特発性間質性肺炎に関係する新しいウイルス遺伝子のクローニング

与特发性间质性肺炎相关的新病毒基因的克隆

• 批准号: 17659249
• 负责人: 土方 美奈子
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Research Institute, International Medical Center of Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17659249/
• 关键词: ウイルス; 遺伝子; 感染症

国立国際医療センター倫理委員会において、課題名「特発性間質性肺炎に関連する新しいウイルスの探索について」として本研究内容に関する審査と承認をうけた上で研究が遂行された。国立国際医療センター受診の特発性間質性肺炎患者から、上記倫理審査の内容に基づき、文章による説明と同意取得を行った上で、血清の提供を受けた。昨年度の検討の結果から、遺伝子増幅を行う前段階で材料中のウイルス遺伝子量を出来るだけ増やす必要があることが判明し、今年度は方法を大幅に改変した。制限酵素処理とアダプターライゲーションに伴う核酸の損失をなくすために、Allanderらの新しい方法(PNAS102:12891-6,2005)を取り入れた。また、同法の後半のサブクローニングを行わずにPCR産物のダイレクトシーケンスで遺伝子配列を得られるように独自の改変を加えた。改変した方法によるウイルス遺伝子検出力を確認するために、GBvirusCを10^5GE/ml含むことが既知の血清100μlを材料にしてみたところ、全長約9kbのウイルスゲノムのうち、複数箇所の遺伝子断片を得ることができ、再現性も良いことがわかった。このため、特発性間質性肺炎患者血清についても同様に新しい方法でウイルス遺伝子検出を試み、得られた遺伝子配列はBLASTとFASTAにて既知の遺伝子配列との比較を行った。その結果、特発性間質性肺炎患者血清のひとつから、既知の配列とは相同性の低い未知の遺伝子配列が得られた。しかし、FASTAの結果からはウイルス遺伝子よりは細菌遺伝子に近い配列であると考えられた。今年度の検討により、5例の患者血清からの新しいウイルス遺伝子クローニングには至らなかったが、ウイルス遺伝子探索方法として非常に有用な新しい方法が開発された。

The title of the study is "New Exploration on the Relationship between Idiopathic Interstitial Pneumonia" and the review of the contents of this study. National International Medical Center for Patients with Idiopathic Interstitial Pneumonia: Report on the Ethics Review, Comments on the Articles, and Consent to the Serums The results of the previous year's study showed that there was a significant change in the amount of trace elements in the previous stage of the study. New methods for limiting enzyme processing and loss of nucleic acid were introduced (PNAS102:12891- 6, 2005). The sequence of PCR products was modified independently. The method of improving the quality of the virus was confirmed by GBvirusC at 10^5 GE/ml. The virus was identified by GBvirusC at 100μl. The total length of the virus was about 9kb. The virus fragments were identified by GBvirusC at 10^5 GE/ml. A new method for detecting and identifying the presence and absence of DNA in sera from patients with idiopathic interstitial pneumonia was developed. BLAST and FASTA were used to compare the presence and absence of DNA. The results showed that the serum of patients with idiopathic interstitial pneumonia was different from that of patients with idiopathic interstitial pneumonia, and the matching of known and unknown genes was different. The results of FASTA are as follows: In this year's study, 5 patients 'serum samples were collected and new methods were developed.