マボヤ卵内遺伝情報の網羅的解析による比較ゲノムのための物理遺伝地図の作成

通过综合分析马博亚蛋的遗传信息，创建比较基因组的物理遗传图谱

• 批准号: 13202024
• 负责人: 真壁 和裕
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202024/
• 关键词: ホヤ; 母性因子; RNA; EST; データベース; BAC

脊索動物であるにも関わらずゲノムの重複のないホヤは脊椎動物のゲノムの機能研究の優れたモデル生物だと考えられる。本研究では、実験発生学的知見の最も多いマボヤの母性cDNAの塩基配列及び初期発生過程での発現パターンの解析を行いつつ、その結果を利用してゲノム上に遺伝子をマッピングしていくことでマボヤゲノム全体を俯瞰し、カタユウレイボヤのゲノム構造や発現パターンなどとの比較を可能にすることを目的とする。マボヤ受精卵cDNAのアレイドライブラリーの両側約500bpずつの塩基配列を決定し、約2万5千クローンの塩基配列の解析によって8千以上の遺伝子が数えられた。ホヤゲノム中には16,000程度の遺伝子がコードされていると推定され、卵内にはその半数弱の遺伝子が発現していると推測されるので、当初の目的の成果を挙げたことになる。発現パターンの解析についても、独自に開発した多検体同時処理可能なWMISH法を駆使して、約3,500クローンの発現プロファイルを収集した。その結果、大多数のものは胚全体に分布するものの,胚前方に隔離されるRNA、主に表皮に分化する動物半球に隔離されていくRNA、動物半球でも前側の細胞だけに局在するRNAや、筋肉や前後軸の形成に関する決定因子のある胚の後極に局在する多数のRNA、逆に後極を含む植物極側後方の細胞以外の細胞に受け継がれていくRNAなどがそれぞれ多数あることが見出された。さらにマボヤ単個体から精子DNAを集め、BACライブラリーを構築した。構築したライブラリーは20ゲノムイクイバレント以上をカバーすると推定される。現在は完成したBACライブラリーを3Dプール化し、上述のクローンの配列を用いてマッピングをしつつある。

Chordate で あ る に も masato わ ら ず ゲ ノ ム の repeat の な い ホ ヤ は vertebrate の ゲ ノ ム の function research の optimal れ た モ デ ル biological だ と exam え ら れ る. This study で は, be 験 発 born to learn more knowledge の most も い マ ボ ヤ の maternal cDNA の salt base with columns and early び 発 process で の 発 now パ タ ー ン の parsing line を い つ つ, そ の results を し て ゲ ノ ム に on heritage 伝 son を マ ッ ピ ン グ し て い く こ と で マ ボ ヤ ゲ ノ ム all を overlooking し, カ タ ユ ウ レ イ ボ ヤ の ゲ ノ ム tectonic や 発 パ now Youdaoplaceholder0, タ, な, と, と compare を, にする, とを, とを, とする. マ ボ ヤ fertilized eggs cDNA の ア レ イ ド ラ イ ブ ラ リ ー の struck about 500 bp ず side つ の salt base with を decided し, about 25000 ク ロ ー ン の salt base with column の parsing に よ っ て traces of more than 8000 の 伝 が number え ら れ た. In ホ ヤ ゲ ノ ム に は 16000 degree の heritage 伝 son が コ ー ド さ れ て い る と presumption さ れ, egg に は そ の half weak の heritage 伝 son が 発 now し て い る と speculation さ れ る の で, の original purpose の を 挙 げ た こ と に な る. 発 now パ タ ー ン の parsing に つ い て も, alone に 発 し た 検 body at the same time 処 reason may be more な WMISH method を 駆 make し て, about 3500 ク ロ ー ン の 発 now プ ロ フ ァ イ ル を 収 set し た. そ の result, most の も の は embryo all に distribution す る も の の, embryo に ahead isolation さ れ る RNA, main に epidermal differentiation す に る animal hemisphere に isolation さ れ て い く RNA, animal hemisphere で も の cells of the side だ け に bureau in す る RNA や, brawn や front axle の form に masato す る decision factor の あ る after embryo の extremely に bureau in す る most の RNA , after inverse に を contains む plants extremely suitability の cells outside の に by け 継 が れ て い く RNA な ど が そ れ ぞ れ most あ る こ と が shows さ れ た. さ ら に マ ボ ヤ 単 individual か ら sperm DNA を め, BAC ラ イ ブ ラ リ ー を build し た. The above をカバ をカバ すると すると ブラリ ブラリ ブラリ ブラリ ブラリ される 20ゲノム バレ バレ ト ト is presumed to be される. Now complete し は た BAC ラ イ ブ ラ リ ー を 3 d プ ー ル し, the above の ク ロ ー ン の matched with column を い て マ ッ ピ ン グ を し つ つ あ る.

项目成果

A.Kobayashi: "Expression patterns of smad family members during embryogenesis of the ascidian Halocynthia roretzi"Zoologocal Science. 18. 833-842 (2001)

A.Kobayashi：“海鞘类 Halocynthia roretzi 胚胎发生过程中 smad 家族成员的表达模式”动物学科学。

K.W.Makabe: "Large-scale cDNA analysis of the maternal genetic information in the egg of Halocythia roretzi for a gene expression catalog of ascidian development"Development. 128. 2555-2567 (2001)

K.W.Makabe：“对 Halocythia roretzi 卵中母体遗传信息进行大规模 cDNA 分析，以获取海鞘发育的基因表达目录”。

K.Yagi: "Retinoic acid differently affects the formation of palps and surrounding neurons in the ascidian tadpole"Developmental Genes and Evolution. (in press). (2002)

K.Yagi：“视黄酸对海鞘蝌蚪触须和周围神经元的形成有不同的影响”《发育基因与进化》。

T.Kawashima: "Update of MAGEST : MAboya Gene Expression patterns and Sequence Tags"Nucleic Acids Research. 30. 119-120 (2002)

T.Kawashima：“MAGEST 更新：MAboya 基因表达模式和序列标签”核酸研究。

Y.Sasakura: "Ascidian Wnt-5 gene is involved in the morphogenetic movement of notochord cells"Development, Growth and Differentiation. 43. 573-582 (2001)

Y.Sasakura：“海鞘Wnt-5基因参与脊索细胞的形态发生运动”的发育、生长和分化。