タンパク質タグの付加による細胞内タンパク質の局在・機能変換の構造学的研究

通过添加蛋白质标签进行细胞内蛋白质定位和功能转化的结构研究

• 批准号: 17028046
• 负责人: 杤尾 豪人
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: Kyoto University (2006)Yokohama City University (2005)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17028046/
• 关键词: ユビキチン; SUMO; 構造生物学; タンパク質タグ; 翻訳後修飾; NMR

タンパク質タグによるタンパク質の修飾の代表的なものとしては、ユビキチン化とSUMO化がある。一般にユビキチンの付加は基質タンパク質の構造変化を伴わないので、ユビキチンとユビキチン結合ドメインの相互作用が鍵となる。一方、SUMOによる修飾は基質タンパク質の構造変化を伴う場合がある。平成17年度に、SUMO化を受けたTDG(Thymine DNA Glycosilase)の結晶構造を決定したが、本年度はその機能変換の詳細を調べるべく研究を行なった。イソペプチド結合が形成されていないSUMO-1とTDGの複合体はDNA結合活性を保持することが知られている。そこで、この複合体の結晶構造も決定し、両者を比較した。全体的には極めて類似した構造だったが、TDGのα7に違いが見られ、この部分がDNA結合活性に寄与していることが推察できた。SUMOには四つのアイソフォーム(SUMO-1,2,3,4)が知られ、これらの間に機能的な違いが指摘されている。我々は、SUMO-3とSIM(Sumo Interacting Motif)の相互作用について検討するため、溶液MR法によりSUMO-3と、これに結合するSIM(SUMO Interacting Motif)ペプチドとの複合体の構造決定を行なった。既に決定されているSUMO-1とSIMの複合体構造と比較しSUMOアイソフォーム間におけるSIM認識の差異について明らかにした。亀また、SUMO-3化されたTDGの結晶構造も決定した。

The quality of the product is the highest in the world, and the quality of the product is the highest in the world. In general, the interaction between the matrix and the structure of the matrix is crucial. A party, SUMO, modification, matrix, texture, transformation, etc. In 2017, the crystal structure of TDG(Thymine DNA Glycosilase) was determined. In 2017, the function of TDG was adjusted in detail. DNA binding activity of SUMO-1 and TDG complexes is maintained. The crystal structure of the complex is determined by the crystal structure. All of them are similar in structure, TDG and α7 are similar in structure, and DNA binding activity is similar in structure and α 7 is similar in structure. SUMO-1, SUMO-2, SUMO-3, SUMO-4 Sumo-3 and SIM(Sumo Interacting Motif) interactions are discussed in detail, and the structural determination of SUMO-3 and SIM(Sumo Interacting Motif) complexes is carried out by solution MR method. The difference between SUMO-1 and SIM recognition was determined by comparing SUMO-1 and SIM complex structures. The crystal structure of TDG is determined by SUMO-3.

项目成果

Structural characterization of the MIT domain from human Vps4b

• DOI: 10.1016/j.bbrc.2005.06.110
• 发表时间: 2005-08-26
• 期刊: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
• 影响因子: 3.1
• 作者: Takasu, H;Jee, JG;Hiroaki, H
• 通讯作者: Hiroaki, H

Structure of the UBA domain of Dsk2p in complex with ubiquitin: Molecular determinants for ubiquitin recognition

• DOI: 10.1016/j.str.2005.01.011
• 发表时间: 2005-04-01
• 期刊: STRUCTURE
• 影响因子: 5.7
• 作者: Ohno, A;Jee, J;Shirakawa, M
• 通讯作者: Shirakawa, M

Molecular mechanism of a temperature-sensitive phenotype in peroxisomal biogenesis disorder

• DOI: 10.1203/01.pdr.0000169984.89199.69
• 发表时间: 2005-08-01
• 期刊: PEDIATRIC RESEARCH
• 影响因子: 3.6
• 作者: Hashimoto, K;Kato, Z;Kondo, N
• 通讯作者: Kondo, N

In-cell NMR spectroscopy of proteins inside Xenopus laevis oocytes

• DOI: 10.1007/s10858-006-9079-9
• 发表时间: 2006-11-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR
• 影响因子: 2.7
• 作者: Sakai, Tomomi;Tochio, Hidehito;Shirakawa, Masahiro
• 通讯作者: Shirakawa, Masahiro

Plc1p, Arg82p, and Kcs1p, enzymes involved in inositol pyrophosphate synthesis, are essential for phosphate regulation and polyphosphate accumulation in Saccharomyces cerevisiae

• DOI: 10.1074/jbc.m414579200
• 发表时间: 2005-07-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 4.8
• 作者: Auesukaree, C;Tochio, H;Harashima, S
• 通讯作者: Harashima, S