転写因子のモジュール・ドメイン構成とシグナル認識

转录因子的模块域结构和信号识别

• 批准号: 07268207
• 负责人: 郷 通子
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07268207/
• 关键词: 転写因子; TAF_<II>250; CCG1; ヘリックス・ターン・ヘリックス; モジュール; DNA結合; 変態ホルモン; シスチンノットファミリー

転写因子およびシグナル認識に関わるタンパク質の高次構造とシグナル認識機構との関連を解明するため、以下の2つを目的に本研究を行った。(1)タンパク質をモジュールに分解して、シグナル認識に関与しているモジュールを明らかにする。(2)モジュール構成とその立体構造によって機能部位を推定する。以下の実績が得られこれらの目的が達成された。1)転写因子TAF_<II>250(CCG1)のモジュールの機能予測:TAF_<II>250は基本転写因子TF_<II>Dの構成成分である。ヒトCCG1遺伝子は細胞周期G1期進行の調節機構に関与しているが、TAF_<II>250の遺伝子と同一であることがわかっている。郷らが独自に開発した方法により、ヒトCCG1(1,872アミノ酸残基)で予測された152個のモジュールの中で、数個のものについて、機能を推定し、さらにそのモジュールの立体構造をモデリングすることができた。DNAと結合する事が強く示唆されるモジュールが存在した。2)ヘリックス・ターン・ヘリックス(HTH)モジュールの機能分化:転写因子に広く存在するHTHモジュールは塩基特異的にDNAと結合するモジュールとして、従来考えられてきた。転写因子と各種のDNA結合タンパク質の立体構造を詳しく解析した結果、HTHモジュールはリン酸との相互作用を通してDNAと非特異的に相互作用するモジュールとしても、DNA結合タンパク質に広く存在していることが分かった。3)昆虫の変態ホルモンの高次構造の推定:カイコの脳で生産される変態ホルモンPTTHは、ヒトなどの成長因子が属するシスチンノットファミリーの一員であることが、主にジスルヒド結合のパターンと保存されたアミノ酸配列の特徴から明らかになった。

This study was carried out for the following two purposes: to clarify the relationship between the high-order structure and the structure of the knowledge (1)The quality of the product is analyzed, and the product is recognized. (2)The three-dimensional structure and functional parts of the structure are estimated. The following achievements have been achieved: 1) Functional prediction of the writing factor <II>TAF_250 (CCG1): TAF_250 <II>is the constituent of the basic writing factor TF_<II>D. CCG1 gene is related to the regulatory mechanism of G1 phase of cell cycle, <II>TAF_250 gene is related to the same regulatory mechanism. CCG1 (1,872 amino acid residues) was detected in 152 samples, several samples were detected, functions were estimated, and three dimensional structures were detected. DNA binding is a strong indicator of the presence of DNA. 2) The functional differentiation of the group: the presence of a gene, HTH, and DNA binding to the group. The three-dimensional structure of various DNA-binding substances is analyzed in detail. The results show that the interaction between HTH and DNA is not specific. The interaction between HTH and DNA is not specific. 3)The estimation of higher-order structure of insect's change state: change state of production, change state of PTTH, change state of growth factor of insect, change state of production, change state of PTTH, change state of PTTH, change

项目成果

Shun-ichi Sekine: "Molecular recognition mechanism of tRNA Glu by glutamyl-tRNA Synthetase : A study using molecular dynamics simulation and computer modeling" J.Mol.Biol.(in press). (1996)

Shun-ichi Sekine：“谷氨酰-tRNA 合成酶对 tRNA Glu 的分子识别机制：利用分子动力学模拟和计算机建模的研究”J.Mol.Biol.（出版中）。

Masaru Tateno: "Module structure and function of glutamyl-tRNA synthetase" Tracing biological evolution in protein and gene structures (eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 53-63 (1995)

Masaru Tateno：“谷氨酰-tRNA 合成酶的模块结构和功能”追踪蛋白质和基因结构的生物进化（eds.M.Go

Tosiyuki Noguti: "Modules of barnase : The physicochemical basis for their structures" Tracing biological evolution in protein and gene structures (eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 161-174 (1995)

Tosiyuki Noguti：“Barnase 的模块：其结构的物理化学基础”追踪蛋白质和基因结构的生物进化（eds.M.Go

Masaru Tateno: "A three-dimensional structure model of the complex of glutamyl-tRNA synthetase and its cognate tRNA" FEBS Lett.377. 77-81 (1995)

Masaru Tateno：“谷氨酰-tRNA 合成酶及其同源 tRNA 复合物的三维结构模型”FEBS Lett.377。

Ken-ichi Takahashi: "Mechanical stability of protein modules determined by molecular dynamics simulations" Tracing biological evolution in protein and gene structures (eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 175-185 (1995)

Ken-ichi Takahashi：“通过分子动力学模拟确定蛋白质模块的机械稳定性”追踪蛋白质和基因结构的生物进化（eds.M.Go）