分子シャペロンのX線結晶構造解析
分子伴侣的X射线晶体结构分析
基本信息
- 批准号:17028014
- 负责人:
- 金额:$ 8.06万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2005
- 资助国家:日本
- 起止时间:2005 至 2006
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
分子シャペロンは,ほどけたポリペプチドのフォールディングを助け,タンパク質としての機能を与える.あるいは逆に,固くまとまってしまったポリペプチドを一度ほどくことによって再利用したり,脂質膜で隔てられた領域の間を効率的に輸送したりすることを可能にしている.このようなポリペプチドの動的な構造変化に応じて,分子シャペロン自身も構造を変化させる.本研究では,シャペロン分子全体の結晶構造を決定し,ATP加水分解に伴う構造変化とシャペロン機構についての構造基盤を確立することを目的とした.リボソームで合成されたばかりのポリペプチド鎖のフォールディングを助けるDnaK・DnaJ・DafA複合体,および,小胞輸送の最終段階で膜小胞と標的膜との融合で働くNSFを解析対象として研究を開始した.DnaK・DnaJ・DafA複合体については4.4Å分解能の回折データセットを収集したが構造決定までには至らなかった.DnaJ単体についても3.2Å分解能の回折データセットを収集したが,回折の異方性が高く構造を決定することができなかった.酵母のNSFであるSec18Pについては,10種類の発現コンストラクトについて様々なアデニンヌクレオチド存在下での結晶化スクリーニングを行なったが結晶は得られなかった.一方,ATPに依存した膜透過を行なう膜透過装置複合体SecDFおよびSecYEについて,京大ウイルス研の伊藤維昭教授との共同研究を行なって来た.好熱菌由来のSecDFおよびSecYEについて,分解能3.7Åおよび3.2ÅのMAD回折データセットを収集した.SecYEの構造は,Fabフラグメントとの複合体の状態で3.14Å分解能で決定した(R_<free>=0.32).機能上重要であると示されている領域の電子密度も比較的明瞭であり,膜透過メカニズムがより詳細に明らかになるものと考えている.
Molecular シ ャ ペ ロ ン は, ほ ど け た ポ リ ペ プ チ ド の フ ォ ー ル デ ィ ン グ を help け, タ ン パ ク qualitative と し て の function を with え る. あ る い は inverse に, solid く ま と ま っ て し ま っ た ポ リ ペ プ チ ド を once ほ ど く こ と に よ っ て reuse し た り, lipid membrane で every て ら れ た areas between の を sharper rate に conveying し た り す る こ と を can Can に し て い る. こ の よ う な ポ リ ペ プ チ ド の な structural variations of dynamic に 応 じ て, molecular シ ャ ペ ロ ン を も structure itself - the さ せ る. This study で は, シ ャ ペ ロ all の ン molecular crystal structure を し decision, ATP hydrolysis に with う structure - the と シ ャ ペ ロ ン institutions に つ い て の structure substrate を establish す る こ と を purpose と し た. リ ボ ソ ー ム で synthetic さ れ た ば か り の ポ リ ペ プ チ ド lock の フ ォ ー ル デ ィ ン グ を help け る DnaK, DnaJ, DafA Fit, お よ び, vesicular transport の eventually Duan Jie で membrane small cell membrane と mark と の fusion で 働 く NSF を parsing like と seaborne し て research を start し た. DnaK, DnaJ, DafA complex に つ い て は 4.4 A decomposition can の inflexion デ ー タ セ ッ ト を 収 set し た が structure decision ま で に は to ら な か っ た. DnaJ 単 body に つ い て も 3.2 A decomposition can の inflexion デ ー タ セ ッ ト を 収 set し た が, inflexion の square difference が high を く structure decision す る こ と が で き な か っ た. Yeast の NSF で あ る Sec18P に つ い て は, 10 species の 発 now コ ン ス ト ラ ク ト に つ い て others 々 な ア デ ニ ン ヌ ク レ オ チ ド presence で の crystallization ス ク リ ー ニ ン グ を line な っ た が crystallization は must ら れ な か っ た. Side, ATP に dependent し た membrane through line を な う membrane device through complex SecDF お よ び SecYE に つ い て, Beijing big ウ イ ル ス research の ITO d professor zhao と の joint research line を な っ て た. Hot bacteria origin の SecDF お よ び SecYE に つ い て, decomposition can 3.7 A お よ び 3.2 A の MAD inflexion デ ー タ セ ッ ト を 収 set し た. SecYE の は structure, Fab フ ラ グ メ ン ト と の complex の state で 3.14 A decomposition can で decision し た (R_ (free > = 0.32). Functionally important で あ る と shown さ れ て い の る field electron density も comparison and clear で あ り, membrane through メ カ ニ ズ ム が よ り detailed に Ming ら か に な る も の と exam え て い る.
项目成果
期刊论文数量(12)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Structural basis of RNA-dependent recruitment of glutamine to the genetic code
- DOI:10.1126/science.1128470
- 发表时间:2006-06-30
- 期刊:
- 影响因子:56.9
- 作者:Oshikane, Hiroyuki;Sheppard, Kelly;Nureki, Osamu
- 通讯作者:Nureki, Osamu
Asymmetric coiled-coil structure with Guanine nucleotide exchange activity.
- DOI:10.1016/j.str.2007.01.003
- 发表时间:2007-02
- 期刊:
- 影响因子:5.7
- 作者:Yusuke Sato;R. Shirakawa;H. Horiuchi;N. Dohmae;S. Fukai;O. Nureki
- 通讯作者:Yusuke Sato;R. Shirakawa;H. Horiuchi;N. Dohmae;S. Fukai;O. Nureki
Structural basis for lysidine formation by ATP pyrophosphatase accompanied with a lysine-specific loop and a tRNA-recognition domain.
ATP 焦磷酸酶伴随赖氨酸特异性环和 tRNA 识别域形成赖氨酸的结构基础。
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Nakanishi;K.;Fukai;S.;Ikeuchi;Y.;Soma;A.;Sekine;Y.;Suzuki;T.;Nureki;O.
- 通讯作者:O.
Structural basis for sulfur relay to RNA mediated by heterohexameric TusBCD complex
- DOI:10.1016/j.str.2005.11.009
- 发表时间:2006-02-01
- 期刊:
- 影响因子:5.7
- 作者:Numata, T;Fukai, S;Nureki, O
- 通讯作者:Nureki, O
Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus
- DOI:10.1107/s1744309106007779
- 发表时间:2006-04-01
- 期刊:
- 影响因子:0.9
- 作者:Tsukazaki, T;Mori, H;Ito, K
- 通讯作者:Ito, K
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
深井 周也其他文献
ユビキチン研究の新潮流:ユビキチンコードを識る・操る
泛素研究新趋势:理解和操纵泛素代码
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
深井 周也;村田 茂穂;大竹 史明;Lillan Fennell;徳永 暉;沖米田 司;伊藤 拓水;内藤 幹彦 (オーガナイザー:佐伯 泰;岩井 一宏) - 通讯作者:
岩井 一宏)
RalGAPの同定
RalGAP的鉴定
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Sato;Y.;Fukai;S.;Nureki;O.;佐藤裕介;深井 周也;深井周也;深井周也;白川龍太郎 - 通讯作者:
白川龍太郎
マグネシウム輸送体MgtEのX線結晶構造解析
镁转运蛋白 MgtE 的 X 射线晶体结构分析
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
服部 素之;田中 良樹;深井 周也;石谷 隆一郎;濡木 理 - 通讯作者:
濡木 理
開口放出を制御するRabGTPase Sec4p活性化の構造的基盤
控制胞吐作用的 RabGTPase Sec4p 激活的结构基础
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Sato;Y.;Fukai;S.;Nureki;O.;佐藤裕介;深井 周也;深井周也;深井周也 - 通讯作者:
深井周也
重金属輸送体ZitBのX線結晶構造解析
重金属转运蛋白ZitB的X射线晶体结构分析
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
服部 素之;田中 良樹;深井 周也;石谷 隆一郎;濡木 理 - 通讯作者:
濡木 理
深井 周也的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('深井 周也', 18)}}的其他基金
PTPδとIL-1受容体様タンパク質の複合体によるシナプス形成誘導の構造基盤の解明
阐明 PTPδ 和 IL-1 受体样蛋白复合物诱导突触形成的结构基础
- 批准号:
23K27113 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
PTPδとIL-1受容体様タンパク質の複合体によるシナプス形成誘導の構造基盤の解明
阐明 PTPδ 和 IL-1 受体样蛋白复合物诱导突触形成的结构基础
- 批准号:
23H02420 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
BRCC36複合体によるK63結合型ユビキチン鎖特異的切断メカニズムの解明
BRCC36 复合物对 K63 连接的泛素链特异性切割机制的阐明
- 批准号:
15F15386 - 财政年份:2015
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Exocyst複合体の再構成と構造解析
Exocyst复合体的重建和结构分析
- 批准号:
20051008 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Yipタンパク質ファミリーの結晶構造解析
Yip蛋白家族的晶体结构分析
- 批准号:
19036005 - 财政年份:2007
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
開口放出で働く繋留因子Exocyst複合体の立体構造解析
在胞吐作用中发挥作用的束缚因子 Exocyst 复合物的三维结构分析
- 批准号:
18054009 - 财政年份:2006
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
繋留因子群の立体構造解析による膜融合制御機構の解明
通过束缚因子的三维结构分析阐明膜融合控制机制
- 批准号:
16044214 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
開口放出を制御するタンパク質複合体群の立体構造解析
控制胞吐作用的蛋白质复合物的三维结构分析
- 批准号:
17053007 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
X線結晶構造解析に基づく嗅覚・味覚・温覚レセプターの情報変換メカニズムの解明
基于X射线晶体结构分析阐明嗅觉、味觉、热感受器的信息转换机制
- 批准号:
17048007 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
高度好熱菌バリルtRNA合成酵素および基質との三重複合体のX線結晶構造解析
超嗜热菌重晶tRNA合成酶与底物三元复合物的X射线晶体结构分析
- 批准号:
99J10300 - 财政年份:1999
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
相似海外基金
出芽酵母の分子シャペロン制御因子によるグルコース抑制の制御
酿酒酵母中分子伴侣调节剂对葡萄糖抑制的调节
- 批准号:
24K08828 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
植物成長に関わる遊離N-グリカンのシグナル分子機能の応用利用とシャペロン様機能解明
游离N-聚糖信号分子功能在植物生长中的应用及分子伴侣功能的阐明
- 批准号:
24K08833 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
変異酵素の立体構造を化学的に操作できるシャペロン化合物の合理的設計と機能解析
化学操纵突变酶三维结构的伴侣化合物的合理设计和功能分析
- 批准号:
24K09706 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
プロミスカス認識の集積によるシャペロンの機能調節メカニズム
混杂识别积累的伴侣功能调节机制
- 批准号:
23K23824 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
化学シャペロンに有効なファーマコフォアモデルの構築法の開発と抗プリオン薬への応用
化学伴侣有效药效团模型构建方法的开发及其在抗朊病毒药物中的应用
- 批准号:
23K28190 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
オリゴ核酸・ペプチド機能を革新するスマート&アダプティブ人工シャペロン創成
创建智能和适应性人工伴侣,彻底改变寡核苷酸和肽功能
- 批准号:
24H00791 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
ライソゾーム病に対するシャペロン併用療法による新規治療法の開発
使用分子伴侣联合疗法开发溶酶体疾病的新治疗方法
- 批准号:
24K10929 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
シャペロン依存性オートファジーによるNLRP3の分解:炎症とがんのクロストーク
分子伴侣依赖性自噬对 NLRP3 的降解:炎症与癌症之间的串扰
- 批准号:
24K13063 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
変異KRAS制御シャペロン複合体の細胞内外サイクルを利用した癌の新規治療法の開発
利用突变 KRAS 调节的伴侣复合物的细胞外周期开发新的癌症疗法
- 批准号:
24K10346 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
細胞膜局在型分子シャペロンを標的とした抗腫瘍薬の開発に向けた基盤研究
靶向细胞膜定位分子伴侣的抗肿瘤药物开发基础研究
- 批准号:
24K10388 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 8.06万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)