非修飾RNAをプローブとした遺伝子配列センシングと細胞間相違解析への展開

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従来の修飾人工核酸を用いるアプローチとは一線を画し、「非修飾RNAを利用した新しい診断・検出系の構築」を目指し、下記2テーマに関する実験を実施した。(目的1:原核細胞適合型プローブ:非修飾RNA(MB-mRNA)を用いた細胞適合型遺伝子診断。検出系の構築)ゲノム・プラスミドから直接転写可能な天然型RNAをプローブとするモレキュラービーコン(MB)-RNA最適化に向け、大腸菌を用いたin vivoセレクションを実施してきた。一方、本システムはリボソーム結合サイトへのアクセシビリティーを利用しており原核システムにのみ適応可能であった。そこで、上記に加え、真核システムにも同コンセプトを拡張した新しいMB-RNAの構築と実証を行った。具体的には細胞内機能であるRNAiに着目したプローブ設計を実施した。(目的2:RNA特定配列結合型蛍光性小分子の設計ストラテジー)昨年度までに、第一世代であるHoechst形色素を用いた蛍光RNAアプタマーの創製、及び、結合解析に成功している。本年度は、得られた修飾Hoechst-RNAアプタマーペアを用いたmRNA検出系への応用展開を実施するとともに、細胞内応用に向けた種々の条件検討を実施した。また、蛍光強度だけでなく、Hoechst-RNA結合時における蛍光寿命変化にも着目した研究を展開した。本結果をもとに、より長波長域で駆動する蛍光色素をクロモフォアとする光る核酸材料創製に向けた研究にも着手した。