枯草菌細胞内低分子RNAによる転写・翻訳制御ネットワーク解析

使用枯草芽孢杆菌胞内小RNA进行转录/翻译控制网络分析

基本信息

  • 批准号:
    13206004
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 4.16万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2001 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

枯草菌ゲノム上には、タンパク質に翻訳されるORFとして、約4100遺伝子が同定されている。このORFに、はさまれた領域でタンパク質をコードしない、いわゆるスペーサー領域が数多く存在する。このうち、500塩基以上の大きさをもつものは、コンピューターによる検索の結果、123カ所存在した。本年度は、枯草菌における新規の低分子RNAの発見および、その機能解析を目的に、123カ所についてその転写の可能性について、解析を行った。ノーザン解析の結果、No.6、No.7、No.40、No.61、No.62、No.72、No.80および、No.101の合計8カ所におけるスペース領域において、新規低分子RNAと予想されるバンドを検出した。さらに、No.6、61、101からの転写は、枯草菌特有の胞子形成時にも確認された。プライマー伸長法により、No.40、No.62、No.72、No.80および、No.101の合計5カ所のスペース領域から転写される新規低分子RNAの転写開始点を決定した。No.6、No.61のスペース領域から転写が予想されるRNAの5'末端は決定することができなかった。新規低分子RNAを、決定した5'末端および、ノーザン解析で検出したバンドサイズから転写領域を決定し、MulFoldで二次構造を予想した。転写が確認されたNo.61、No.72、No.80の3カ所のスペサー領域の配列はお互いに、70%以上の相同性を示した。No.7のスペース領域の低分子RNAは、tRNAと相同な配列があり、2次構造予測から、5'側が20塩基ほど欠けたtRNA様の構造が推測された。ホモロジー検索の結果、No.101のスペース領域の配列は、近縁種のB.haloduransの相同領域に保存されていた。
The open reading frame (ORF) of Bacillus subtilis is about 4100 copies. The ORF, the domain, the quality, the number of domains exist. The result of the search is 123. This year, the new regulations for the development of low molecular RNA, the functional analysis of the target, the 123-year development of the possibility of writing, the analysis of the implementation The results of analysis, No.6, No.7, No.40, No.61, No.62, No.72, No.80, No.101 and the total of 8 categories were analyzed. No. 6, 61, 101, No. 6, 61, 6 The total of 5 categories in the extension method, No.40, No.62, No.72, No.80 and No.101, are determined by the new low molecular RNA writing start point. No. 6, No. 61, No. 6, No. 6. New low molecular RNA determination, 5'terminal analysis, detection, determination, MulFold, secondary structure It is confirmed that the arrangement of No.61, No.72 and No.80 in the selected fields is more than 70% identical. No. 7 low molecular weight RNA in the field, tRNA in the same alignment, 2-fold structure prediction, 5'side 20-fold structure prediction The results of the search, No. 101 of the selection field, and the same field of the near species B.halodurans were preserved.

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Kakeshita, H.: "Effect of depletion of FtsY on spore morphology and the protein composition of the spore coat layer in Bacillus subtilis"FEMS Microbiol. Lett.. 195・1. 41-46 (2001)
Kakeshita,H.:“枯草芽孢杆菌中 FtsY 的消耗对孢子形态和孢子衣层蛋白质组成的影响”FEMS Microbiol. 195・1(2001)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Nakamura, K.: "Minimal functional structure of Escherichia coli 4.5S RNA required for binding to elongation factor G"J. of Biol. Chem.. 276・25. 22844-22849 (2001)
Nakamura, K.:“结合延伸因子 G 所需的大肠杆菌 4.5S RNA 的最小功能结构”,《Biol Chem.》 276・25(2001 年)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Ando, Y.: "Expression of a small RNA, BS203 RNA, from the yocl-yocJ intergenic region of Bacillus subtilis genome"FEMS Microbiol Lett.. (発表予定). (2002)
Ando, Y.:“来自枯草芽孢杆菌基因组的 yocl-yocJ 基因间区域的小 RNA BS203 RNA 的表达”FEMS Microbiol Lett..(待提交)。
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 通讯作者:
    S. Jardin

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