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新しい分子系統樹作成法の開発とその応用

新型分子系统发育树构建方法的开发及其应用

基本信息

批准号：
08257223
负责人：
斎藤成也
金额：
$ 0.9万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08257223/
关键词：
分子進化分子系統樹ネットワーク法最尤法 ABO血液型

项目摘要

(1)新しい系統樹作成プログラムの開発:ヒトミトコンドリアDNAのDループ領域のように,多数の近縁な塩基配列データから迅速に系統樹を生成する目的でSST(Simultaneous Sequence Joining)法と名付けた一連のプログラムをC言語を用いて開発した。はじめにBLASTで高いホモロジーを持つ配列を集め,そのoutputからPIRフォーマットのファイルを生成する。これらはすでに互いに近縁であることが前提なので,多重整列することなく,ただちに配列の処理を行ない,blockフォーマット,inter leavedフォーマット,alignmentフォーマットというように,一連のファイルを生成してゆく。プログラムを工夫して,長大な配列が多数あっても処理に支障がないようにした。こうして,まず同一配列を除去し,その過程で各配列の出現頻度を計算する。次にsingleton変異と呼ぶ,樹形の決定に影響を与えない塩基サイトを除去する。この2回の処理で,多数の配列が同時に結合される。このようにして欠長性を捨てて圧縮された配列に対してさらに近縁結合アルゴリズムに似た方法で順次配列を結合してゆく。現在プロトタイププログラムをほぼ完成し,それに基ずく論文を準備中である。(2)実際の分子データの解析:ヒトを中心とする霊長類のABO式血液型遺伝子の塩基配列データを分析し,論文を発表した(Saitou and Yamamoto,1997,Ogasawara et al.1996,1996)。また,哺乳類と他の脊椎動物のPOUIII転写制御印紙の塩基配列を分析した(Sumiyama et al,1996)。筋肉系の進化を解明するため,筋細胞で発現する7種類のタンパク質の系統樹を作成し,それらを重ね合わせる分析を行なった(現在論文を準備中)。(3)系統樹作成法とその応用に関するふたつの総説を著わした(Saitou,1996,1996)。

(1)The development of a new phylogenetic tree generation scheme: the development of a new phylogenetic tree generation scheme using SST(Simultaneous Sequence Joining) method is based on the analysis of DNA sequences in the D-domain. The output of the BLAST is generated from the output of the BLAST and the output of the BLAST. This is the first time I've ever seen a picture of you. Most of the time, most of the time. The frequency of occurrence of the same alignment is calculated during the process. The second singleton is different, and the tree is determined by the removal of the tree. The two loops are processed, and most of them are combined simultaneously. This is because of the lack of length, the compression of the array, the combination of the near array, the sequential array and the combination of the array. Now, when the paper is ready, it's ready. (2)Analysis of molecular structure in practice: analysis of molecular structure of ABO-type genes in long and short classes (Saitou and Yamamoto,1997,Ogasawara et al. 1996, 1996). In addition, the analysis of matrix alignment in the preparation of printing paper for mammals and other vertebrates (Sumiyama et al,1996). The evolution of muscle system is explained, and the phylogenetic tree of 7 kinds of muscle cells is constructed, and the analysis of muscle system is carried out.(The paper is under preparation.) (3)The method of constructing a phylogenetic tree is described in detail (Saitou,1996,1996).