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mRNA転写開始点の同定と遺伝子発現の解析

mRNA转录起始位点鉴定及基因表达分析

基本信息

批准号：
09272208
负责人：
菅野純夫
金额：
$ 2.43万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272208/
关键词：
cDNA 完全長ライブラリーゲノムプロジェクト mRNA 転写開始点逆転写酵素

项目摘要

本年度は、発現ベクターpME18S-FL3(Genbank accession number AB009864)をベクターに、完全長cDNAライブラリーを作成した。作成したライブラリーは、ヒトが、培養細胞5種、正常組織7種、腫瘍組織3種の計15種。マウスが、正常組織8種で合計23種となっている。これらのライブラリーの完全長率は50%-80%の間に分布している。完全長率を決める最大の要因は、作成に使用するpolyA+RNAの質である。一般に、培養細胞由来のものが良く、組織由来のものは悪い。特に、腫瘍組織は壊死部分を含むことが多く、完全長率が悪かった。培養細胞でも、広範にapoptosisを起こしたようなものは良くない。オリゴキャップ法は本来この影響を受けないはずなので、完全長率がpolyA+RNAの質に依存する理由は現在のところ不明である。現在までに、ヒト回腸粘膜由来の完全長cDNAライブラリーkaiaより、約3100クローン、その他のヒト由来ライブラリーより1500クローン、計4600クローンの1パス塩基配列決定を行った。データ解析を行ったkaiaの2000クローンにつき報告する。既知のものとホモロジーを示すものが49%を占め、このうち、57%が既知の5'端と一致するか、それより長いもの(full)であった。ESTのみとホモロジーのあったものが28%、何等の遺伝子ともホモロジーを示さないもの(new)は23%であった。クローンの重複度は2000クローン配列決定した時点で約1.7である。ホモロジーを見出した既知ヒト遺伝子のmRNAの長さの分布から、3000塩基長以下のmRNAの完全長cDNAクローンが80%を占めることがわかる。しかし、5000塩基長、あるいはそれ以上のものの完全長cDNAクローンも存在した。このことから、予想と異なり、4000塩基長より長いmRNAに対応する完全長cDNAクローンもこのライブラリーから分離可能であるといえる。

This year, the complete cDNA library was created. 5 kinds of cultured cells, 7 kinds of normal tissues and 3 kinds of tumor tissues were prepared. 8 species of normal tissues, 23 species in total. The complete length of the film varies from 50% to 80%. The most important factor in determining the complete growth rate is the quality of polyA+RNA. In general, the origin of cultured cells and the origin of tissues are very good. Special, swelling tissue, dead parts, complete growth rate Cultured cells can be used for cell culture. The reason why the complete length of polyA+RNA depends on the nature of polyA+RNA is unknown. Now, the total length cDNA of ileal mucosa origin is about 3100 pixels, and the other cDNA origin is about 1500 pixels, and the total length of ileal mucosa origin is 4600 pixels. The analysis of the 2000 Kaia report 49% of the total number of people who knew the answer to the question was 57% of the total number who knew the answer to the question. 28% of the total number of visitors to the site, 23% of the total number of visitors to the site. The repeatability of the array is about 2000. The timing of the array is about 1.7. The distribution of mRNA length of known cDNA fragments was 80%, and the complete cDNA length of mRNA below 3000 bp was 80%. 5000 base length, 5000 base length This is a 4000 bp long cDNA fragment that can be isolated.