ヒトiPS/ES細胞を用いたゲノム脆弱性変異リスクのpseudo-score化
ヒトiPS/ES細胞を用いたゲノム脆弱性変異リスクのpseudo-score化
使用人类 iPS/ES 细胞对基因组脆弱性突变的风险进行伪评分
批准号：
22K19409
负责人：
福田 篤
金额：
$4.08万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
项目状态：
未结题
起止时间：
2022-06-30 至 2025-03-31
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英文摘要
本年度は、一部の株におけるsingle cell RNA-sequencing(scRNA-seq）解析を追加実施すた。使用する株を増やすことで、データの補完を行いより堅牢なデータ解析を目指した。scRNA-seq解析から、特定の株において、極めて強いエピゲノム異常を示すことが明かとなっている。エピゲノム異常は、ゲノム脆弱性とのリンクが示唆されていることから、強いエピゲノム異常をもつ株に着眼してデータ解析を進める。また、使用するヒト多能性幹細胞においては、Exomeデータが取得されていることから、変異解析や核型解析などを平行して実施することで、scRNA-seqデータとの相関解析を行う予定である。さらに、転写状態を特定の遺伝子ユニット(module）に着眼するパイプラインが完成し、scRNA-seqデータから特定の状態に着眼したscore化が出来ている。これらを拡張させることで、最終目標である転写からゲノム脆弱性を判定するpused-scoreを算出する。
期刊论文(2)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI：
10.1016/j.bbrc.2023.01.077
发表时间：
2023-02-09
期刊：
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
影响因子：
3.1
作者：
[Sakata，Yuka, Zhang，Hong, Fukuda，Atsushi]
通讯作者：
Fukuda，Atsushi
ヒト幹細胞とゲノム・エピゲノム編集による初期発生原理の統合的理解
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批准号：23H00436
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额：$30.04万
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财政年份：2023
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负责人：福田 篤
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依托单位：
Notchシグナル伝達機構を軸とした後天性中耳真珠腫の病態生理の解明
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批准号：22K09658
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$2.66万
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财政年份：2022
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负责人：福田 篤
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依托单位：
海外基金
