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VR技術を用いた生命機能情報や知識の統合的可視化に関する研究

利用VR技术实现生物功能信息与知识集成可视化研究

基本信息

批准号：
16014205
负责人：
廣瀬通孝
金额：
$ 3.46万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

DNAチップ(Genotyping Microarray)の情報を用い,ゲノムのコピー数を対立遺伝子ごとに高解像度で見ることが出来るGIM(Genome Imbalance Map)の開発を行った.DNAチップの情報を利用して,ノイズの除去,コピー数推定,可視化という流れのシステムである.この中で,ひとつのサンプルで,あるいは複数サンプルに渡って,染色体のコピー数を一目で見ることの出来る可視化手法を提案した.染色体のコピー数が異常になっている領域(欠損領域や増幅領域)を検出するために,染色体バンドイメージを利用して可視化し,ボタンひとつでコピー数の抽出を可能にし,異常領域のみを動きなどを利用して強調表示させることを行った.これらにより,複数サンプルで比較し,全体の傾向をつかむことが可能になった.このGmの手法について,国際会議や学会にて,発表を行った.文献情報などから作成したゲノムネットワークの可視化手法の開発などを行った.従来の可視化手法においては,ネットワークとして描くと,全く混雑してわからない絵となってしまう.本研究では,ネットワークの性質を利用して,ネットワークのノードに情報を折りたたむことなどをして,まとめていく可視化手法を開発した.この手法を利用することで,ネットワークの骨格を抽出することが可能になった.VR環境として,PCを複数台利用した大規模VR環境の開発を行った.大型コンピュータなしに,PCで構築することが可能になったために,今後の普及が期待できる.また,大規模VR環境だけでなく,裸眼立体視ディスプレイなどを利用した可搬型VR環境システムの構築を行い,3次元立体映像をどこでも提示することが可能となった.また,研究者からの情報発信としてVR環境を利用したゲノム関連展示を実施し,展示の際にアンケート調査などをした結果をまとめ,学会で発表を行った.

The development of Genome Imbalance Map (GIM) with high resolution. The information of Genome Imbalance Map (GIM) with high resolution. The information of Genome Imbalance Map with high resolution. In this moment, the number of chromosomes can be seen at a glance, and a visualization method is proposed. The number of chromosomes in the abnormal field (the deficient field and the increased field) is displayed in the chromosome field. The chromosome number is displayed in the visualization field. The number of chromosomes in the abnormal field can be extracted. The abnormal field is displayed in the emphasized field. The tendency of the whole is to compare, compare and compare. This Gm's methodology is developed, international conferences and societies are organized, and presentations are made. Document information is created by developing visualization techniques. The visual technique of the coming is to mix, mix and match. In this study, we developed a visualization method to utilize the nature of the product and to generate information from the product. The development of VR environment is possible through the use of multiple PC platforms. Large PC is expected to be popular in the future. For large-scale VR environments, bare-eye stereoscopic vision is used to construct portable VR environments, and three-dimensional stereoscopic images are suggested. The information from the researchers was communicated and the VR environment was utilized to demonstrate the relevance of the research results.

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Genome Imbalance Map : Visualization of Allelic Copy Number Using Genotyping Microarray

基因组不平衡图：使用基因分型微阵列可视化等位基因拷贝数

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
The fourth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics
影响因子：
0
作者：
Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Michitaka Hirose;Hiroyuki Aburatani
通讯作者：
Hiroyuki Aburatani

VR環境を用いたゲノム関連展示とその操作ログの可視化

使用 VR 环境可视化基因组相关展品和操作日志

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
ヒューマンインタフェース学会第28回研究会 6・3
影响因子：
0
作者：
西村邦裕;広田光一;油谷浩幸;廣瀬通孝
通讯作者：
廣瀬通孝

没入型多面ディスプレイの教育応用

沉浸式多屏显示的教育应用

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
平成16年度情報処理教育研究集会 (CD-ROM)
影响因子：
0
作者：
山下淳;西村邦裕;阿部浩二;広田光一;廣瀬通孝
通讯作者：
廣瀬通孝

Information visualization of allelic copy number data for genome imbalance analysis

用于基因组不平衡分析的等位基因拷贝数数据的信息可视化

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
11th International Conference on Human - Computer Interaction (HCI International 2005) (発表予定)
影响因子：
0
作者：
Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Koichi Hirota;Hiroyuki Aburatani;Michitaka Hirose
通讯作者：
Michitaka Hirose

ゲノムコピー数異常検出のための可視化

用于检测基因组拷贝数畸变的可视化