相空間構造に基づく多遷移反応動力学とメソスケールで発現する新規なダイナミックス

基于相空间结构和介观尺度发生的新颖动力学的多转变反应动力学

• 批准号: 15035210
• 负责人: 小松崎 民樹
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15035210/
• 关键词: 有限サイズリヤプノフ解析; 多遷移ダイナミックス; カオス力学系; たんぱく質折れ畳み; メソスケールの協同性; 1分子計測

我々は粗視化したスケールの揺らぎに比べて充分小さいが、微視的スケールの揺らぎに比べて大きい変位に対する「粗視化されたレベル」における協同運動を図る指標としてカオス力学系の有限サイズリヤプノブ指数を用いて「進化の所産として獲得された(とされる)」ファネル型と非ファネル型エネルギー地形をもつたんぱく質における遅い大振幅ダイナミックスにおける協同運動を解析した。有限サイズリヤプノフ指数とは、端的にいえば、可変な有限解像度のもとでの軌道不安定性の強さに対応する。解析の結果、微視的には強いカオスであるが、大振幅運動を伴う主成分座標に投影した運動は「(微視的な)強力オス→(粗視化されたスケールの)弱カオス」への転移が観測され、フラストレーションがより小さいファネル型エネルギー地形ほど顕著にその傾向があることが分かった。凸凹なポテンシャルエネルギー面上で生起する化学反応動力学を記述する基礎理論を構築することを目的とし、「どのような条件下で異なるサドルを通過する反応軌道のあいだにダイナミカルな相関が持続しえるか」などの多遷移ダイナミックスに関する一般的性質を抽出するための少数自由度メタファーモデルを作成した。研究成果に関しては、国際会議4件(うち、2件は招待講演)および日本蛋白質科学会、日本物理学会、分子構造総合討論会などで発表し、学術雑誌Adv.Chem.Phys.の編集と総説執筆を行った(2004年度以内に出版される予定)。

I'm not going to let you go. Weishi app's index of co-motion is used in the index of evolution. The analysis of cooperative motion in the form of a large amplitude wave is carried out in the form of a wave. The finite resolution of the orbital instability can be adjusted to the extreme. The result of analysis, Weishi app, strong motion, large amplitude motion, projection of principal component coordinates, motion, strong motion (Weishi app), weak motion (coarse vision), shift motion, small motion, small motion, large amplitude motion, projection, projection motion, projection The basic theory of chemical reaction dynamics generated on the surface of convex and concave particles is constructed, and the purpose of the reaction is to extract the general properties of the reaction orbit under different conditions. Research results will be published at 4 international conferences (, 2 guest lectures), the Japan Protein Science Society, the Japan Physical Society, and the Molecular Structure Comprehensive Symposium, and the editorial and general discussion of the academic journal Adv. Chem. Phys. will be written (to be published within the 2004 fiscal year).

项目成果

Yasuhiro Matsunaga: "Protein Folding Dynamics : Ergodic Behavior in Principal Component Space"AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems. 2 (2004)

Yasuhiro Matsunaga：“蛋白质折叠动力学：主成分空间中的遍历行为”复杂系统中慢速动力学的 AIP 会议系列。

Kyoko Hoshino: "A Coarse-Graining of Energy Landscapes of Proteins -Structural Stability of the Most Stable States-"AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems. 2 (2004)

Kyoko Hoshino：“蛋白质能量景观的粗粒度 - 最稳定状态的结构稳定性 -”复杂系统中慢动力学的 AIP 会议系列。

Yasuhiro Matsunaga: "Hierarchical Regularity in Multi-Basin Dynamics on Protein Landscapes"AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems. 4 (2004)

Yasuhiro Matsunaga：“蛋白质景观多盆地动力学的层次规律”AIP 复杂系统慢动力学会议系列。

Tamiki Komatsuzaki: ""Regularity in Chaotic Transitions of Two- and Multi-Basin Energy Landscapes" Advances in Chemical Physics"John Wiley & Sons.Inc.(発表予定、当該研究代表者ら編集)(未定). (2004)

Tamiki Komatsuzaki：““两盆地和多盆地能源景观的混沌转变的规律”化学物理学进展”John Wiley & Sons.Inc.（预定出版，由首席研究员编辑）（待定）。