ホヤゲノムから転写される翻訳されない機能性RNAの解析

海鞘基因组转录的非翻译功能 RNA 分析

• 批准号: 18016022
• 负责人: 真壁 和裕
• 金额: $ 4.86万
• 依托单位: The University of Tokushima
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016022/
• 关键词: ホヤ; miRNA; ncRNA; ESTデータベース; 翻訳制御

まず、我々が構築してきたマボヤのESTデータベースMAGESTを根本から改良し、受精卵EST約54,000配列に加えて卵割期EST約14,000配列・原腸胚EST約25,000配列・神経胚EST約8,000配列を載せたMAGEST2.0βを構築した。これによって、コンティグ約11,000とシングレット約6,000の合計約17,000配列が得られ、変態期までの必要なデータがほぼ入手できた。そこでここから各種データベースに対してexonerateによるサーチをかけ、高い閾値でヒットした約10,000の配列を除去した。残った約7,000の配列をJGIのCionaプロテインver.1&2に対してblastxによるサーチをかけ、低い閾値でヒットした約400の配列を除去し、残った約6,600の配列からCionaゲノムに相同配列がないと思われるものを除去して、最後にマボヤミトコンドリアゲノム由来の配列を除去し、22の配列を得た。このなかには、これまで解析の対象となってこなかったORFをもたないpoly(A)RNA、(RNA-likeなnon-coding RNA)が含まれると期待される。一方、実際の細胞から短いRNAたけを選択的に抽出するプロトコールを確立し、約40nt以下のRNAを精製した。これらをコンカテマイズしてクローニングしたところ、そのうち29ntのものがマボヤのさまざまなmRNAに100%マッチすることを見いだした。しかも相同性のあったmRNAはコードするタンパク質その他には何も共通性がなかった一方で、ほぼすべて原腸胚期に発現するという点で一致していた。このことから、小分子RNAによる新奇の遺伝子発現制御機構があることが考えられる。

ま ず, I 々 が build し て き た マ ボ ヤ の EST デ ー タ ベ ー ス MAGEST を fundamental か ら improved し, EST 54000 fertilized eggs with column に え て egg cut EST about 14000 with le gastrula EST 25000 columns, god 経 embryo EST 8000 match column を load せ た MAGEST2.0 beta を Build up た. こ れ に よ っ て, コ ン テ ィ グ about 11000 と シ ン グ レ ッ ト about 6000 の total about 17000 match column が ら れ, - states period ま で の necessary な デ ー タ が ほ ぼ of で き た. そ こ で こ こ か ら various デ ー タ ベ ー ス に し seaborne て exonerate に よ る サ ー チ を か け, high い threshold numerical で ヒ ッ ト し た about 10000 の match column を remove し た. About 7000 の residual っ た match column を JGI の Ciona プ ロ テ イ ン ver. 1 & 2 に し seaborne て blastx に よ る サ ー チ を か け, low threshold numerical で い ヒ ッ ト し た about 400 の match column を remove し, っ residue, about 6600 の た match column か ら Ciona ゲ ノ ム に with same column が な い と think わ れ る も の を remove し て, most Then に, ボヤ, ボヤ, ボヤ, ドリアゲノム, the origin of the に arrangement を, after deducting に and 22 を arrangements, we get た. こ の な か に は, こ れ ま で parsing の like と seaborne な っ て こ な か っ た ORF を も た な い poly real RNA, (A) (RNA - like な non coding RNA) contains が ま れ る と expect さ れ る. One party, the event be の cell か ら short い RNA た け を sentaku に drew す る プ ロ ト コ ー ル を establishing し, about 40 under nt の RNA を refined し た. こ れ ら を コ ン カ テ マ イ ズ し て ク ロ ー ニ ン グ し た と こ ろ, そ の う ち 29 nt の も の が マ ボ ヤ の さ ま ざ ま な mRNA に 100% マ ッ チ す る こ と を see い だ し た. し か も identity の あ っ た mRNA は コ ー ド す る タ ン パ ク qualitative そ の he に は what も convergence が な か っ た で, ほ ぼ す べ て gastrula stage に 発 now す る と い う point で consistent し て い た. <s:1> <s:1> と ら, ら, small molecule RNAによる, novel cultural heritage 伝, research and control institution がある とが とが えられる.

项目成果

超実践バイオ実験イラストレイテッド レッスン2

超实用生物实验图解第二课

• 发表时间: 2006
• 作者: 西方敬人;真壁和裕
• 通讯作者: 真壁和裕

Cenome duplications of early vertebrates as a possible chronicle of the evolutionary history of the neural crest.

早期脊椎动物的神经元复制可能是神经嵴进化史的编年史。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Int. J. Biol. Sci. 2
• 作者: H. Wada