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1分子時系列情報に基づく反応ネットワーク構造の構成論とその複雑さ解析

基于单分子时间序列信息的反应网络结构组成理论及其复杂性分析

基本信息

批准号：
18016019
负责人：
小松崎民樹
金额：
$ 4.54万
依托单位：
Hokkaido University (2007)Kobe University (2006)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

分子動力学計算や実験データから背後に潜む多次元有効自由エネルギー地形を構成する手法の開発:昨年度に引き続き、1分子時系列情報からガウス分布などの特定の分布関数の形を想定しないで"準安定状態"を構成し、自由エネルギー地形が正当化される時間スケールを同定しつつ、有効自由エネルギー地形を構成する方法論を開発・拡張した。準安定状態および遷移状態のあいだのエネルギー差を反映した自由エネルギー地形の樹形図を用いた可視化方法を考案した。また、複数の時定数が混在した生体分子ダイナミックスの各階層における軌道不安定性の性質を定量化する方法論を新規に開発した。一分子時系列情報から背後に潜む状態空間の遷移ネットワーク構造を再構成する手法の開発:昨年度に引き続き、局所平衡を予め規定しないで、異なる時空間スケールにおいて、時系列データの因果関係に基づいて状態および状態間遷移ネットワークを構成する方法論を開発した。ウェーブレット多重解像度解析と融合し、時間スケールの異なる複数の時系列情報のあいだの情報伝達、情報伝達の方向性、強さを移動エントロピー(Schreiber, Phys.Rev.Lett.85, 461(2000)を用いて定量化する方法論を考案した。具体的には、たんぱく質モデルの折れ畳み時系列に適用し、(1)平均的には、遅い時間スケールの状態空間から、速い時間スケールの状態空間への異方的な情報の流れが存在すること、(2)情報の流れは、軌道に沿って一様に起こるのではないこと、などを新規に見出した。

The development of molecular dynamics calculation method for formation of free terrain with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of methodology for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of free terrain with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of free terrain with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of free terrain with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics; the development of method for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics: the development of method for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics; the development of method for formation of free terrain with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics; the development of method for formation of molecular dynamics: the development of method for formation of quasi-stationary state with latent multiple elements behind the calculation of molecular dynamics The quasi-stationary state and the transition state are reflected in the tree shape of the free space. A new methodology for quantifying the properties of orbital instability at all levels of molecular mixing has been developed. A new method for reconstructing the transition structure of latent state space behind molecular time series information is developed. The method for reconstructing the transition structure of latent state space behind molecular time series information is developed. A methodological study of multi-resolution resolution analysis, fusion, temporal diversity, and diversity of multiple temporal series of information, including information transmission, information transmission, and information transmission direction and intensity shift (Schreiber, www.example.com, 461 (2000)). The specific characteristics of the system are: (1) the existence of information flow in different directions in the state space,(2) the existence of information flow in different directions in the state space, and (3) the existence of information flow in different directions in the state space.

项目成果

期刊论文数量（33）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

生体分子時系列情報から我々は何を学び取ることができるか?

我们可以从生物分子时间序列信息中学到什么？

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yasuko Shiga;Kanji Akahori;小松崎民樹
通讯作者：
小松崎民樹

Topographical complexity of multidimensional energy landscapes

DOI：
10.1073/pnas.0608517103
发表时间：
2006-12
期刊：
Proceedings of the National Academy of Sciences
影响因子：
0
作者：
Gareth J Rylance;R. Johnston;Y. Matsunaga;Chun-Biu Li;A. Baba;T. Komatsuzaki
通讯作者：
Gareth J Rylance;R. Johnston;Y. Matsunaga;Chun-Biu Li;A. Baba;T. Komatsuzaki

Capturing the multiple-time-scale dynamical state-network in the time series of single molecule experiments

捕获单分子实验时间序列中的多时间尺度动态状态网络

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
寺本央;小松崎民樹;Akinori Baba;Kazuto Sei and Tamiki Komatsuzaki;Kazuto Sei and Tamiki Komatsuzaki
通讯作者：
Kazuto Sei and Tamiki Komatsuzaki

How can One Extract Free Energy Landscapes from Single Molecule Time Series?

如何从单分子时间序列中提取自由能景观？