DNA結合蛋白質に関連したHg・Znペプチド錯体の合成・NOESY・XAFS

与 DNA 结合蛋白相关的 Hg/Zn 肽复合物的合成/NOESY/XAFS

• 批准号: 03241225
• 负责人: 山村 剛士
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1991
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1991 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-03241225/
• 关键词: DNA結合蛋白質; Zinc Finger; MerR; 人工金属蛋白質; 距離幾何学; NMR; XAFS; 分子動力学

我々は、人工金属蛋白質の活性サイトとなるべきコアを探索することを念頭に、MerR・ZincFingerなどのDNA結合蛋白質の金属イオン結合サイトをモデルペプチド(CysーXーYーCys/M)を用いて調査することを考えており、今年度はその第一ステップとして、1)錯形成や配位幾何の変化に伴うペプチドコンフォ-メ-ションの変化を明らかにする、2)構造解析手法の発展を圖る、の2点を計画した。以下にその成果を述べる。1)ペプチド錯体の構造解析は、NMR(ペプチド部;2DーNMR,J,Hydrogen Bonding)とXAFS(金属イオン;EXAFS,XANES)から種々の原子間距離を推定し、これらの距離情報から距離幾何学によって構造を推定する手法を発展させた。開発した距離幾何学プログラムCADMOSは、錯体部分を扱え、且つ、Ottenらによる離散的ク-リングスケジュ-ルに従う模擬徐冷法を備えた、現在最も先進的なプログラムである。2)CysーXーYーCysの水銀2配位及び3配位錯体を準備し、両者の間の平衡を明らかにすると共に、前者から後者への変化に伴う配位幾何の変化(EXAFS,XANES)と、コンフォ-メ-ションの変化(2DーNMR)を、距離幾何学計算で明らかにし、AMBERによる分子動力学計算と比較下。更に、4配位亜鉛錯体の構造も解析し、これら全て錯体の構造を、Zinc Finger中の亜鉛サイトの構造及びルブレドキシンの構造と比較した。その結果、これらのペプチド錯体メインル-プのコンフォ-メ-ションは、C端側のβカ-ボン部分を除いてよく一致することがわかった。3)現在更に、アミノ酸配列の延びたCysーXーYーCysーAーBータイプのペプチド及び、これを最小単位としてDNA結合性のαヘリックスを導入することを実行或いは計画中である。

I 々 は, artificial metal protein の activities サ イ ト と な る べ き コ ア を explore す る こ と を thought に, MerR ZincFinger な ど の DNA binding protein の metal イ オ ン combining サ イ ト を モ デ ル ペ プ チ ド (Cys ー ー X Y ー Cys/M) を with い て survey す る こ と を exam え て お り, our は そ の first A ス テ ッ プ と し て, 1) the wrong form や coordination geometry の variations change に with う ペ プ チ ド コ ン フ ォ メ - シ ョ ン の variations change を Ming ら か に す る analytical technique, 2) structure の 発 exhibition を figure る, を の 2 PM plan し た. The following にそ results を describe べる. 1) ペ プ チ ド misprinted の tectonic analytical は, NMR (ペ プ チ ド department; 2 d ー NMR, J, Hydrogen Bonding) と XAFS (metal イ オ ン; EXAFS, XANES) か ら kind 々 の interatomic distance を presumption し, こ れ ら の distance intelligence か ら distance geometry に よ っ て construct presumption を す る gimmick を 発 exhibition さ せ た. Open 発 し た distance geometry プ ロ グ ラ ム CADMOS は, misprinted parts を Cha え, and つ, Otten ら に よ る discrete ク - リ ン グ ス ケ ジ ュ - ル に 従 う xu cold simulation method を prepared え た, now the most も advanced な プ ロ グ ラ ム で あ る. 2) Cys ー ー X Y ー Cys の mercury 2 3 ligand coordination and び misprinted を prepare し の balance between, that struck の を Ming ら か に す る と に, the former か ら latter へ の variations change に with う coordination geometry の variations (EXAFS, XANES) と, コ ン フ ォ メ - シ ョ ン の - を ー NMR (2 d) and distance geometry calculation で Ming ら か に し Compare AMBERによる molecular dynamics calculation と. More に, 4 coordination 亜 lead misprinted の tectonic analytical し も, こ れ ら full て misprinted の tectonic を, any Zinc Finger in の 亜 lead サ イ ト の structures and び ル ブ レ ド キ シ ン と の structure comparison し た. そ の results, こ れ ら の ペ プ チ ド misprinted メ イ ン ル - プ の コ ン フ ォ メ - シ ョ ン は, C end side の beta カ - ボ ン part を except い て よ く consistent す る こ と が わ か っ た. 3) now more に, ア ミ ノ acid with column の delay び た Cys ー ー X Y ー Cys ー ー B ー タ イ プ の ペ プ チ ド and び, こ れ を 単 A smallest と し て DNA associativity の alpha ヘ リ ッ ク ス を import す る こ と を be line or い は project で あ る.

项目成果

Takeshi YAMAMURA: "Distribution Map of Nickel Kーray Absorption Near Edge Structure.Situation of the Nickels in Hydrogenases in the Map" Chemistry Letters. 875-878 (1991)

Takeshi YAMAMURA：“镍 Kray 吸收近边缘结构的分布图。图中氢化酶中镍的位置”化学快报 875-878 (1991)。