新しい分子系統樹作成法の開発とその応用

新型分子系统发育树构建方法的开发及其应用

• 批准号: 07265229
• 负责人: 斎藤 成也
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07265229/
• 关键词: 分子進化; 分子系統樹; ネットワーク法; 最尤法; ABO四液型

(1)ネットワーク法を用いて,ヒトを含む霊長類のABO血液型遺伝子の塩基配列データを分析した。その結果,従来の最大節約法を用いた分析では明快にできなかった次の2点が推測された;B型対立遺伝子がヒト・ゴリラ・ヒヒの系統で独立に祖先型のA型対立遺伝子から生じたこと,ヒトのO-1型対立遺伝子は,A型対立遺伝子とO-2型対立遺伝子のあいだの遺伝子内組換えによって生じた可能性が高いこと,である。また,ABO型血液遺伝子とホモロジーのある他の遺伝子との比較も行ない,これらの遺伝子族がおそらく脊椎動物の出現以前にすでに存在していたと推定した。本研究は米国ラホヤ癌研究所の山本文一郎博士との共同研究であり,現在論文を執筆中である。(2)最尤系統樹推定アルゴリズムを並列環境へ実装する目的で,新世代コンピューター開発機構(ICOT)の並列論理型言語KL1を用いて以下のプログラムを試作し,並列環境でその効率を調べた。(i)contour/1は対数尤度局面を生成し、最尤値を与える点に至るまでの尤度曲面の変化の様子を知ることができる。このプログラムはふたつの並列実行方法のいずれかを選択することができる。また疑似的にトポロジー空間の探索の際の負荷分散の様子を実現しているので、並列論理型言語を用いた最尤法の効率についてある程度の予想を立てることができる。(ii)traverse/3は、系統樹のすべての枝を横断的に変化させることにより,最尤値を与えるような枝長の組み合わせ(枝長空間)を探索する。本プログラムは塩基配列・アミノ酸配列どちらでも扱うことができるが,アミノ酸配列の場合はさらなる高速化が必要である。本研究は北陸先端科学技術大学院大学の國藤進教授らとの共同研究であり,昨年論文を発表した(OOta,Saitou,and Kunifuji,1995)。

(1) ネ ッ ト ワ ー を ク method with い て, ヒ ト を containing む 霊 long class の traces of ABO blood type 伝 son の salt base with column デ ー タ を analysis し た. そ の results, 従 to の を saving method with maximum い た analysis で は lively に で き な か っ た の 2 point が speculation さ れ た; Type B set seaborne heritage 伝 son が ヒ ト · ゴ リ ラ · ヒ ヒ で の system independent type に ancestors の type A set seaborne heritage 伝 son か ら raw じ た こ と, ヒ ト の type O - 1 set seaborne heritage 伝 は, type A moral state heritage 伝 son と type O - 2 state heritage seaborne 伝 son の あ い だ の heritage 伝 child within the group in え に よ っ て raw じ likely が た い こ と, で あ る. ま た, ABO blood type heritage 伝 son と ホ モ ロ ジ ー の あ る he の but 伝 と の is line も な い, こ れ ら の heritage 伝 subfamily が お そ ら く vertebrate の before に す で に exist し て い た と presumption し た. This study was jointly conducted by Dr. Fumiichiro Yamamoto and Dr. Fumiichiro yamamoto from the ラホヤ cancer Institute of the United States と と であ, and is currently in the process of writing the paper を である. (2) the most especially presumption system tree ア ル ゴ リ ズ ム を へ parallel environment be loaded す で る purpose, a new generation コ ン ピ ュ ー タ ー open 発 mechanism (ICOT) の paratactic type logical words KL1 を with い て following の プ ロ グ ラ ム を attempt し, parallel environment で そ の sharper rate を adjustable べ た. (I) contour / 1 は several degrees situation especially seaborne を generated し, most especially numerical を with え る points に to る ま で の especially の degree of surface - the の others child を know る こ と が で き る. The parallel practical method of <s:1> プログラム, ふた, ふた, ふた, <s:1> ずれ ずれ ずれ, を, を is selected from 択する, とがで, とがで, る, る. ま た suspected に ト ポ ロ ジ の ー space exploration の interstate の load decentralization の others child を be presently し て い る の で, tied for logical type words を い た most especially method の sharper rate に つ い て あ の る degree to を make て る こ と が で き る. (ii) traverse by / 3 は, tree の す べ て の branch を transection of に variations change さ せ る こ と に よ り, most especially numerical を with え る よ う な branches の group long み close わ せ (branches) long を explore す る. This プ ロ グ ラ ム は salt base with le ア ミ ノ acid with column ど ち ら で も Cha う こ と が で き る が, ア ミ ノ acid with column の occasions は さ ら な high speed る が necessary で あ る. This study was jointly conducted by Professor Shigeru Kunito of Hokuriku Advanced University of Science and Technology らと らと であ,and last year 's paper を was published た た(OOta,Saitou,and Kunifuji,1995).

项目成果

Oota H.et al.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences." American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)

Oota H.等人：“利用线粒体 DNA 序列对日本 2000 年前的人类遗骸进行基因研究。”

Ishida N.et al.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1995)

Ishida N.等人：“马属不同物种的线粒体DNA序列，特别是普氏野马和家养马之间的系统发育关系”《分子进化杂志》。

OOta S.et al.: "ICLP'95 Workshop on Parallel Logic Programming Chikawama T.et al.eds.," Department of Electronic Engineering,University of Tokyo, 72 (1995)

OOta S.et al.：“ICLP95 并行逻辑编程研讨会 Chikawama T.et al.eds.”，东京大学电子工程系，72 (1995)

Saitou N.: "Doolittle R.ed.,Methods in Enzymology,Vol.266," Academic Press,Inc.,Orlando(印刷中), (1996)

Saitou N.：“Doolittle R.ed.，酶学方法，第 266 卷”，学术出版社，奥兰多（正在印刷中），（1996 年）

Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus." Molecular Phylogenetics and Evolution. 5(印刷中). (1996)

Ohtsuka H. 等人：“Mus 属中 p53 假基因的存在/缺失和进化”，《分子系统发育与进化》5（出版中）。