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Investigation of novel oral cancer-specific molecular targets based on genetic diversity

基于遗传多样性的新型口腔癌特异性分子靶点研究

基本信息

批准号：
22H03288
负责人：
工藤保誠
金额：
$ 11.15万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03288/
关键词：
口腔がん分子標的治療薬

项目摘要

近年、がん組織の遺伝子発現情報を含めた膨大なデータを利用した治療標的遺伝子の探索が試みられているが、口腔がんでは治療標的遺伝子は未だ同定されていない。本研究では、異なる複数のデータベースから口腔がん遺伝子発現データを統合し、間質細胞の混入が少ないがん細胞の純度の高い症例を選別することで、信頼度の高い治療標的を探索する。さらに、治療効果の堅牢性・再現性を確保するために、多数の口腔がん細胞株を混在させた細胞プールに対して一括して抗がん効果を評価することにより、がん細胞の特徴である遺伝的多様性に起因する多様な薬剤感受性を視野に入れた従来とは異なる戦略で口腔がんに特異的な分子標的薬の開発を試みることを目的としている。本年度は、口腔がんの新規治療標的遺伝子の探索として、公共のHNSC scRNA-seqデータをリファレンスとしてTCGA- HNSCデータをBayesPrism法によってdeconvolutionした。この結果、がん細胞純度が90%以上の症例は全症例の約半数であった。これらのがん細胞純度が高い症例のうちHPV陰性の症例を選択し、学習用データセットとした。現在、高純度がん組織と正常組織の遺伝子発現値を統計検定し、がん組織で2倍以上の発現値を示す膜タンパク遺伝子の同定を行っている。また、バーコード導入口腔がん細胞株の作製するために、26塩基からなるバーコードを付与し、GFPおよびルシフェラーゼを発現するウイルスベクターを構築した。現在、細胞バンクから入手した13種類の口腔がん細胞株に異なったバーコードを有するベクターを導入し、安定性に発現する細胞株を作成している。

In recent years, the discovery of tissue genetic information, including the expansion of the use of therapeutic target genetic exploration, oral cavity, therapeutic target genetic research has not been determined. This study aims to explore the therapeutic targets for high purity of stromal cells, high purity of stromal cells, and integration of multiple types of cells in oral cavity. In addition, the robustness and reproducibility of therapeutic effects are ensured, and most oral cell lines are mixed with each other, including evaluation of resistant effects. In addition, the diversity of cell characteristics, genetic diversity, susceptibility, visual field, and oral specific molecular target development are also investigated. This year, we will explore new therapeutic targets for oral cavity and public HNSC scRNA-seq analysis. We will explore new therapeutic targets for oral cavity and public HNSC scRNA-seq analysis. As a result, the purity of the cells is more than 90% of the cases, and about half of the total cases. For high cell purity cases, HPV negative cases are selected for study. Now, the high purity tissue and normal tissue of the gene expression value is statistically determined, the tissue of more than 2 times the expression value of the membrane protein expression of the gene expression value is determined. The cell line was constructed by introducing the GFP gene into the oral cavity. At present, 13 kinds of oral cell lines have been established.