枯草菌非翻訳型RNAによる遺伝子発現制御ネットワーク解析

使用枯草芽孢杆菌非翻译 RNA 进行基因表达控制网络分析

基本信息

  • 批准号:
    15013205
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 4.16万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2003 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

ゲノム解析により、多くのギャップ領域が存在することが明らかにされてきた。ギャップ領域は、非常に小さな分子量のタンパク質をコードする場合もあるが、多くは翻訳されない非翻訳型RNAをコードする。ゲノム上の全遺伝子情報を解析し、機能面でのネットワークを解明する上で、非翻訳型RNAの機能解析は重要である。枯草菌の対数増殖期の菌体の全RNA中に10種類程度の低分子RNAの存在を確認した。ノーザン解析から、このうち、4種類は5S RNA、scRNA、tmRNA、M1 RNAであった。長さが200塩基付近の2本のバンドについて(BS190RNA、および、BS200RNA)、ゲル抽出後、3'末端へpoly(A)付加して作成したcDNAの塩基配列を決定した。、その結果、spS-yrvM遺伝子間のギャップ領域にコードされていた。両末端の解析から、BS200RNAから、5'末端の10塩基が切断され、BS190RNAとなることが示唆された。BS190RNA遺伝子の欠損変異株では、増殖能の低下が見られ、タンパク質合成も一部阻害されていた。一方、X6Hisタグを付加したRNAポリメラーゼβサブユニットを発現する枯草菌から調製した菌体抽出液に対して、Ni-NTAカラムを用いてプルダウン実験を行った結果、BS190RNAは、特異的に、RNAポリメラーゼのホロ酵素と結合することが明らかとなった。また、枯草菌で新たに見いだした10種類の非翻訳型RNAの破壊株を用いたマイクロアレイ解析より、5種類の非翻訳型RNAは、他の遺伝子を転写レベルで制御していた。また、100塩基以下の領域の解析により、3種類のリボスイッチ領域を同定して、解析を行った。
ゲ ノ ム parsing に よ り, multiple く の ギ ャ ッ が プ field exist す る こ と が Ming ら か に さ れ て き た. は ギ ャ ッ プ field, very small に さ な molecular weight の タ ン パ ク qualitative を コ ー ド す る occasions も あ る が, multiple く は turn 訳 さ れ な い non turn 訳 RNA を コ ー ド す る. All の ゲ ノ ム heritage 伝 child intelligence を parsing し, function surface で の ネ ッ ト ワ ー ク を interpret す る で, non turn 訳 RNA の function analytical は important で あ る. The presence of に10 species of low-molecular-weight <s:1> RNA in the total RNA of the bacillus subtilis nucleus during the proliferation stage を confirmed た. Youdaoplaceholder0 ノ ザ ザ ザ analysis of うち ら, <s:1> うち, four types of <s:1> 5S RNA, scRNA, tmRNA, M1 RNAであった. Long さ が salt base pay nearly 200 の 2 this の バ ン ド に つ い て (BS190RNA, お よ び, BS200RNA), ゲ ル pumped out, the 3 'end へ poly real (A) plus し て made し た cDNA の salt base with column を decided し た. Youdaoplaceholder0 そ result, spS-yrvM left 伝 subspace <s:1> ギャップ domain にコ ドされて ドされて た た た. Struck the end の parsing か ら, BS200RNA か ら, 5 'end の 10 salt base が cut さ れ, BS190RNA と な る こ と が in stopping さ れ た. The 伝 sub-strain of BS190RNA is damaged by <s:1>, the <s:1> proliferative energy is low, and が can be found in られ, タ パ パ パ, and the <s:1> plasmid synthesis <s:1> is partially hindered by されて and た た た. Party, X6His タ グ を plus し た RNA ポ リ メ ラ ー ゼ beta サ ブ ユ ニ ッ ト を 発 now す る hay bacteria か ら modulation し た bacteria extract に し seaborne て, Ni - NTA カ ラ ム を with い て プ ル ダ ウ ン be 験 を line っ た results, BS190RNA は, specific に, RNA ポ リ メ ラ ー ゼ の ホ と ロ enzyme combined with す る こ と が Ming Youdaoplaceholder0 となった. ま た, hay bacteria で new た に see い だ し た 10 kinds の non turn 訳 RNA の broken 壊 を strains with い た マ イ ク ロ ア レ イ parsing よ り, 5 kinds の non turn 訳 RNA は, he の but 伝 を planning write レ ベ ル で suppression し て い た. Youdaoplaceholder0, <s:1> field <s:1> analysis of less than 100 bases によ によ, three types of <s:1> リボス ッチ field を the same as て て, analysis of を rows った.

项目成果

期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Kumano, M., Nakamura, K.他: "Licomycin resistance mutations in two regions immediately downstream of the -10 region of lmr promoter cause overexpression of a putative multidrug efflux pump in Bacillus subtilis mutants."Antimicrob.Agents Chemother.. 47・1. 4
Kumano, M., Nakamura, K. 等人:“紧邻 lmr 启动子 -10 区域下游的两个区域中的利可霉素抗性突变导致枯草芽孢杆菌突变体中推定的多药外排泵的过度表达。”Antimicrob.Agents Chemother.. 47. 14
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  • 通讯作者:
    S. Jardin

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