DNA結合蛋白質に関連したHg・Znペプチド錯体の合成・NOESY・XAFS

与 DNA 结合蛋白相关的 Hg/Zn 肽复合物的合成/NOESY/XAFS

• 批准号: 05209227
• 负责人: 山村 剛士
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05209227/
• 关键词: ジンクフィンガー; サイトコア; 亜鉛; NOESY; XAFS; 距離幾何学; 分子動力学; ペプチド錯体

【1】本計画は、Cys-X-Y-Cys型のアミノ酸配列を含むBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe、Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMe、Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMe等のモデルペプチド錯体を用いて、ジンクフィンガー蛋白質の金属結合サイトを有機溶媒中で再現し、ジンクフィンガーの亜鉛結合部位に於ける配位・配座相関を明らかにすることを企てた。【2】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀錯体を単離精製した。亜鉛錯体はNMR的にわずかに汚い。ペプチド配位子Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMeの合成は、システインの脱保護に問題を残しておりその精製法の確立までには到らなかった。Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-Gly-His-OMeはBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Met-OMeまでの合成・精製を完了し、現在ノナペプチドへと伸ばしている。【3】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀及び亜鉛錯体の^1H及び^<13>CNMRバンドを完全に帰属し,NOESYを用いてH-H間距離を求めた。【4】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMeの水銀及び亜鉛錯体の構造を、距離幾何学によって求めた。この結果は更に、距離制限付き分子動力学で精密化した。これによって、Cys-Pro-Leu-Cys部分の水素結合性やGly-Ala部分の伸長方向と水素結合との関係を明らかにした。【5】Boc-Cys-Pro-Leu-CysOMeの亜鉛錯体の構造を分子動力学を用いて解析し、亜鉛が5配位である可能性が得られた。XAFSの解析は4配位を示した。

In this project, the <s:1>, Cys-X-Y-Cys type <s:1> ア, ノ and ノ acid combinations を contain むBoc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe, Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-Cys-OMe, and Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gl Y - Ala - Met - Gly - His -ome の モ デ ル ペ プ チ ド misprinted を with い て, ジ ン ク フ ィ ン ガ ー protein の metal combination サ イ ト を で reappear し in organic solvent, ジ ン ク フ ィ ン ガ ー の 亜 lead combining site に in け る coordination, with a phase masato を Ming ら か に す る こ と を enterprise て た. 【2】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe <s:1> mercury misbody を単 dissociation refining た. Youdaoplaceholder0 lead misbody 亜 NMR にわず に contamination 亜. ペ プ チ ド ligand bok - Cys - Pro - Leu - Cys - Gly - Ala - Cys -ome の synthetic は, シ ス テ イ ン の protect を に off residual し て お り そ の の refining method established ま で に は to ら な か っ た. Bok - Cys - Pro - Leu - Cys - Gly - Ala - Met - Gly - His -ome は bok - Cys - Pro - Leu - Cys - Gly - Ala - Met -ome ま で の synthesis finished refined を し, now ノ ナ ペ プ チ ド へ と stretch ば し て い る. [3] bok - Cys - Pro - Leu - Cys - Gly - Ala -ome の mercury and び 亜 lead misprinted の ^ 1 H and び ^ < > 13 CNMR バ ン ド を completely に 帰 し, NOESY を with い て H - the distance between the H を o め た. 【4】Boc-Cys-Pro-Leu-Cys-Gly-Ala-OMe <s:1> mercury and び亜 lead misbody <e:1> structure を, distance geometry によって to obtain めた. The <s:1> に result is more に and the distance constraint is used to make the で molecular dynamics で more precise and た. こ れ に よ っ て, Cys - Pro - Leu - part Cys の water element combining や Gly - Ala part の elongation direction と water element combination と の masato を and Ming ら か に し た. [5] bok - Cys - Pro - Leu - CysOMe の 亜 lead misprinted を molecular dynamics を の structure with い て parsing し 5 coordination, 亜 lead が で あ が る possibility to ら れ た. XAFS <s:1> parses を 4 coordination を to show た.

项目成果

K.Sato: "Stereospecific Binding of Chemically Modified Salen‐type Shiff Base Complexes of Copper(II)with DNA" J.Chem.Soc.Chem.Commun.(予定). (1994)

K.Sato：“铜 (II) 的化学修饰 Salen 型 Shiff 碱配合物与 DNA 的立体特异性结合”J.Chem.Soc.Chem.Commun（计划）。

Takeshi Yamamura: "A Square Planar NiS_4 Unit with an Aliphatic Thiolato‐Thioether Donor Set:A Carbon Monoxide Dehydrogenase Model Binds CO" J.Chem.Soc.Chem.Commun.1656-1658 (1993)

Takeshi Yamamura：“带有脂肪族硫醇-硫醚供体组的方形平面 NiS_4 单元：一氧化碳脱氢酶模型结合 CO” J.Chem.Soc.Chem.Commun.1656-1658 (1993)

Takeshi Yamamura: "Synthesis of the Zinc Complex of Boc‐Glu‐Thr‐Ile‐His‐OMe:The Model Peptides for the Metal Binding Sites of Ribonucleotide Reductase" Peptide Chemistry 1992. 284-286 (1993)

Takeshi Yamamura：“Boc-Glu-Thr-Ile-His-OMe 锌复合物的合成：核糖核苷酸还原酶金属结合位点的模型肽”肽化学 1992. 284-286 (1993)

Takeshi Yamamura: "Syntheses and Structures of NiS_2N_2 Compounds.[N,N′-bis(o-mercaptobenzyliden)ethylenediaminato〕nickel(II),Ni(tsalen),and[N,N′-bis(o-meracaptobenzyl)ethylene" Bull.Chem.Soc.Jpn.66. 1-7 (1993)

Takeshi Yamamura：“NiS_2N_2 化合物的合成和结构。[N,N-双(邻巯基亚苄基)乙二胺]镍(II)、Ni(tsalen)和[N,N-双(邻巯基苯甲基)乙烯” Bull.Chem.Soc.Jpn.66。1-7 (1993)

Takeshi Yamamura: "Conformation Analyses of(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)Hg,[(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)(SBu^t)Hg]^-,and [(Cys‐Pro‐Leu‐Cys)Zn(OMe)_2]:The Model Peptides for Cystein‐Containing Metal" Peptide Chemistry 1992. 281-283 (1993)

Takeshi Yamamura：“(Cys-Pro-Leu-Cys)Hg、[(Cys-Pro-Leu-Cys)(SBu^t)Hg]^- 和 [(Cys-Pro-Leu-Cys)Zn 的构象分析” (OMe)_2]：含半胱氨酸金属的模型肽”肽化学 1992. 281-283 (1993)