RLGS法による癌DNA変化のスクリーニングと癌抑制遺伝子単離システムの開発

使用RLGS方法筛查癌症DNA变化并开发抑癌基因分离系统

• 批准号: 06280243
• 负责人: 林崎 良英
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06280243/
• 关键词: restriction landmark genomic scanning (RLGS); RLGS spot mapping; loss of heterozygosity(LOH); amplification; LOH map; amplification map; RLGS Ver.1.8; mouse hepatoma

従来のRLGS法を根本的に改良したRLGS Ver.1.8の開発とその応用-マウスがん組織のDNA変化の系統的検出システムの開発を行った。RLGS Ver.1.8は、RLGS prototype(RLGS VEr.1.0)に比してラベリングの反応系の縮小化を行ない、フェノール抽出によるバッファー系の置換の必要性をなくしたため高速にRLGSパターンの生産ができるようにデザインしてある。マウスがん組織のDNAは、易発癌性のSV40T-antigenのトランスジェニックのC57BL/6とM.spretusのF1の肝臓ガン組織を用いた。コントロールとして正常の肝臓組織を用いた。マウスにおいてNotI-PvuII-PstIの制限酵素をセットを用いて、我々がすでに染色体上にマッピングした323個に加えて、今回新たに229個のspotsをマッピングした(計552個)。これらのspotsは、一画面上で検出でき、一枚のフィルムにより全染色体上の552個の座位をスキャニングできる。また非多型spotではLOHの領域でかりにがん細胞が100%としてもの濃度が半分になる。しかし、マップしたspotsは、多型spotであるためspotの出現消失で識別できる。このマーカーを用いて、マウスの肝がん組織において、4番等に染色体高率に共通する欠失を検出することができた。(結果)RLGSVer.1.8は従来の原法に比して約10倍のコストダウンとスペースの縮小化を可能とし、一日の処理能力も約10倍にあげることができた。RLGSVer.1.8を用いて1枚のゲルでマウスの全染色体を552個のspotsでスクリーニングできる地図を作成した。全ての生物種にも有効に適用可能なRLGS高速ゲノムマッピング法をさらに加速化した。RLGSspot mapping法は他の全ての生物種にも有効に適用可能であり、さらにC57BL/6とM.spretusのF1のがんDNAのRLGS画像を用いて、たった1枚のゲルで552個のmapped lociを系統的にloss of heterozygosity(LOH)および増幅(amplification)で検出することができた。以上のようにマウスのガン組織を用いて高速かつ効率的にLOHを検出することのできる系を確立し、これを用いると高速に全ゲノムのLOH amplification mapをマウスで作成できる。

従 to の RLGS method improved fundamental に を し た RLGS Ver. 1.8 の open 発 と そ の 応 use - マ ウ ス が ん organization の DNA - の system of 検 シ ス テ ム の open 発 を line っ た. RLGS Ver.1.8 youdaoplaceholder7 RLGS prototype(RLGS VEr. 1.0) than し に て ラ ベ リ ン グ の anti 応 is の downsizing を line な い, フ ェ ノ ー ル spare に よ る バ ッ フ ァ ー necessity is の replacement の を な く し た た め high-speed に RLGS パ タ ー ン の production が で き る よ う に デ ザ イ ン し て あ る. マ ウ ス が の DNA は ん organization, easy 発 cancerous の SV40T - antigen の ト ラ ン ス ジ ェ ニ ッ ク の C57BL / 6 と Margaret spellings pretus の F1 の is crucial liver ガ ン organization を by い た. Youdaoplaceholder0 て トロ トロ トロ と と て て normal <s:1> liver tissue を for た た た. マ ウ ス に お い て NotI PvuII - PstI limitations の enzyme を セ ッ ト を with い て, I 々 が す で に chromosome に マ ッ ピ ン グ し た 323 に plus え て, now back to new た に 229 の spots を マ ッ ピ ン グ し た (552). こ れ ら の spots は, a screen で 検 out で き, a の フ ィ ル ム に よ り whole chromosome の 552 の seat を ス キ ャ ニ ン グ で き る. ま た non more spot で は LOH の field で か り に が ん cells が 100% と し て も の concentration が half に な る. <s:1> で る, ップ ップ たspots, polymorphic spotであるためspot <s:1> appearance disappearance で recognition で る る. こ の マ ー カ ー を with い て, マ ウ ス の liver が ん organization に お い て, four times に common chromosome high rate に す る owe lost を 検 out す る こ と が で き た. (results) RLGSVer. 1.8 は 従 to の than the original method に し て about 10 times の コ ス ト ダ ウ ン と ス ペ ー ス の downsizing を may と し, 1 の 処 mental abilities も about 10 times に あ げ る こ と が で き た. RLGSVer. 1.8 を with い て one の ゲ ル で マ ウ ス の whole chromosome を 552 の spots で ス ク リ ー ニ ン グ で き る to 図 を made し た. All て の biological に も have sharper に may apply な RLGS high-speed ゲ ノ ム マ ッ ピ ン グ method を さ ら に JiaSuHua し た. RLGSspot mapping method は he の て の biological に も have sharper に may apply で あ り, さ ら に C57BL / 6 と Margaret spellings pretus の F1 の が ん DNA の RLGS portrait を with い て, た っ た one の ゲ ル で 552 の mapped loci which に を system loss of Of heterozygosity (LOH) お よ び rights (amplification) picture で 検 out す る こ と が で き た. Above の よ う に マ ウ ス の ガ を ン organization with い て high-speed か つ sharper rate に LOH を 検 out す る こ と の で き る を established し, こ れ を with い る と high-speed に full ゲ ノ ム の LOH amplification map を マ ウ ス で made で き る.