アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索

搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构

基本信息

  • 批准号:
    14015219
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2002
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2002 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

タンパク質フォールディングの計算機シミュレーションならびに1分子計測の時系列データに対し、前年度から開発しているカオス時系列解析手法を適用し、タンパク質フォールディングの動的構築原理を考察した。1)効率良く折れ畳む蛋白質とそうではない人工蛋白質の46ビーズモデルに対する折れ畳みシュミレーション、Duan-Kollmanの1マイクロ秒全原子折れ畳みシミュレーション、シトクロムcの変性状態-モルテングロービュル状態間転移の1分子計測において、i)ファネル型エネルギー地形では、非ファネル型地形よりも、転移温度では、より強い非定常・非マルコフ的なダイナミックスが存在するii)主成分モードの殆どは、たかだか100MDステツプで「位置の記憶」を完全に忘れるが、転移温度では、大振幅なゆっくりした主成分モードに沿って記憶が保持される傾向が強いiii)微視的には強いカオスであるが、大振幅運動を伴う協同座標に沿った運動は、粗視化されたスケールでは弱いカオスを有するモード的な運動形態が存在し、フラストレーションがより小さいファネル型エネルギー地形ほどその傾向が強い2)αβ、β、α小タンパク質のバネビーズ郷モデルを用いてフォールディングの非定常性・非マルコフ性を解析し、折れ畳速度が速いαヘリックスを有する小タンパク質ほど時系列は非定常→定常領域にすばやく移行し、結果として記憶を保持する時間が短いことなどが判明した。また、日中理論化学会議,The 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists (スイス)などの国際会議および日本蛋白質科学会、CBI学会、分子構造総合討論会、日本生物物理学会などで成果発表した。また、現在、国内外の複数の会議・ワークショップから講演依頼を受けている。
In this paper, the computer is used to analyze the principles of the computer, the molecular computer, the molecular computer, and the analytical methods used in the previous year. 1) the rate of recovery is good. The artificial protein is stable. The artificial protein is 46. The artificial protein is folded. The whole atom is folded in one second. The whole atom is converted to the artificial protein. The whole atom is converted to the artificial protein. The whole atom is folded in one second. The whole atom is folded in one second. The whole atom moves between the two parts. Non-stationary topography, temperature shift, temperature, temperature, etc. The main components of the large amplitude signal display system maintain a strong response to the strong iii) along the reading record, large amplitude motion signals are coordinated with each other to move along the channel, coarsening signals are sensitive to weak signals, and there is a pattern of motion in which there is an error. This is not a good idea. I don't know. I don't know what to do. There are a series of non-stationary time series operating systems in the field of transfer, and the results show that the operating time is stable and the time is short. Japan, Japan, Japan and China. At present, at home and abroad, it is discussed that the performance will be subject to the requirements of the meeting.

项目成果

期刊论文数量(18)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
笹井理生: "ファネル談義-なぜ蛋白質は一義的に、かつ効率的に折れ畳むのでしょうかね-"物性研究. 78. 475-509 (2002)
Rio Sasai:“漏斗讨论 - 为什么蛋白质折叠独特且有效?” 78. 475-509 (2002)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
小松崎民樹: "タンパク質フォールディングのダイナミックス-異常拡散と階層的規則性"生物物理. 42. 285-289 (2002)
Tamiki Komatsuzaki:“蛋白质折叠动力学 - 异常扩散和层次规律”生物物理学 42. 285-289 (2002)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki: "Dynamical Propensity Rule of Transitions in Chemical Reactions"Journal of Physical Chemistry A. 106. 10945-10950 (2002)
Tamiki Komatsuzaki:“化学反应中过渡的动态倾向规则”物理化学杂志 A. 106. 10945-10950 (2002)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki: "Chemical Reaction Dynamics : Many-Body Chaos and Regularity' in Advances in Chemical Physics Vol.123 ed. by I.Prigogine and S.A.Rice"John Wiley & Sons. Inc.. 77 (2002)
Tamiki Komatsuzaki:“化学反应动力学:多体混沌和规律”,化学物理学进展第 123 卷,作者:I.Prigogine 和 S.A.Rice”John Wiley
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
小松崎民樹: "「揺らぐ」世界における力学的決定性-化学反応系はなぜ活性化障壁を越えるのか-"物性研究. 78. 354-364 (2002)
Tamiki Komatsuzaki:“‘波动’世界中的机械决定论 - 为什么化学反应系统克服了凝聚态物质研究?” 78. 354-364 (2002)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
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  • 通讯作者:
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知道了