝子移動が生じる。本研究の目的は、この過程で生じるプロモーター獲得の一般的な原理を明らかにすることである。本年度の具体的な研究成果を以下に示す。(1)CT-MPSS法を用いて、シロイヌナズナの転写開始点(TSS)をゲノム上に約16万マップした。これは植物のTSSデータとしては世界最大規模であり、かつ、定量的な解析のできる唯一のデータセットである。(2)上記のTSSデータを解析したところ、シロイヌナズナのコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われていることが明らかになった。さらに、動物ゲノムでの転写開始領域に頻出するCpGアイランドがシロイヌナズナでは見出されず、動物のCpG配列に相当するニッチを植物ではピリミジンに富んだ配列が占めていることがわかった。(3)本研究によって蓄積されつつある植物の転写開始点とプロモーター配列の情報を一般に公開するため、Ppdbと名付けたデータベースを作成した。2007年6月末からの半年間で、世界49カ国から約100,000件のアクセスがあった。(4)ヒメツリガネゴケのTSS/プロモーターデータを解析してPpdbに収録する作業を、基生研の長谷部先生のグループと共同で進めた。また、東大の佐藤直樹先生と共同して、植物オルソログ遺伝子プロモーターの比較解析を進めている。(5)非常に微弱な転写活性しか見られなかったゲノムの領域に「プロモーターの無いマーカー遺伝子」が挿入されると、その領域からの転写物レベルが大きく増大する事例が見出された。この現象のメカニズムを実験的に検討したところ、「下流の構造遺伝子配列」が「コアプロモーター領域」の位置を決定するシス因子として作用している可能性が示唆された。

During the process of development, the host nucleus and its progeny are transferred from the intracellular symbiont to the host nucleus. The purpose of this study is to obtain general principles for the process of development. The specific research results of this year are shown below. (1)CT-MPSS method is used to determine the starting point of writing (TSS). This is the world's largest plant TSS analysis, quantitative analysis and unique analysis. (2)The above analysis of TSS data shows that it is necessary to allocate the data in the domain of TSS data. In addition, animals and plants have to be prepared for the first time in the field of CpG, CpG. (3)This study is aimed at creating a set of information on the plant's starting point and distribution in general. At the end of June 2007, there were about 100,000 pieces of paper in 49 countries around the world. (4)The TSS/PDB analysis of the data collected by Mr. Nagatani of the Basic Research Institute was carried out jointly. A comparative analysis of plant growth patterns by Mr. Naoki Sato and Mr. Toda (5)Very weak writing activity can be seen in the field of "no matter what kind of material", and there are cases where the writing activity increases greatly. This phenomenon is discussed in the context of the "downstream structural component arrangement" and the "downstream structural component arrangement". The possibility of the factor and action in determining the position of the "upstream domain" is indicated.

项目成果

期刊论文数量（15）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

高密度转录起始位点分析揭示拟南芥核心启动子结构的多样性

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
0
作者：
山本義治;吉次友昭;櫻井哲也;関原明;篠崎一雄;小保方潤一
通讯作者：
小保方潤一

流動するゲノム -葉緑体DNAから垣間見る真核ゲノムの動態

不断变化的基因组 - 从叶绿体 DNA 观察真核基因组的动态

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
現代化学 436
影响因子：
0
作者：
Yamamoto YY;Ichida H;Matsui M;Obokata J;Sakurai T;Satou M;Seki M;Shinozaki K;Abe T;小保方潤一
通讯作者：
小保方潤一

ppdb: a plant promoter database

DOI：
10.1093/nar/gkm785
发表时间：
2008-01-01
期刊：
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
影响因子：
14.9
作者：
Yamamoto, Yoshiharu Y.;Obokata, Junichi
通讯作者：
Obokata, Junichi

Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences.

DOI：
10.1186/1471-2164-8-67
发表时间：
2007-03-08
期刊：
BMC genomics
影响因子：
4.4
作者：
Yamamoto YY;Ichida H;Matsui M;Obokata J;Sakurai T;Satou M;Seki M;Shinozaki K;Abe T
通讯作者：
Abe T

Systematic enrichment of translational regulatory elements.

系统丰富翻译调控元件。