VR技術を用いた生命機能情報や知識の統合的可視化に関する研究

利用VR技术实现生物功能信息与知识集成可视化研究

• 批准号: 16014205
• 负责人: 廣瀬 通孝
• 金额: $ 3.46万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014205/
• 关键词: バーチャルリアリティ; Genome Imbalance Map (GIM); 可視化; ゲノムのコピー数; DNAチップ; 文献情報; ゲノムネットワーク; 可搬型VR環境システム

DNAチップ(Genotyping Microarray)の情報を用い,ゲノムのコピー数を対立遺伝子ごとに高解像度で見ることが出来るGIM(Genome Imbalance Map)の開発を行った.DNAチップの情報を利用して,ノイズの除去,コピー数推定,可視化という流れのシステムである.この中で,ひとつのサンプルで,あるいは複数サンプルに渡って,染色体のコピー数を一目で見ることの出来る可視化手法を提案した.染色体のコピー数が異常になっている領域(欠損領域や増幅領域)を検出するために,染色体バンドイメージを利用して可視化し,ボタンひとつでコピー数の抽出を可能にし,異常領域のみを動きなどを利用して強調表示させることを行った.これらにより,複数サンプルで比較し,全体の傾向をつかむことが可能になった.このGmの手法について,国際会議や学会にて,発表を行った.文献情報などから作成したゲノムネットワークの可視化手法の開発などを行った.従来の可視化手法においては,ネットワークとして描くと,全く混雑してわからない絵となってしまう.本研究では,ネットワークの性質を利用して,ネットワークのノードに情報を折りたたむことなどをして,まとめていく可視化手法を開発した.この手法を利用することで,ネットワークの骨格を抽出することが可能になった.VR環境として,PCを複数台利用した大規模VR環境の開発を行った.大型コンピュータなしに,PCで構築することが可能になったために,今後の普及が期待できる.また,大規模VR環境だけでなく,裸眼立体視ディスプレイなどを利用した可搬型VR環境システムの構築を行い,3次元立体映像をどこでも提示することが可能となった.また,研究者からの情報発信としてVR環境を利用したゲノム関連展示を実施し,展示の際にアンケート調査などをした結果をまとめ,学会で発表を行った.

Genome Imbalance Map)の开発を行った.DNAチップのinformationをutilizationして,ノイズのremoval,コピーnumber estimation, visualizationという流れのシステムである.この中で,ひとつのサンプルで,あるいはpluralサンプルに多って, The number of chromosomes is the number of chromosomes. The number of chromosomes is abnormal. The number of chromosomes is abnormal.っている field (loss field and enlarged field) を検出するために, chromosome バンドイメージをutilization して visualizationし, ボタンひとつでコピーnumber のdraw out the possibility にし, the abnormal field のみをmovable きなどをutilize して emphasize the expression させることを行った.これらにより, plural サンプルで comparison し, overall tendency をつかむことがpossible になった.このGmのtechniqueについて,International Conferenceや学にて,発外を行った.Documentary informationなどから成したゲノムネットワークのVisualization techniqueの开発などを行った.従来のVisualization techniqueにおいては,ネットワークとしThis study is based on the characteristics of this study.て,ネットワークのノードにInformationをfoldりたたむことなどをして,まとめていくVisualization techniqueを开発しVR environmentして, PC を Multiple units use した large-scale VR environment の発を行った. Large-scale コンピュータなしに, PC でstructure It is possible to build a VR environment, and it is expected that it will be popularized in the future. It is a large-scale VR environment. Naked-eye stereoscopic vision is a portable VR environment constructed using naked-eye stereoscopic vision, and a 3-dimensional stereoscopic image is createdどこでも hints することがpossible となった.また, researcher からのinformation 発信 としてVR environment をutilization したゲノムassociated display を実士し, Display の间にアンケートinvestigation などをした results をまとめ, learn で発 table を行った.

项目成果

Genome Imbalance Map : Visualization of Allelic Copy Number Using Genotyping Microarray

基因组不平衡图：使用基因分型微阵列可视化等位基因拷贝数

• 发表时间: 2004
• 期刊: The fourth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics
• 作者: Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Michitaka Hirose;Hiroyuki Aburatani
• 通讯作者: Hiroyuki Aburatani

VR環境を用いたゲノム関連展示とその操作ログの可視化

使用 VR 环境可视化基因组相关展品和操作日志

• 发表时间: 2004
• 期刊: ヒューマンインタフェース学会 第28回研究会 6・3
• 作者: 西村 邦裕;広田 光一;油谷 浩幸;廣瀬 通孝
• 通讯作者: 廣瀬 通孝

没入型多面ディスプレイの教育応用

沉浸式多屏显示的教育应用

• 发表时间: 2004
• 期刊: 平成16年度情報処理教育研究集会 (CD-ROM)
• 作者: 山下 淳;西村 邦裕;阿部 浩二;広田 光一;廣瀬 通孝
• 通讯作者: 廣瀬 通孝

Information visualization of allelic copy number data for genome imbalance analysis

用于基因组不平衡分析的等位基因拷贝数数据的信息可视化

• 发表时间: 2005
• 期刊: 11th International Conference on Human - Computer Interaction (HCI International 2005) (発表予定)
• 作者: Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Koichi Hirota;Hiroyuki Aburatani;Michitaka Hirose
• 通讯作者: Michitaka Hirose

ゲノムコピー数異常検出のための可視化

用于检测基因组拷贝数畸变的可视化

• 发表时间: 2004
• 期刊: 日本バーチャルリアリティ学会大会論文集 9
• 作者: 西村 邦裕;石川 俊平;広田 光一;油谷 浩幸;廣瀬 通孝
• 通讯作者: 廣瀬 通孝