1分子時系列情報に基づく生体分子の構造転移パスウェイの多重性・多型性解析

基于单分子时间序列信息的生物分子结构转变途径的多重性和多态性分析

基本信息

  • 批准号:
    15014221
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.73万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2003 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

ケンブリッジ大のDavid J.Walesらと共同で「ファネル型エネルギー地形は(非ファネル型エネルギー地形に比べて)どれくらいの少数自由度に縮約可能であろうか」ということを主成分解析とエネルギー停留点解析により調べた。その結果、ファネル型エネルギー地形では、非ファネル型に比べて、より少数自由度に縮約可能であること、ならびに、ファネル型では非ファネル型に比べて最安定構造近傍のエネルギー地形のトポロジーは"摂動の下"保存しやすい傾向があることを明らかにした。エネルギー地形上の凸凹(ruggedness)が存在することで、反応が加速される現象が理論・実験の両面から近年指摘されているが、その理論的な解釈は充分与えられていない。我々は純粋なRuggednessに起因するキネテックスの変化のみを抽出する単純なモデルを構築し、ガウス定常過程を仮定したmean first passage time解析よりruggednessの存在による蛋白質の折れ畳み過程の加速効果に対する物理的な解釈を与えた。その結果、窪みが存在することで始原系から窪みへ到達する過程は(窪みの深さがある程度の深さまで)反応は加速し、窪みから生成系へ至る過程は減速されること、前者で反応が加速するのは、窪んだ中間状態から始原系へ逆流することが抑制されるため実効的反応速度は増大するためであること、また、窪みは生成系よりにあるほうが始原系よりにあるよりも反応は加速されることなどを明らかにした。このほか、蛋白質ダイナミックスの主成分空間の多重エルゴード性や溶媒自由度の動的効果に関する研究を行った。研究成果に関しては、国際会議4件(うち、2件は招待講演)および日本蛋白質科学会、日本物理学会、分子構造総合討論会などで発表し、学術雑誌Adv.Chem.Phys.の編集と総説執筆を行った(2004年度以内に出版される予定)。
ケ ン ブ リ ッ ジ big の David j. ales ら と で together "フ ァ ネ ル type エ ネ ル ギ ー terrain は (not フ ァ ネ ル type エ ネ ル ギ に ー terrain than べ て) ど れ く ら い の a few degrees of freedom に contraction may で あ ろ う か" と い う こ と を principal component analytical と エ ネ ル ギ ー stop parsing に よ り adjustable べ た. Type そ の results, フ ァ ネ ル エ ネ ル ギ ー terrain で は, non フ ァ ネ ル type に than べ て, よ り a few degrees of freedom に contraction may で あ る こ と, な ら び に, フ ァ ネ ル type で は non フ ァ ネ ル type に than べ て most stable structure nearly alongside の エ ネ ル ギ ー terrain の ト ポ ロ ジ ー は ", "under dynamic の save し や す い tendency が あ る こ と を Ming ら か に し た. エ ネ ル ギ ー terrain の convex concave (ruggedness) が す る こ と で, anti 応 が accelerate さ れ る phenomenon が theory, be 験 の struck surface か ら criticism in recent years さ れ て い る が, そ な の theory solution 釈 は fully with え ら れ て い な い. Cause I 々 は pure 粋 な Ruggedness に す る キ ネ テ ッ ク ス の variations change の み を spare す る 単 pure な モ デ ル を constructing し, ガ ウ ス stationary process を 仮 set し た mean first passage Time resolution よ り ruggedness の is に よ の る protein folding れ 畳 の み process accelerated unseen fruit に す seaborne る な solution of physical 釈 を and え た. そ の then, boom み が exist す る こ と で original line か ら depression み へ reach す は る process (hollow み の deep さ が あ る degree の deep さ ま で) against 応 は accelerate し, hollow み か ら generated へ to る は deceleration さ れ る こ と, the former で 応 が accelerate す る の は, hollow ん だ intermediate state か ら original line へ countercurrent す る こ と が inhibit さ れ る た め be anti 応 sharper Speed は raised large す る た め で あ る こ と, ま た, hollow み は generating system よ り に あ る ほ う が original line よ り に あ る よ り も anti 応 は accelerate さ れ る こ と な ど を Ming ら か に し た. こ の ほ か, protein ダ イ ナ ミ ッ ク ス の principal component space の multiple エ ル ゴ ー ド sex や solvent degrees of freedom の moving services fruit に masato す る を line っ た. Research に masato し て は, international conference on 4 pieces (う ち, 2 pieces は entertaining speech) お よ び protein science of Japan, Japan institute of physics, molecular structure 総 workshop な ど で 発 table し, academic 雑 Adv. Chem. Phys. の compiling と 総 said pen line を っ た (2004 annual に さ れ る to decide).

项目成果

期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Yasuhiro Matsunaga: "Protein Folding Dynamics : Ergodic Behavior in Principal Component Space"AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems. (発表予定). 2 (2004)
Yasuhiro Matsunaga:“蛋白质折叠动力学:主成分空间中的遍历行为”AIP 复杂系统慢动力学会议系列(即将发表)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Yasuhiro Matsunaga: "Hierarchical Regularity in Multi-Basin Dynamics on Protein Landscapes"AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems. (発表予定). 4 (2004)
Yasuhiro Matsunaga:“蛋白质景观多盆地动力学的层次规律”AIP 复杂系统慢动力学会议系列(待发表)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki: ""Regularity in Chaotic Transitions of Two- and Multi-Basin Energy Landscapes" Advances in Chemical Physics"John Wiley & Sons.Inc.(発表予定、当該研究代表者ら編集)(未定). (2004)
Tamiki Komatsuzaki:““两盆地和多盆地能源景观的混沌转变的规律”化学物理学进展”John Wiley & Sons.Inc.(预定出版,由首席研究员编辑)(待定)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Kyoko Hoshino: "A Coarse-Graining of Energy Landscapes of Proteins -Structural Stability of the Most Stable States-"AIP conference series for Slow Dynamics in Complexs. (発表予定). 2 (2004)
Kyoko Hoshino:“蛋白质能量景观的粗粒度 - 最稳定状态的结构稳定性 -”AIP 复合物慢动力学会议系列 2(即将发表)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

小松崎 民樹其他文献

グラフカット:2次劣モジュラ関数最小化でどこまでやれるか
图割:最小化二次子模函数能走多远?
  • DOI:
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    永幡 裕;前田 理;寺本 央;Chun-Biu Li;堀山 貴史;武次 徹也;小松崎 民樹;石川 博
  • 通讯作者:
    石川 博
Energy landscapes learned from time series and networks
从时间序列和网络中学习的能源景观
  • DOI:
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    永幡 裕;前田 理;寺本 央;Chun-Biu Li;堀山 貴史;武次 徹也;小松崎 民樹;小松崎 民樹;Tamiki Komatsuzaki
  • 通讯作者:
    Tamiki Komatsuzaki
Counting lines and conics on a surface
计算曲面上的直线和二次曲线
  • DOI:
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    寺本 央;小松崎 民樹;Y.Miyaoka
  • 通讯作者:
    Y.Miyaoka
Theo orbibundle Miyaoka-Yau inequality and an effective Bogomolov-McQ uillan theorem
Theo 球束 Miyaoka-Yau 不等式和有效的 Bogomolov-McQ uillan 定理
  • DOI:
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    寺本 央;小松崎 民樹;Y.Miyaoka;Yoichi Miyaoka;Yoichi Miyaoka
  • 通讯作者:
    Yoichi Miyaoka
The relationship between mechanical behaviors and surface roughness of submeter-sized granite sample in bi-axial friction experiments
亚米级花岗岩试样双轴摩擦力学行为与表面粗糙度的关系
  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    田畑 公次;中村 篤祥;本多 淳也;小松崎 民樹;Kazuo Mizoguchi,Sachiko Iizuka
  • 通讯作者:
    Kazuo Mizoguchi,Sachiko Iizuka

小松崎 民樹的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('小松崎 民樹', 18)}}的其他基金

Cell diagnosis by bridging Raman Spectral Imaging and Information Science
通过连接拉曼光谱成像和信息科学进行细胞诊断
  • 批准号:
    18F18719
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
複雑反応系に対するダイナミックス理論の基礎構築
为复杂反应系统奠定动力学理论基础
  • 批准号:
    20038001
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
複雑反応系に対するダイナミックス理論の基礎構築
为复杂反应系统奠定动力学理论基础
  • 批准号:
    19029030
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
1分子時系列情報に基づく反応ネットワーク構造の構成論とその複雑さ解析
基于单分子时间序列信息的反应网络结构组成理论及其复杂性分析
  • 批准号:
    18016019
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
相空間構造に基づく多遷移反応動力学とメソスケールで発現する新規なダイナミックス
基于相空间结构和介观尺度发生的新颖动力学的多转变反应动力学
  • 批准号:
    16032209
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
相空間構造に基づく多遷移反応動力学とメソスケールで発現する新規なダイナミックス
基于相空间结构和介观尺度发生的新颖动力学的多转变反应动力学
  • 批准号:
    15035210
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索
搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构
  • 批准号:
    14015219
  • 财政年份:
    2002
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索
搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构
  • 批准号:
    13208017
  • 财政年份:
    2001
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
化学反応における遷移過程の動力学的階層構造に関する研究
化学反应过渡过程的动力学层次结构研究
  • 批准号:
    12042254
  • 财政年份:
    2000
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)

相似海外基金

てんかん脳波の非線形時系列解析によるモデル化と発作予測
使用癫痫脑电图非线性时间序列分析进行建模和癫痫发作预测
  • 批准号:
    23K25785
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
非線形時系列解析と機械学習を融合した大規模データ動態特性の検出手法開発
非线性时间序列分析与机器学习相结合的大规模数据动态特征检测方法开发
  • 批准号:
    24K15079
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
てんかん脳波の非線形時系列解析によるモデル化と発作予測
使用癫痫脑电图非线性时间序列分析进行建模和癫痫发作预测
  • 批准号:
    23H01088
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
記号力学に基づく非線形時系列解析を用いた、乱流の新しい解析手法構築と制御への挑戦
基于符号力学的非线性时间序列分析构建新的湍流分析方法和控制的挑战
  • 批准号:
    21K18685
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
動物活動の定量計測と非線形時系列解析による、老化を支配する力学系システムの解明
通过动物活动的定量测量和非线性时间序列分析阐明控制衰老的动力系统
  • 批准号:
    20K20321
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
変動する自然生態系の多様性維持メカニズム:非線形時系列解析を用いた新たな展開
不断变化的自然生态系统中的多样性维持机制:非线性时间序列分析的新进展
  • 批准号:
    18K14797
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
非線形時系列解析論と複雑ネットワーク論を融合した新しい複雑現象の解析法
非线性时间序列分析理论与复杂网络理论相结合的复杂现象新分析方法
  • 批准号:
    10J08148
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
非線形時系列解析論と複雑ネットワーク論の融合による新しい複雑現象解析技法
非线性时间序列分析理论与复杂网络理论相结合的新型复杂现象分析技术
  • 批准号:
    20650032
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
The study and analysis of non-linear time series models applied to biological systems
应用于生物系统的非线性时间序列模型的研究和分析
  • 批准号:
    347611-2007
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarships - Master's
生体分子系の構造転移ダイナミックスに対する非線形時系列解析理論の構築
生物分子系统结构转变动力学非线性时间序列分析理论构建
  • 批准号:
    04J04006
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 1.73万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了