リボソ-ムRNAの塩基配列の解析による海洋細菌の分類と同定

通过核糖体RNA碱基序列分析对海洋细菌进行分类和鉴定

• 批准号: 01480078
• 负责人: 清水 潮
• 金额: $ 2.56万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (B)
• 财政年份: 1989
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1989 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-01480078/
• 关键词: 海洋細菌; 16SrRNA; 系統分類; ビブリオ属; コレラ菌

研究材料・方法:ビブリオ科・アルテロモナス属・シュ-ワネラ属・デイレア属の殆どすべての種、およびプセウドモナス属の海水性・陸性の細菌種を含む合計27種の標準菌株、さらにさまざまな海洋環境から分離した海洋細菌6株、合計33株について、16SrRNAの部分塩基配列を解析した。方法は逆転写酵素を使うLane(1985年)らのジデオキシン法を改良した方法により、3種の転写プライマ-を用いて、合計600塩基の配列を求めた。求められたデ-タはクラスタ-分析により、また斉藤・根井のNJ法によって解析した。研究結課:16SrRNAの塩基配列を相互に、また大腸菌についての既知のデ-タと比較することによって、海洋細菌のそれぞれの属が、属に特有な塩基配列パタ-ンをもっていることが明らかになった。また、このことを利用して未知の6菌株が、それぞれビブリオ属3株、シュ-ワネラ属1株、フォトバクテリウム属2株に同定することができた。従来、ビブリオ属に含まれていたコレラ菌(Vibrio cholerae)およびV.marinus,V.costicalaの3種の菌種は、16SrRNAの塩基配列による系統分類の結課、ビブリオ属から分離させるべきであることが分かった。これに伴い、ビブリオ属は3つまたはそれ以上の異る属に分けなければならないことが明らかになった。また、ビブリオ属から独立の属に分けられたリストネラ属の細菌は、16SrRNAの塩基配列からはビブリオ属に含められるべきであることが分かった。海にだけ生息し、また好塩性性質をもつ海洋細菌種が、陸の細菌種とは系統分類の上で異るものであることが明確となり、典型的な海洋細菌種の系統分類の大枠が明らかになった。

Research materials, methods: ビ ブ リ オ rico ア ル テ ロ モ ナ ス genera, シ ュ - ワ ネ ラ genera, デ イ レ ア is の perilous ど す べ て の, お よ び プ セ ウ ド モ ナ ス の seawater resistance, lu の bacteria species を む total of 27 の standard strains, さ ら に さ ま ざ ま な Marine environment か ら separation し た Marine bacteria, 6 strains, total 33 strains に つ い て, 16 sr RNA <s:1> partial base coordination を analysis of た. Method は inverse planning write enzyme を make う Lane (1985) ら の ジ デ オ キ シ ン method modified し を た method に よ り, three の planning write プ ラ イ マ - を use い て, total 600 salt base の match column を o め た. Find められたデ-タ ラスタ ラスタ ラスタ ラスタ- analysis によ, また saito Nei <s:1> NJ method によって analysis た た. Study session: 16 srrna の salt base with column を に, ま た coliform に つ い て の already know の デ - タ と compare す る こ と に よ っ て, Marine bacteria の そ れ ぞ れ の genera が, に な special salt base with column パ タ - ン を も っ て い る こ と が Ming ら か に な っ た. ま た, こ の こ と を using し て の 6 strains が, unknown そ れ ぞ れ ビ ブ リ オ is 3 strains, シ ュ - ワ ネ ラ genera, 1 strain フ ォ ト バ ク テ リ ウ ム belong to two strains に with fixed す る こ と が で き た. 従, ビ ブ リ オ is に containing ま れ て い た コ レ ラ bacteria, Vibrio cholerae) お よ び V.m arinus, V.c osticala の three は の strains, 16 srrna の salt base with column に よ る system classification の session, ビ ブ リ オ is か ら separation さ せ る べ き で あ る こ と が points か っ た. こ れ に い, ビ ブ リ オ is は 3 つ ま た は そ れ の above different る genera に け な け れ ば な ら な い こ と が Ming ら か に な っ た. ま た, ビ ブ リ オ is か ら independent の genera に け ら れ た リ ス ト ネ ラ の bacterial は, 16 srrna の salt base with column か ら は ビ ブ リ オ is に containing め ら れ る べ き で あ る こ と が points か っ た. Sea に だ け interest-bearing し, ま た good salt nature を も つ Marine bacteria が, lu の bacteria species と は system classification の で different る も の で あ る こ と が clear と な り, typical of Marine bacteria な の system classification の 枠 が Ming ら か に な っ た.

项目成果

Kita-Tsukamoto,K.,H.Oyaizu,K.Nanba & U.Simidu: "Identification of marine bacteria based on 16S rRNA partial sequence pattern"

北冢本,K.,H.Oyaizu,K.Nanba

Simidu,U.,K.Kita-Tsukamoto,T.Yasumoto & M.Yotsu: "Taxonomy of four marine bacterial strains that produce tetrodotoxin" International Journal of Systematic Bacteriology.

西米杜，U.，K.Kita-Tsukamoto，T.Yasumoto