アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索
搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构
基本信息
- 批准号:13208017
- 负责人:
- 金额:$ 2.69万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
- 财政年份:2001
- 资助国家:日本
- 起止时间:2001 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
効率良く折れ畳む蛋白質(good folder)とそうではない人工蛋白質(bad folder)のThirumalaiらの46ビーズモデルに対する折れ畳みシュミレーションのダイナミックスに対し、主成分解析と埋め込み論を併用し、折れ畳み易さ・頑健性の違いをその規則構造の次元性、階層的なメカニズムの有無、エネルギーLandscapeの観点から解析した。揺らぎの大きい10数主成分の次元が相対的に低く、かつ転移温度では他の温度領域のそれに比べて顕著に小さく、転移温度領域のダイナミックスは非ブラウン運動的な規則性を保有する傾向があることが分かった。数十個の原子クラスターの擬相転移や液体のガラス転移においても、相転移温度付近において、非確率過程的なダイナミックスが知られており、本研究はGarciaらによる酸化チトクロームcの水溶液中の蛋白揺らぎの異常拡散に対する理論的な裏づけを与えたことに相当する。ファネル・非ファネル型ランドスケープによる相違は、ファネル型のエネルギー地形のほうがフオールディングダイナミックスをより幅広い温度領域に渡ってregularizeする傾向があることが具体的に示唆された。研究成果に関しては、Telluride Summer、Colorado USA(invited)、The 4^<th> International Conference on Biological Physics, Kyotoなどの国際会議および生理学研究所研究会「蛋白質ダイナミクス及びプリオン機構研究会」(依頼)、日本物理学会、分子構造総合討論会などで発表した。学術雑誌 物性研究、生物物理(依頼)、Journal of Physical Chemistry(invited)に年度内に投稿する。
The efficacy of the good く folder れ畳む protein (good folder)とそうで とそうで な な く artificial protein (bad Folder) の Thirumalai ら の 46 ビ ー ズ モ デ ル に す seaborne る fold れ 畳 み シ ュ ミ レ ー シ ョ ン の ダ イ ナ ミ ッ ク ス に し seaborne, principal component analytic と buried め 込 を み theory and し, folding れ 畳 み さ · operations, ease の violations い を そ の tectonic の dimensional rules, class of the な メ カ ニ ズ ム の, エ ネ ル ギ ー Lands cape 観 観 point ら parses た た. 揺 ら ぎ の big き い number 10 principal component の dimensions が phase に low く, seaborne か つ planning move temperature で は he の temperature field の そ れ に than べ て 顕 に small さ く, planning to move temperature field の ダ イ ナ ミ ッ ク ス は non ブ ラ ウ な ン movement regularity を retain す る tendency が あ る こ と が points か っ た. Dozens of の atomic ク ラ ス タ ー の quasi liquid phase planning move や の ガ ラ ス planning move に お い て も temperature, phase planning to move to pay nearly に お い て, non probabilistic process な ダ イ ナ ミ ッ ク ス が know ら れ て お り, this study は Garcia ら に よ る acidification チ ト ク ロ ー ム c の 揺 の proteins in aqueous solution ら ぎ の abnormal company, scattered に す seaborne る theory of な づ け を and え た こ Youdaoplaceholder0 is equivalent to する. フ ァ ネ ル, non フ ァ ネ ル type ラ ン ド ス ケ ー プ に よ る は, deemed フ ァ ネ ル type の エ ネ ル ギ ー terrain の ほ う が フ オ ー ル デ ィ ン グ ダ イ ナ ミ ッ ク ス を よ り picture hiroo い に temperature field crossing っ て regularize す る tendency が あ る こ と が specific に in stopping さ れ た. Research results に related to て て, Telluride Summer, Colorado USA(invited), The 4^<th> International Conference on Biological Physics Said 49-year-old kyoko な ど の international conference お よ び physiology research institute institute "protein ダ イ ナ ミ ク ス and び プ リ オ ン agency studies" (in accordance with the 頼), the Japan institute of physics, molecular structure 総 workshop な ど で 発 table し た. Academic 雑 Journal of Physical Properties Research, Biophysics (Eirei), Journal of physical Chemistry(invited)に annual に submission する.
项目成果
期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Tamiki Komatsuzaki: "Chemical Reaction Dynamics : Many-Body Chaos and Regularity' in Advances in Chemical Physics (発表予定)"John Wiely Inc.. 77 (2002)
Tamiki Komatsuzaki:“化学反应动力学:化学物理进展中的多体混沌和规律”(待发表)”John Wiely Inc.. 77 (2002)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki: "Dynamical Hierarchy in Transition States ; Why and How Does a System Climb over the Mountain ?"Proceedings of National Academy of Sciences USA. 98. 7666-7671 (2001)
Tamiki Komatsuzaki:“过渡状态中的动态等级制度;系统为何以及如何翻越这座山?”美国国家科学院院刊。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki: "Regularity in Chaotic Reaction Path III : Ar_6 -Local Invariances at the Reaction Bottleneck-"Journal of Chemical Physics. 130. 4105-4117 (2001)
Tamiki Komatsuzaki:“混沌反应路径 III 中的规律性:Ar_6 -反应瓶颈处的局部不变性 -”化学物理杂志。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
小松崎民樹: "複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題-力学的決定性と統計性の中間領域を探る-"物性研究. 76(1). 57-62 (2001)
Tamiki Komatsuzaki:“复杂 Taya 势能表面上出现的动力学问题 - 探索机械决定论和统计之间的中间区域 -”Condensed Matter Research 76(1) (2001)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
小松崎 民樹: "化学反応の「揺らぐ」世界における力学的決定性-70年来の非再交差仮説の解決"物性研究. 76(1). 1-44 (2001)
Tamiki Komatsuzaki:“化学反应“波动”世界中的机械决定论 - 70 年前的非重交假说的解决方案”Condensed Matter Research 76(1) (2001)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
小松崎 民樹其他文献
グラフカット:2次劣モジュラ関数最小化でどこまでやれるか
图割:最小化二次子模函数能走多远?
- DOI:
- 发表时间:
2015 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
永幡 裕;前田 理;寺本 央;Chun-Biu Li;堀山 貴史;武次 徹也;小松崎 民樹;石川 博 - 通讯作者:
石川 博
Energy landscapes learned from time series and networks
从时间序列和网络中学习的能源景观
- DOI:
- 发表时间:
2014 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
永幡 裕;前田 理;寺本 央;Chun-Biu Li;堀山 貴史;武次 徹也;小松崎 民樹;小松崎 民樹;Tamiki Komatsuzaki - 通讯作者:
Tamiki Komatsuzaki
Counting lines and conics on a surface
计算曲面上的直线和二次曲线
- DOI:
- 发表时间:
2009 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
寺本 央;小松崎 民樹;Y.Miyaoka - 通讯作者:
Y.Miyaoka
Theo orbibundle Miyaoka-Yau inequality and an effective Bogomolov-McQ uillan theorem
Theo 球束 Miyaoka-Yau 不等式和有效的 Bogomolov-McQ uillan 定理
- DOI:
- 发表时间:
2008 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
寺本 央;小松崎 民樹;Y.Miyaoka;Yoichi Miyaoka;Yoichi Miyaoka - 通讯作者:
Yoichi Miyaoka
The relationship between mechanical behaviors and surface roughness of submeter-sized granite sample in bi-axial friction experiments
亚米级花岗岩试样双轴摩擦力学行为与表面粗糙度的关系
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
田畑 公次;中村 篤祥;本多 淳也;小松崎 民樹;Kazuo Mizoguchi,Sachiko Iizuka - 通讯作者:
Kazuo Mizoguchi,Sachiko Iizuka
小松崎 民樹的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('小松崎 民樹', 18)}}的其他基金
Cell diagnosis by bridging Raman Spectral Imaging and Information Science
通过连接拉曼光谱成像和信息科学进行细胞诊断
- 批准号:
18F18719 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
複雑反応系に対するダイナミックス理論の基礎構築
为复杂反应系统奠定动力学理论基础
- 批准号:
20038001 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
複雑反応系に対するダイナミックス理論の基礎構築
为复杂反应系统奠定动力学理论基础
- 批准号:
19029030 - 财政年份:2006
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
1分子時系列情報に基づく反応ネットワーク構造の構成論とその複雑さ解析
基于单分子时间序列信息的反应网络结构组成理论及其复杂性分析
- 批准号:
18016019 - 财政年份:2006
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
相空間構造に基づく多遷移反応動力学とメソスケールで発現する新規なダイナミックス
基于相空间结构和介观尺度发生的新颖动力学的多转变反应动力学
- 批准号:
16032209 - 财政年份:2004
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
1分子時系列情報に基づく生体分子の構造転移パスウェイの多重性・多型性解析
基于单分子时间序列信息的生物分子结构转变途径的多重性和多态性分析
- 批准号:
15014221 - 财政年份:2003
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
相空間構造に基づく多遷移反応動力学とメソスケールで発現する新規なダイナミックス
基于相空间结构和介观尺度发生的新颖动力学的多转变反应动力学
- 批准号:
15035210 - 财政年份:2003
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
アミノ酸配列空間上の蛋白質の折れ畳みダイナミックスにおける規則的階層性の探索
搜索氨基酸序列空间中蛋白质折叠动力学的规则层次结构
- 批准号:
14015219 - 财政年份:2002
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
化学反応における遷移過程の動力学的階層構造に関する研究
化学反应过渡过程的动力学层次结构研究
- 批准号:
12042254 - 财政年份:2000
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
相似海外基金
超高圧環境を利用した異常拡散の機構解明研究
利用超高压环境阐明异常扩散机制的研究
- 批准号:
09750733 - 财政年份:1997
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
超高圧力を用いたチタンの異常拡散機構の解明
利用超高压阐明钛的反常扩散机制
- 批准号:
05750597 - 财政年份:1993
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
乱流・時空カオスにより誘起される粒子輸送現象と異常拡散の基礎的研究
湍流和时空混沌引起的粒子输运现象和反常扩散的基础研究
- 批准号:
04740204 - 财政年份:1992
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
2次元および3次元の発達乱流における異常拡散の実験的研究
二维和三维发展湍流中反常扩散的实验研究
- 批准号:
59540198 - 财政年份:1984
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
乱流場における磁場の異常拡散
湍流场中磁场的反常扩散
- 批准号:
58540211 - 财政年份:1983
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
不均一径方向電界をもつ円柱プラズマにおけるフルート不安定による異常拡散
具有非均匀径向电场的圆柱形等离子体中由于凹槽不稳定性导致的异常扩散
- 批准号:
X00210----479011 - 财政年份:1979
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
磁場を横切るイオンの拡散(異常拡散)を利用した質量分離の基礎的研究
利用磁场中的离子扩散(异常扩散)进行质量分离的基础研究
- 批准号:
X43210------5075 - 财政年份:1968
- 资助金额:
$ 2.69万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)