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生物界全般において多様性、系統分類や進化の評価に適用可能な分子マーカーの開発

开发可用于评估整个生物世界的多样性、系统发育分类和进化的分子标记

基本信息

批准号：
17657030
负责人：
渡邉和男
金额：
$ 2.18万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

既存のゲノム研究モデル生物種からのデーターマイニングや機能ゲノム解析に基づき,生物種を答わずユニバーサルに種内遺伝的多様性、系統分類や進化について迅速かつ簡易に評価できる生物界全般に適用できるDNAマーカーの設計を行い、試用した。今年度は,多様性の測定について緊急性のある絶滅危惧種や損失危惧在来品種について試用検討を行うとともに、土壌微生物等への試験も行った。I)キンポウゲ科のミシマバイカモについては、遺伝子マーカーの適用は適正であったが,すでに多様性は失われていることがわかった。II)作物伝統的在来品種について,2件の例を試用した。ショウガ科については、同科のSSRマーカーがないため、単子葉植物の典型のイネのSSRを用いて,cross compatibilityを評価し,これらがRAPDマーカー的に使えることを見いだした。このようなマーカーと機能ゲノムベースのPBAマーカーで検出できる多様性の検討も行った。PBAマーカー等本研究自前のマーカーのほうが簡便迅速に多様性評価ができることが認められた。東南アジア在来のトマト品種についても迅速な多様性検定が,従来のSSRと比べてPBAで可能であることが認められた。これらの一部は論文発表される。III)土壌微生物メタゲノムについては、従来のrDNA領域ではなく,インタースペーサーを用いたRISAについて汎用性を確認し,多様性解析の適していることが認められた。IV)動物についても,メダカの多様性の評価は材料収集状況があるため、現在まだ進行中である。V)上記事例に基づき,遺伝的多様性を測定できる分子マーカー群の技術的確立と解析法のストラテジーのモデルを考案しつつある。これは、今後事例を多数作り一般化したい。VI)CBD-UNEPやIPGRI等国際機関の支援により、成果を遺伝資源の多様性解析と保全に利用を試みる連携をBioversity Internationalと始め,アフリカ等の稀少植物の評価を今後行う。2年間において、概ね当初目的は達成できたが、今後PBA等の簡易マーカーの汎用性について事例を構築したい。

The existing equipment for research and development of biological species, equipment, equipment This year, a variety of tests have been conducted to determine whether there is a risk of emergency treatment, such as the use of local microbes, local microorganisms, and so on. I) I) in the department of medicine, please tell me that you are not in the right position, and that you are suffering from multiple diseases. II) the crop system is in production, and 2 examples are used. In the same family, the typical SSR, the cross compatibility, the RAPD, the same family, the family and the family. This is not the case. The machine is responsible for the PBA. This is the reason for the multiplicity. This study, such as PBA, has been developing rapidly since the beginning of the study. In the south of the country, there is a rapid increase in the number of products in the market, so it is possible that the SSR will be more expensive than the PBA. There is a list of articles in each article. III) soil microbes, microbes, rDNA fields, RISA, sex, sex and sex. IV) there is a lot of information on animals and materials, and it is now in progress. V) on the basis of the previous case, the multiplicity of the data is used to determine the exact analytical method of the technology of the molecular cluster. Most of the cases in the future will be generalized. VI) CBD-UNEP, IPGRI, and other countries support the analysis of the multiplicity of information resources and results. The protection of rare plants will be carried out in the future through the use of remote sensing to carry Bioversity International. In the past 2 years, the original purpose has been reduced to a similar goal, and now the PBA has been used for a long time, and now there has been an increase in the number of cases.

项目成果

期刊论文数量（4）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Utility of rice SSK markers as RAPD markers to genetic diversity analysis of Zingiberaceae

水稻SSK标记作为RAPD标记在姜科遗传多样性分析中的应用

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Breeding Sci 56(3)(In press)
影响因子：
0
作者：
Jatoi;S.A.;A.Kikuchi;Sa San Yi;S.Yamanaka;Khaw Wai Naing;J.A.Watanabe;K.N.Watanabe
通讯作者：
K.N.Watanabe

POTENTIAL LOSS OF UNIQUE GENETIC DIVERSITY IN TOMATO LANDRACES BY GENETIC COLONIZATION OF MODERN CULTIVARS AT A NON-CENTER OF ORIGIN

现代栽培品种在非原产地中心的遗传定殖可能导致番茄地方品种独特遗传多样性的丧失

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Plant Breeding (Accepted)
影响因子：
0
作者：
San San Yi;S.A.Jatoi;T.Fujimura;S.Yamanaka;J.Watanabe;K.N.Watanabe
通讯作者：
K.N.Watanabe

Utility of rice SSR markers as RAPD markers to genetic diversity analysis of Zingiberaceae

水稻SSR标记作为RAPD标记在姜科遗传多样性分析中的应用

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
Breeding Research 56
影响因子：
0
作者：
Jatoi;S.A.;A.Kikuchi;Sa San Yi;S.Yamanaka;Khaw Wai Naing;J.A.Watanabe;K.N.Watanabe
通讯作者：
K.N.Watanabe

Genetic mapping of newly developed markers in the diploid potato (Solanum tuberosum) and their integration into existing maps

二倍体马铃薯（Solanum tuberosum）新开发标记的遗传图谱及其与现有图谱的整合

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Breeding Science 55(2)
影响因子：
0
作者：
Shinsuke Yamanaka;Seishi Ikeda;Atsushi Imai;Yushi Luan;Junko A.Watanabe;Kazuo N.Watanabe
通讯作者：
Kazuo N.Watanabe