ヒトiPS/ES細胞を用いたゲノム脆弱性変異リスクのpseudo-score化

使用人类 iPS/ES 细胞对基因组脆弱性突变的风险进行伪评分

• 批准号: 22K19409
• 负责人: 福田 篤
• 金额: $ 4.08万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19409/
• 关键词: ヒト多能性幹細胞; 多能性幹細胞

本年度は、一部の株におけるsingle cell RNA-sequencing(scRNA-seq）解析を追加実施すた。使用する株を増やすことで、データの補完を行いより堅牢なデータ解析を目指した。scRNA-seq解析から、特定の株において、極めて強いエピゲノム異常を示すことが明かとなっている。エピゲノム異常は、ゲノム脆弱性とのリンクが示唆されていることから、強いエピゲノム異常をもつ株に着眼してデータ解析を進める。また、使用するヒト多能性幹細胞においては、Exomeデータが取得されていることから、変異解析や核型解析などを平行して実施することで、scRNA-seqデータとの相関解析を行う予定である。さらに、転写状態を特定の遺伝子ユニット(module）に着眼するパイプラインが完成し、scRNA-seqデータから特定の状態に着眼したscore化が出来ている。これらを拡張させることで、最終目標である転写からゲノム脆弱性を判定するpused-scoreを算出する。

This year, the analysis of single cell RNA-sequencing(scRNA-seq) was added for one plant. Use this to improve the quality of the product. scRNA-seq analysis, plant specific, strong, abnormal, abnormal For example, if you want to analyze the anomaly, you need to analyze the vulnerability, and you need to analyze the anomaly. The use of pluripotent stem cells in vitro, in vitro For example, if the status of the write is specified, the message module (module) will focus on the completion of the write, and the scRNA-seq will focus on the score of the write. The final goal is to determine the vulnerability of the system.

项目成果

Nanosheet coating improves stability of human pluripotent stem cell culture on glass substrates

• DOI: 10.1016/j.bbrc.2023.01.077
• 发表时间: 2023-02-09
• 期刊: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
• 影响因子: 3.1
• 作者: Sakata，Yuka;Zhang，Hong;Fukuda，Atsushi
• 通讯作者: Fukuda，Atsushi