VR技術を用いた生命機能情報や知識の統合的可視化に関する研究

利用VR技术实现生物功能信息与知识集成可视化研究

• 批准号: 16014205
• 负责人: 廣瀬 通孝
• 金额: $ 3.46万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014205/
• 关键词: バーチャルリアリティ; Genome Imbalance Map (GIM); 可視化; ゲノムのコピー数; DNAチップ; 文献情報; ゲノムネットワーク; 可搬型VR環境システム

DNAチップ(Genotyping Microarray)の情報を用い,ゲノムのコピー数を対立遺伝子ごとに高解像度で見ることが出来るGIM(Genome Imbalance Map)の開発を行った.DNAチップの情報を利用して,ノイズの除去,コピー数推定,可視化という流れのシステムである.この中で,ひとつのサンプルで,あるいは複数サンプルに渡って,染色体のコピー数を一目で見ることの出来る可視化手法を提案した.染色体のコピー数が異常になっている領域(欠損領域や増幅領域)を検出するために,染色体バンドイメージを利用して可視化し,ボタンひとつでコピー数の抽出を可能にし,異常領域のみを動きなどを利用して強調表示させることを行った.これらにより,複数サンプルで比較し,全体の傾向をつかむことが可能になった.このGmの手法について,国際会議や学会にて,発表を行った.文献情報などから作成したゲノムネットワークの可視化手法の開発などを行った.従来の可視化手法においては,ネットワークとして描くと,全く混雑してわからない絵となってしまう.本研究では,ネットワークの性質を利用して,ネットワークのノードに情報を折りたたむことなどをして,まとめていく可視化手法を開発した.この手法を利用することで,ネットワークの骨格を抽出することが可能になった.VR環境として,PCを複数台利用した大規模VR環境の開発を行った.大型コンピュータなしに,PCで構築することが可能になったために,今後の普及が期待できる.また,大規模VR環境だけでなく,裸眼立体視ディスプレイなどを利用した可搬型VR環境システムの構築を行い,3次元立体映像をどこでも提示することが可能となった.また,研究者からの情報発信としてVR環境を利用したゲノム関連展示を実施し,展示の際にアンケート調査などをした結果をまとめ,学会で発表を行った.

DNA チ ッ プ (Genotyping Microarray) の intelligence を い, ゲ ノ ム の コ ピ ー number を state heritage seaborne 伝 son ご と に high resolution で see る こ と が out る GIM (Genome Imbalance Line Map) の open 発 を っ た. DNA チ ッ プ の intelligence を using し て, ノ イ ズ の eliminate, コ ピ ー presumption, visual と い う flow れ の シ ス テ ム で あ る. こ の で, ひ と つ の サ ン プ ル で, あ る い は plural サ ン プ ル に crossing っ て, chromosome の コ ピ ー see an order number を で る こ と の out る visualization technique proposed を し た. Abnormal number of chromosomes の コ ピ ー が に な っ て い る areas (less damage areas や raised picture) を 検 out す る た め に, chromosome バ ン ド イ メ ー ジ を using し て visualization し, ボ タ ン ひ と つ で コ ピ ー number の may take を に し, abnormal areas の み を dynamic き な ど を using し て emphasize said さ せ る こ と を line っ た. こ れ ら に よ り, plural サ ン プ ル で し, all の tendency を つ か む こ と が may に な っ た. こ の Gm の gimmick に つ い て, international society for meeting や に て, 発 table line を っ た. The literature and information な ら ら ら ら is made into a <s:1> たゲノムネットワ たゲノムネットワ <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> visualization method <s:1> is developed な を を lines った. 従 to の visualization technique に お い て は, ネ ッ ト ワ ー ク と し て tracing く と, full く mixed 雑 し て わ か ら な い 絵 と な っ て し ま う. This study で は, ネ ッ ト ワ ー ク の nature を USES し て, ネ ッ ト ワ ー ク の ノ ー ド に intelligence を fold り た た む こ と な ど を し て, ま と め て い く visualization technique を open 発 し た. こ の technique を USES す る こ と で, ネ ッ ト ワ ー ク の bone を spare す る こ と が may に な っ た. VR environments と し て, PC を plural sets using し た Large-scale VR environment development を line った. Large コ ン ピ ュ ー タ な し に, PC で build す る こ と が may に な っ た た め に, future の popularization が expect で き る. ま た, large-scale VR environments だ け で な く, naked eye stereoscopic デ ィ ス プ レ イ な ど を using し た can move VR environments シ ス テ ム の build を い, 3 dimensional stereoscopic image を ど こ で も prompt す る こ と が may と な っ た. ま た, researchers か ら の intelligence 発 letter と し を て VR environment using し た ゲ ノ ム masato even show を be し, show the event の に ア ン ケ ー ト survey な ど を し た results を ま と め, learn で 発 table line を っ た.

项目成果

Genome Imbalance Map : Visualization of Allelic Copy Number Using Genotyping Microarray

基因组不平衡图：使用基因分型微阵列可视化等位基因拷贝数

• 发表时间: 2004
• 期刊: The fourth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics
• 作者: Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Michitaka Hirose;Hiroyuki Aburatani
• 通讯作者: Hiroyuki Aburatani

VR環境を用いたゲノム関連展示とその操作ログの可視化

使用 VR 环境可视化基因组相关展品和操作日志

• 发表时间: 2004
• 期刊: ヒューマンインタフェース学会 第28回研究会 6・3
• 作者: 西村 邦裕;広田 光一;油谷 浩幸;廣瀬 通孝
• 通讯作者: 廣瀬 通孝

没入型多面ディスプレイの教育応用

沉浸式多屏显示的教育应用

• 发表时间: 2004
• 期刊: 平成16年度情報処理教育研究集会 (CD-ROM)
• 作者: 山下 淳;西村 邦裕;阿部 浩二;広田 光一;廣瀬 通孝
• 通讯作者: 廣瀬 通孝

Information visualization of allelic copy number data for genome imbalance analysis

用于基因组不平衡分析的等位基因拷贝数数据的信息可视化

• 发表时间: 2005
• 期刊: 11th International Conference on Human - Computer Interaction (HCI International 2005) (発表予定)
• 作者: Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Koichi Hirota;Hiroyuki Aburatani;Michitaka Hirose
• 通讯作者: Michitaka Hirose

Three-dimensional visualization of allelic copy number data

等位基因拷贝数数据的三维可视化

• 发表时间: 2004
• 期刊: Genome Informatics 15
• 作者: Kunihiro Nishimura;Shumpei Ishikawa;Koichi Hirota;Hiroyuki Aburatani;Michitaka Hirose
• 通讯作者: Michitaka Hirose