バクテリアのtRNA修飾酵素遺伝子の網羅的同定とtRNA修飾塩基の機能解析

细菌tRNA修饰酶基因的全面鉴定及tRNA修饰碱基的功能分析

• 批准号: 14014249
• 负责人: 関根 靖彦
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: Rikkyo University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14014249/
• 关键词: tRNA; tRNA修飾; 修飾塩基; 大腸菌; 枯草菌; LC; MS法; リシジン; イノシン

1.大腸菌の広範囲欠失変異株を用いたtRNA修飾酵素遺伝子の探索:効率良くtRNA修飾酵素遺伝子を探索するために、大腸菌の広範囲欠失変異株(加藤博士[都立大」及びYale大CGSCより分与)からRNAを抽出し、LC/MS法で分析した。昨年、同様の解析により8株において修飾の欠落を観測した。欠落が観測された修飾塩基は、s^2U, ac^4C, Q[2種], cmo^5U, m^7G, mum^5s^2U[2種]である。残りの広範囲ゲノム欠失変異株の解析を行ったところ、新たに3株について、それぞれm^6t^6A, Q, acp^3Uの欠落を観測した。2.大腸菌のtRNA修飾酵素遺伝子の同定:1で述べた欠失変異株では平均で約20の遺伝子を欠損している。このうちどれが原因遺伝子であるかを、個々の遺伝子の破壊株(三木博士[福岡歯科大]より分与)の分析と、各遺伝子を運ぶプラスミド(西村博士[遺伝研]より分与)を接合によって順番に欠失変異株に供給し、欠た修飾を復活させることで調べたところ、m^7G合成酵素遺伝子とmum^5s^2Uの2チオ化に関する酵素遺伝子を同定した(投稿準備中)。3.枯草菌の変異株を用いたtRNA修飾酵素遺伝子の探索と同定:(1)枯草菌の機能未知必須遺伝子の条件変異株(IPTGの添加により当該遺伝子発現が制御できる株;小笠原博士[奈良先端大]より分与)を-IPTG条件で培養した細胞からRNAを抽出し、分析した結果、L(リシジン)合成酵素遺伝子とcmum^5s^2Uの2チオ化に関する酵素遺伝子を同定した(Lについては投稿中)。(2)deaminaseモチーフを有する枯草菌の機能未知遺伝子の欠損株(小笠原博士より分与)数種の解析から、yaaJがtRNA^<Arg>のアンチコドンに存在するI(イノシン)の合成酵素遺伝子であることを示した。

1. Detection of tRNA modification enzyme gene in E. coli: detection of tRNA modification enzyme gene in E. coli: detection of RNA in E. coli: detection of tRNA modification enzyme gene in E. coli: detection of RNA in E. Last year, the same analysis showed that there were 8 trees with insufficient decoration. The modified bases are: p, s^2U, ac^4C, Q[2 species], cmo^5U, m^7G, mum^5s^2U[2 species]. The analysis of the missing plants is carried out by the new plant, which is m^6t^6A, Q, acp^3U. 2. The identity of tRNA modification enzymes in E. coli was:1. On average, about 20.このうちどれが原因遗伝子であるかを、个々の遗伝子の破壊株(Dr. Miki [Fukuoka Dental University]) Analysis and identification of enzyme genes related to gene transfer (Dr. Nishimura [Genetic Research]). 3. The exploration and identification of tRNA modified enzyme gene in different strains of Bacillus subtilis:(1) The conditional variant strains of Bacillus subtilis with unknown function (IPTG addition, when the gene was developed, the strain was controlled; Dr. Ogasawara [Nara Center] divided and analyzed). The cells were cultured under IPTG conditions, RNA was extracted, and the results of analysis were analyzed. L(IPTG) synthetic enzyme gene, cm^5s^2U, and 2 (IPTG) were identified. (2) Analysis of several species of deaminase gene in Bacillus subtilis with functionally unknown gene and defective strain (Dr. Ogasawara<Arg>).