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新しいホモロジー探査法の開発と免疫系及びシグナル伝達系の進化への応用

新同源探索方法的发展及其在免疫系统和信号转导系统进化中的应用

基本信息

批准号：
62540485
负责人：
宮田隆
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1987
资助国家：
日本
起止时间：
1987 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

最近コンピュータによるホモロジー探査法が確立し, 類似の配列を持つタンパク質が次々と発見されるに至った. ここで用いられる主要な方法はドットマトリックス法であるが, この方法はたまたま近縁な配列か, タンパク質全体にわたって保存的である場合は有効な方法であるが, 例えばIgのように配列がdivergeしたタンパク質には有効でない. 本研究では局所的に強く保存された配列をプローブにしてホモロジーを探査する方法を開発した(ローカルサーチ法と呼ぶ). 本研究で開発された方法の最大の特徴はプローブ中にギャップが挿入出来, 且つその長さが一定区間可変である点にある. このことにより保存配列が広い領域にわたって分散しているようなプローブを作ることが出来, 従って確実な探査が可能になる. ローカルサーチで検出されたホモロジーはさらに従来のドットマトリックス法で再度確認し, アライメントの後, 偶然による類似性を排除するための統計的検定を行う. 計算に要する時間はドットマトリックス法に比べ, 比較にならないほど短かく, おそらく5000種ほどの配列を持つデータベースに対してもマイコン程度で十分探査可能と思われる. この方法により, fms, PDGFレセプターの細胞外ドメインはIg様配列を持つことが明らかになった(投稿中). さらにそれらを加えたアライメントからプローブを再構築することにより, 他の神経系タンパク質にIg様配列が検出された(投稿準備中). 検出力の向上を計るため, NBRFデータベースには未収録の, 最近発表された配列を約600種収集した. その結果, 核タンパクに新たにホモロジーが検出された(投稿準備中). 現在シグナル伝達系に関与するタンパク質(src族83種, ロドプシン族31種, Gタンパク族53種, チャネルタンパク8種, ATPアーゼ7種)のアライメントが完了し, プローブを作ってホモロジーの探査中である. またそれぞれのタンパク質族の進化系統樹も推定した.

Recently, the detection method of the number of samples has been established, and similar matching methods have been established. The main method of this method is to divide the quality of the product into two parts. The main method is to divide the quality of the product into two parts. In this study, we developed a new method to explore the mechanism of the strong preservation of the system. The most important characteristic of the method developed in this study is that the length of the method can be varied in a certain interval. This is the first time that we've been able to find out what's possible. The statistical determination of the random similarity is carried out after the random similarity is excluded. Calculate the time required to compare, compare, compare This method is called "FMS, PDGF," and it is called "Ig," and it is called "Ig." This is the first time that I've been able to re-construct my mental system. I've been trying to find out the Ig configuration (preparing my contribution). NBRF has not yet been recorded, and the most recent list is about 600 collections. As a result, the new version of the new version was checked out (in preparation). At present, there are 83 species of src family, 31 species of rodostion family, 53 species of G family, 8 species of odostion family and 7 species of ATP family. The phylogenetic tree of the evolutionary family was estimated.