アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索

搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构

• 批准号: 13208017
• 负责人: 小松崎 民樹
• 金额: $ 2.69万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208017/
• 关键词: 蛋白質フォールディング; 異常拡散; 非ブラウン性; 階層的規則性; バネビーズモデル

効率良く折れ畳む蛋白質(good folder)とそうではない人工蛋白質(bad folder)のThirumalaiらの46ビーズモデルに対する折れ畳みシュミレーションのダイナミックスに対し、主成分解析と埋め込み論を併用し、折れ畳み易さ・頑健性の違いをその規則構造の次元性、階層的なメカニズムの有無、エネルギーLandscapeの観点から解析した。揺らぎの大きい10数主成分の次元が相対的に低く、かつ転移温度では他の温度領域のそれに比べて顕著に小さく、転移温度領域のダイナミックスは非ブラウン運動的な規則性を保有する傾向があることが分かった。数十個の原子クラスターの擬相転移や液体のガラス転移においても、相転移温度付近において、非確率過程的なダイナミックスが知られており、本研究はGarciaらによる酸化チトクロームcの水溶液中の蛋白揺らぎの異常拡散に対する理論的な裏づけを与えたことに相当する。ファネル・非ファネル型ランドスケープによる相違は、ファネル型のエネルギー地形のほうがフオールディングダイナミックスをより幅広い温度領域に渡ってregularizeする傾向があることが具体的に示唆された。研究成果に関しては、Telluride Summer、Colorado USA(invited)、The 4^<th> International Conference on Biological Physics, Kyotoなどの国際会議および生理学研究所研究会「蛋白質ダイナミクス及びプリオン機構研究会」(依頼)、日本物理学会、分子構造総合討論会などで発表した。学術雑誌 物性研究、生物物理(依頼)、Journal of Physical Chemistry(invited)に年度内に投稿する。

The efficacy of the good く folder れ畳む protein (good folder)とそうで とそうで な な く artificial protein (bad Folder) の Thirumalai ら の 46 ビ ー ズ モ デ ル に す seaborne る fold れ 畳 み シ ュ ミ レ ー シ ョ ン の ダ イ ナ ミ ッ ク ス に し seaborne, principal component analytic と buried め 込 を み theory and し, folding れ 畳 み さ · operations, ease の violations い を そ の tectonic の dimensional rules, class of the な メ カ ニ ズ ム の, エ ネ ル ギ ー Lands cape 観 観 point ら parses た た. 揺 ら ぎ の big き い number 10 principal component の dimensions が phase に low く, seaborne か つ planning move temperature で は he の temperature field の そ れ に than べ て 顕 に small さ く, planning to move temperature field の ダ イ ナ ミ ッ ク ス は non ブ ラ ウ な ン movement regularity を retain す る tendency が あ る こ と が points か っ た. Dozens of の atomic ク ラ ス タ ー の quasi liquid phase planning move や の ガ ラ ス planning move に お い て も temperature, phase planning to move to pay nearly に お い て, non probabilistic process な ダ イ ナ ミ ッ ク ス が know ら れ て お り, this study は Garcia ら に よ る acidification チ ト ク ロ ー ム c の 揺 の proteins in aqueous solution ら ぎ の abnormal company, scattered に す seaborne る theory of な づ け を and え た こ Youdaoplaceholder0 is equivalent to する. フ ァ ネ ル, non フ ァ ネ ル type ラ ン ド ス ケ ー プ に よ る は, deemed フ ァ ネ ル type の エ ネ ル ギ ー terrain の ほ う が フ オ ー ル デ ィ ン グ ダ イ ナ ミ ッ ク ス を よ り picture hiroo い に temperature field crossing っ て regularize す る tendency が あ る こ と が specific に in stopping さ れ た. Research results に related to て て, Telluride Summer, Colorado USA(invited), The 4^<th> International Conference on Biological Physics Said 49-year-old kyoko な ど の international conference お よ び physiology research institute institute "protein ダ イ ナ ミ ク ス and び プ リ オ ン agency studies" (in accordance with the 頼), the Japan institute of physics, molecular structure 総 workshop な ど で 発 table し た. Academic 雑 Journal of Physical Properties Research, Biophysics (Eirei), Journal of physical Chemistry(invited)に annual に submission する.

项目成果

Tamiki Komatsuzaki: "Chemical Reaction Dynamics : Many-Body Chaos and Regularity' in Advances in Chemical Physics (発表予定)"John Wiely Inc.. 77 (2002)

Tamiki Komatsuzaki：“化学反应动力学：化学物理进展中的多体混沌和规律”（待发表）”John Wiely Inc.. 77 (2002)

Tamiki Komatsuzaki: "Dynamical Hierarchy in Transition States ; Why and How Does a System Climb over the Mountain ?"Proceedings of National Academy of Sciences USA. 98. 7666-7671 (2001)

Tamiki Komatsuzaki：“过渡状态中的动态等级制度；系统为何以及如何翻越这座山？”美国国家科学院院刊。

Tamiki Komatsuzaki: "Regularity in Chaotic Reaction Path III : Ar_6 -Local Invariances at the Reaction Bottleneck-"Journal of Chemical Physics. 130. 4105-4117 (2001)

Tamiki Komatsuzaki：“混沌反应路径 III 中的规律性：Ar_6 -反应瓶颈处的局部不变性 -”化学物理杂志。

小松崎民樹: "複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題-力学的決定性と統計性の中間領域を探る-"物性研究. 76(1). 57-62 (2001)

Tamiki Komatsuzaki：“复杂 Taya 势能表面上出现的动力学问题 - 探索机械决定论和统计之间的中间区域 -”Condensed Matter Research 76(1) (2001)。

小松崎 民樹: "化学反応の「揺らぐ」世界における力学的決定性-70年来の非再交差仮説の解決"物性研究. 76(1). 1-44 (2001)

Tamiki Komatsuzaki：“化学反应“波动”世界中的机械决定论 - 70 年前的非重交假说的解决方案”Condensed Matter Research 76(1) (2001)。