新規機能配列選択法を用いたリボソームRNAの機能解析

使用新型功能序列选择方法对核糖体 RNA 进行功能分析

基本信息

  • 批准号:
    14035211
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.05万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2002
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2002 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

SSER法(特許出願中)は特定遺伝子の機能部位において、完全にランダムな配列から機能配列のみをin vivoで選択する方法で、研究代表者が考案した全く新しい機能配列解析法である。本研究ではSSER法を用い、リポソームRNA (rRNA)の機能解析を行うことを目的とした。特に23S rRNAのペプチド転移反応と16S rRNAのコドン解読能に焦点をあてる。リボソームRNAの機能部位を完全にランダマイズし、リボソームの機能に必須な配列のみを細胞内で選択することによりリボソームRNAの機能を解析する。また迅速な選択であるため、リボソームの本質的な機能には影響しないものの、活性が低いがために自然選択で排除されてきたような、変異体を選択できる点が特徴でもある。したがって進化的な保存性からは見逃されていた真の機能的な保存性を知ることができ、rRNAの本質的な役割を抽出することができる。今年度は23S rRNA上のペプチド転移反応活性中心を重点的に解析しPループ(helix 80)、Aループ(helix 92)、ドメインV大ループなどについてライブラリーを作成し、完全にランダムな配列からリボソームの各機能に必須な配列を選択することに成功した。天然型を含むいくつかの配列がコンセンサス配列として選択され、結晶構造や生化学的な実験から得られた知見と矛盾しない結果であった。進化的に高度に保存されている部位にバリアントが得られ、本手法による解析が機能配列のみを選択する目的に優れていることを再確認した。いくつかの新しい知見の中で特に注目すべきは、結晶構造中では水素結合で連結されているA2451,A2450,G2061,C2063,C2501の5残基が、いずれも必須塩基として選択されたことである。この5残基からなる構造が、ペプチド転移反応の触媒活性の発現に特に重要であることを示唆する結果であると考えている。
SSER method (licensed) is a method for selecting functional sites of specific genes, a method for selecting functional sites in vivo, and a method for analyzing functional sites in vivo. The purpose of this study is to analyze the function of RNA (rRNA) using SSER method. In particular, the 23S rRNA gene can be transferred to the 16S rRNA gene. The functional site of the RNA is completely different from the functional site of the RNA. Quick selection, easy selection, essential function, low activity, natural selection, exclusion, heterogenous selection, point selection, characteristic. The preservation of the evolution of rRNA and the preservation of its function are known. This year, we successfully analyzed the key points of the active center on the 23S rRNA, such as P (helix 80), A (helix 92), V (helix 92), and V (helix 92). The natural type contains the following elements: crystal structure, biochemical structure, etc. This method is used to analyze and select the best part of the evolution. The five residues A2451,A2450,G2061,C2063,C2501 in the crystal structure are linked together. The structure of these five residues is particularly important for the development of catalytic activity.

项目成果

期刊论文数量(18)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Yasukawa, T., Suzuki, T., Ohta, S., Watanabe, K.: "Wobble modification defect suppresses translational activity of tRNAs with MELAS an MERRF mutations"Mitochondrion. 2. 129-141 (2002)
Yasukawa, T.、Suzuki, T.、Ohta, S.、Watanabe, K.:“摆动修饰缺陷抑制具有 MELAS 和 MERRF 突变的 tRNA 的翻译活性”线粒体。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Tomari, Y., Hino, N., Nagaike, T., Suzuki, T.^*, Ueda, T.: "Decreased CCA-addition of human mitochondrial tRNAs bearing pathogenic A4317G or A10044G mutation"J. Biol. Chem.. 278(In press). (2003)
Tomari, Y.、Hino, N.、Nagaike, T.、Suzuki, T.^*、Ueda, T.:“携带致病性 A4317G 或 A10044G 突变的人线粒体 tRNA 的 CCA 添加减少”J。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Kaneko, T., Suzuki, T., Kapushoc, S.T., Rubio, M.A., Ghazvii, J., Watanabe, K., Simpson, L, Suzuki, T.^*: "Wobble modification differences and subcellular localization of tRNAs in Leishmania tarentolae : implication for tRNA sorting mechanism"EMBO Journal
Kaneko, T.、Suzuki, T.、Kapushoc, S.T.、Rubio, M.A.、Ghazvii, J.、Watanabe, K.、Simpson, L、Suzuki, T.^*:“利什曼原虫中 tRNA 的摆动修饰差异和亚细胞定位
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Shigi, N., suzuki, T., Tamakoshi, M., Oshima, T., Watanabe, K.: "The conserved bases in TΨC loop of tRNA are determinants for Thermophile-specific 2-thiolation of U54"J. Biol. Chem.. 277. 39128-39135 (2002)
Shigi, N.、suzuki, T.、Tamakoshi, M.、Oshima, T.、Watanabe, K.:“tRNA TΨC 环中的保守碱基是 U54 嗜热菌特异性 2-硫醇化的决定因素”J. Biol。化学..277.39128-39135(2002)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Cho, H.D., Tomita, K., Suzuki, T., Weiner, A.M.: "U2 snRNA is a substrate for the CCA-adding enzyme (tRNA nucleotidyltransferase)"J. Biol. Chem.. 277. 3447-3455 (2002)
Cho, H.D.、Tomita, K.、Suzuki, T.、Weiner, A.M.:“U2 snRNA 是 CCA 添加酶(tRNA 核苷酸转移酶)的底物”J.
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  • 发表时间:
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Estimation of scan-gap limits on phase delay connections in delta VLBI observations based on the phase structure function at a short time period
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    0
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  • 通讯作者:
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Dynamic regulation of RNA modification and biological process
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新規機能配列選択法を用いたリボソームRNAの機能解析
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    1998
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    23K23685
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    2022
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    571929-2022
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    2022
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    2022
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  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 2.05万
  • 项目类别:
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