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アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索

搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构

基本信息

批准号：
14015219
负责人：
小松崎民樹
金额：
$ 2.5万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

タンパク質フォールディングの計算機シミュレーションならびに1分子計測の時系列データに対し、前年度から開発しているカオス時系列解析手法を適用し、タンパク質フォールディングの動的構築原理を考察した。1)効率良く折れ畳む蛋白質とそうではない人工蛋白質の46ビーズモデルに対する折れ畳みシュミレーション、Duan-Kollmanの1マイクロ秒全原子折れ畳みシミュレーション、シトクロムcの変性状態-モルテングロービュル状態間転移の1分子計測において、i)ファネル型エネルギー地形では、非ファネル型地形よりも、転移温度では、より強い非定常・非マルコフ的なダイナミックスが存在するii)主成分モードの殆どは、たかだか100MDステツプで「位置の記憶」を完全に忘れるが、転移温度では、大振幅なゆっくりした主成分モードに沿って記憶が保持される傾向が強いiii)微視的には強いカオスであるが、大振幅運動を伴う協同座標に沿った運動は、粗視化されたスケールでは弱いカオスを有するモード的な運動形態が存在し、フラストレーションがより小さいファネル型エネルギー地形ほどその傾向が強い2)αβ、β、α小タンパク質のバネビーズ郷モデルを用いてフォールディングの非定常性・非マルコフ性を解析し、折れ畳速度が速いαヘリックスを有する小タンパク質ほど時系列は非定常→定常領域にすばやく移行し、結果として記憶を保持する時間が短いことなどが判明した。また、日中理論化学会議,The 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists (スイス)などの国際会議および日本蛋白質科学会、CBI学会、分子構造総合討論会、日本生物物理学会などで成果発表した。また、現在、国内外の複数の会議・ワークショップから講演依頼を受けている。

A study on the application of time series analysis method for molecular measurement and the construction principle of time series analysis method for molecular measurement 1) Molecular measurement of protein, artificial protein, Duan-Kollman protein, artificial protein (ii) The main component of the Weishi app has a strong tendency to keep the memory in place.(iii) The main component of the Weishi app has a strong tendency to keep the memory in place.(iv) The main component of the Weishi app has a strong tendency to keep the memory in place.(v) The main component of the Coarse vision: The motion pattern of the object exists, the motion pattern exists, the motion pattern exists, the motion It is clear that the time series of small parameters and time series can move from non-constant to constant fields, and the time for results and memories to be retained is relatively short. The 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists, the Japan Society of Protein Science, the CBI Society, the Molecular Structure Symposium, and the Japan Biophysical Society. A number of conferences, meetings and conferences at home and abroad have been held.