mRNA転写開始点とプロモーターコア部分の解析

mRNA转录起始位点和启动子核心区分析

• 批准号: 08283204
• 负责人: 菅野 純夫
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08283204/
• 关键词: cDNA; 完全長; 5'端; 発現

本年度は、多くの遺伝子の転写開始点を決定し、新規遺伝子の発現及び機能の解析に資することを目的に、SK-N-MC由来の5'濃縮cDNAライブラリーzrv6より、約2400クローンの1パス塩基配列決定を行った。ホモロジー検索を行ったところESTとホモロジーのあったものが23%、ミトコンドリア(mt)由来のものが3%、ベクターと一致するものが2%、ヒト以外の生物の遺伝子にホモロジーを持つものが4%であり、何等の遺伝子ともホロモロジーを示さないもの(new)は21%であった。約50%(known+mt)のものが既知のヒトの遺伝子に一致していた。このうち、約8割が既知の5'端と一致するか、それより長いもの(full)であった(41%/50%)。クローンの重複度は2400クローン配列決定した時点で約2.5である。ホモロジーを見出した既知ヒト遺伝子のmRNAの長さの分布は、クローンの数として、4000塩基長を超えるmRNA由来のものが5%、3000-4000のものが13%、2000-3000のものが25%、1000-2000のものが42%、1000以下のものが15%であった。4000塩基長を超える長いmRNAの転写開始点を決定するのに有利な5'端濃縮cDNAライブラリーを使用したにもかかわらず、4000を超えるものの頻度は低く、また、それらの中でfullでない割合も33%に上る。この原因につき最も疑われるのはmRNAの質である。長いmRNA程壊れやすく、polyAによる選択で5'側が失われやすい。mRNAの分離精製に工夫が必要である。今回、newとされた約500クローンについては、200種程度の新規遺伝子があるのではないかと期待している。ESTならびにnewとされたクローンはその機能が未知の遺伝子由来のものであり、今後、全塩基配列を決定する必要がでてくるのではないかと思われる。

This year, we have decided to start the program, the new regulations have been implemented, and we have the opportunity to analyze the purpose of data acquisition, the origin of SK-N-MC, the number of cDNA data, the number of zrv6, and about 2400 per cent of data base allocation decisions. In the following lines, please tell me that there are no differences between EST and mt in terms of 23%, 23%, 3%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 3%, 3%, 3%, 3%, 3%, 3%, 3%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 4%, 4%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 4%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 4%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 4%, 4%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 4%, 4%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, 2%, About 50% (known+mt) are consistent with each other in terms of knowledge and knowledge. It is known that the 5 'end of the full is the same (41%

项目成果

Yu,Y.-s.et al: "The promoter structure of TGF-β type II receptor revieled by oligo-capping method and deletion analysis." Biochem.Biophys.Res.Comm.225. 302-306 (1996)

Yu,Y.-s.等人：“通过寡核苷酸加帽方法和缺失分析研究 TGF-β II 型受体的启动子结构。”Biochem.Biophys.Res.Comm.225 (1996)。

Kurihara,T.et al: "Genomic structure and promoter analysis of the gene encoding MM3,a member of transmembrane 4 superfamily." Gene in press.

Kurihara,T.et al：“跨膜 4 超家族成员 MM3 编码基因的基因组结构和启动子分析”。

Yoshitomo,K.et al: "Cloning of the promoter regions of mouse TGF-β receptor genes by inverse PCR with highly overlapped primers." DNA Res.(in press).

Yoshitomo, K. 等人：“通过高度重叠的 DNA Res 进行反向 PCR 克隆小鼠 TGF-β 受体基因的启动子区域。”