DNA結合蛋白質に関連したHg・Znペプチド錯体の合成・NOESY・XAFS

与 DNA 结合蛋白相关的 Hg/Zn 肽复合物的合成/NOESY/XAFS

• 批准号: 05209227
• 负责人: 山村 剛士
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05209227/
• 关键词: ジンクフィンガー; サイトコア; 亜鉛; NOESY; XAFS; 距離幾何学; 分子動力学; ペプチド錯体

【1】本計画は、Cys-X-Y-Cys型のアミノ酸配列を含むBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe、Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMe、Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMe等のモデルペプチド錯体を用いて、ジンクフィンガー蛋白質の金属結合サイトを有機溶媒中で再現し、ジンクフィンガーの亜鉛結合部位に於ける配位・配座相関を明らかにすることを企てた。【2】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀錯体を単離精製した。亜鉛錯体はNMR的にわずかに汚い。ペプチド配位子Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMeの合成は、システインの脱保護に問題を残しておりその精製法の確立までには到らなかった。Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMeはBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-OMeまでの合成・精製を完了し、現在ノナペプチドへと伸ばしている。【3】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀及び亜鉛錯体の^1H及び^<13>CNMRバンドを完全に帰属し,NOESYを用いてH-H間距離を求めた。【4】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀及び亜鉛錯体の構造を、距離幾何学によって求めた。この結果は更に、距離制限付き分子動力学で精密化した。これによって、Cys-Pro-Leu-Cys部分の水素結合性やGly-Ala部分の伸長方向と水素結合との関係を明らかにした。【5】Boc-Cys-Pro-Leu-CysOMeの亜鉛錯体の構造を分子動力学を用いて解析し、亜鉛が5配位である可能性が得られた。XAFSの解析は4配位を示した。

【1】This project contains Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe, Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMe, and Boc-Cys-Pro-Leu -Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMe et al. It belongs to the binding site that reproduces in the organic solvent, and the binding site of the lead in the organic solvent is coordinated and coordinated. 【2】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe is a mercury mixed body and is refined. It's a lead-free NMR test.ペプチドBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMe The problem of synthesis and deprotection of システインのを residual しておりそのrefining method has been established and the らなかった has been established. Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMeはBoc-Cys-Pr o-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-OMe has been synthesized and refined. Now it is finished. 【3】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeのmercury and び亜 lead compound の^1H and び^<13>CNMR バンドをcompletely に帰 belong to し, NOESYを use いてH-H distance between をquest めた. 【4】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeのmercury and び亜 lead complex body の structure を, distance geometry によってめた. The result is updated, the distance limit is limited, and the molecular dynamics is refined.これによって, Cys-Pro-Leu-Cys part's water-binding property, Gly-Ala part's elongation direction and water-binding relationship are clear. 【5】Boc-Cys-Pro-Leu-CysOMe has a molecular dynamics analysis of the structure of the lead complex and a possibility of coordination of lead and lead. XAFS analysis shows the 4 coordination.

项目成果

K.Sato: "Stereospecific Binding of Chemically Modified Salen‐type Shiff Base Complexes of Copper(II)with DNA" J.Chem.Soc.Chem.Commun.(予定). (1994)

K.Sato：“铜 (II) 的化学修饰 Salen 型 Shiff 碱配合物与 DNA 的立体特异性结合”J.Chem.Soc.Chem.Commun（计划）。

Takeshi Yamamura: "A Square Planar NiS_4 Unit with an Aliphatic Thiolato‐Thioether Donor Set:A Carbon Monoxide Dehydrogenase Model Binds CO" J.Chem.Soc.Chem.Commun.1656-1658 (1993)

Takeshi Yamamura：“带有脂肪族硫醇-硫醚供体组的方形平面 NiS_4 单元：一氧化碳脱氢酶模型结合 CO” J.Chem.Soc.Chem.Commun.1656-1658 (1993)

Takeshi Yamamura: "Synthesis of the Zinc Complex of Boc‐Glu‐Thr‐Ile‐His‐OMe:The Model Peptides for the Metal Binding Sites of Ribonucleotide Reductase" Peptide Chemistry 1992. 284-286 (1993)

Takeshi Yamamura：“Boc-Glu-Thr-Ile-His-OMe 锌复合物的合成：核糖核苷酸还原酶金属结合位点的模型肽”肽化学 1992. 284-286 (1993)

Takeshi Yamamura: "Syntheses and Structures of NiS_2N_2 Compounds.[N,N′-bis(o-mercaptobenzyliden)ethylenediaminato〕nickel(II),Ni(tsalen),and[N,N′-bis(o-meracaptobenzyl)ethylene" Bull.Chem.Soc.Jpn.66. 1-7 (1993)

Takeshi Yamamura：“NiS_2N_2 化合物的合成和结构。[N,N-双(邻巯基亚苄基)乙二胺]镍(II)、Ni(tsalen)和[N,N-双(邻巯基苯甲基)乙烯” Bull.Chem.Soc.Jpn.66。1-7 (1993)

Takeshi Yamamura: "Conformation Analyses of(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)Hg,[(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)(SBu^t)Hg]^-,and [(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)Zn(OMe)_2]:The Model Peptides for Cystein‐Containing Metal" Peptide Chemistry 1992. 281-283 (1993)

Takeshi Yamamura：“(Cys-Pro-Leu-Cys)Hg、[(Cys-Pro-Leu-Cys)(SBu^t)Hg]^- 和 [(Cys-Pro-Leu-Cys)Zn 的构象分析” (OMe)_2]：含半胱氨酸金属的模型肽”肽化学 1992. 281-283 (1993)