ガン遺伝子の機能と構造の推定のためのコンピュータシステムの開発

开发用于估计癌基因功能和结构的计算机系统

• 批准号: 62010054
• 负责人: 宮田 隆
• 金额: $ 7.49万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Cancer Research
• 财政年份: 1987
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1987 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-62010054/
• 关键词: データベース; ホモロジー; 進化系統樹; 立体構造; がん遺伝子; コンピュータ

1)データベースの増強. 新しく発表された配列データをNBRFデータベースから利用しようとすると, かなりな時間待たねばならない. そこで本年度から最新の配列データを集中的にデータベースにファイルすることにした. 本年度約600種の配列がファイルされ, 総計6千種の配列を含むデータベースに増強された.2)ローカル・サーチ法の開発. ホモロジー検出法として従来一般に利用されているドツトマトリックス法は広い領域にわたった配列が強く保存された分子のホモロジーを検出するためには適しているが, 配列がdivergeした分子に対しては有効でない. こうした分子に対しても十分ホモロジーが検出出来る方法を開発した. この方法は, 既にホモロジーが同定されている配例で. 局所的に強く保存された配列を選び, それをプローブにして類似の配列をデータベース中にサーチする方法で, この方法をIg様配列にサーチに応用した結果, fmsがん遺伝子産物とシュワン細胞のglycoproteln P_oに有意なホモロジーが検出された. また, まだ最終的確認はされていないが, CEA(corcinoembryonic antigen), リンクタンパク及びEVウイルスのglycoーproteinにもIg様配列が検出された.3)がん遺伝子の系統分類.src族にみられるように, がん遺伝子はしばしば多数のメンバーから成る多重遺伝子族を形成する. これらを系統的に分類し, 以後の研究指針となる有益な情報を得るため, 分子系統樹法を開発した. src族に応用した結果, 系統分類が機能的分類に対応すること, チロシンキナーゼがrafから進化した, 等の興味ある知見を得た. 4)立体礎造の推定. タンパク質の2次構造の知見から高い確度で立体構造を推定する方法が開発出来た. 従って1次構造から立体構造を推定するためには信頼性の高い2次構造推定法の開発が要となる. 現在その開発・改良を急いでいるが, 確度が次第に上昇してきている.

1) Increase in quality. The new list is available in NBRF format. The new list is available in NBRF format. This year, the latest allocation of data is concentrated on the data collection. This year, about 600 kinds of arrangements were made, totaling 6,000 kinds of arrangements, including the increase of the number of arrangements. In general, the method of separation is used to separate molecules from each other. The first step is to open the door to the world. This method is based on the same design. The results of the method of selecting and using the gene products and glycoproteins of FMS cells are as follows: 1. The final identification of CEA(corticoembryonic antigen) and EV protein sequences was detected. 3) The phylogenetic classification of the genes.src family. The classification of the system, the future research guidelines, useful information, molecular phylogenetic tree method is developed. src family is used as a result, system classification is used as a function classification is used as a result, system 4)Presumption of solid foundation. A new method for the estimation of three-dimensional structures with high accuracy has been developed. It is necessary to develop the method of estimating the first order structure, the third order structure and the second order structure. Now the development and improvement are urgent, and the accuracy is increasing.

项目成果

I.Katoh: Nature. 329. 654-656 (1987)

加藤一：自然。

T.Gojobori: J.Mol.Evol.26. 148-156 (1987)

T.Gojobori：J.Mol.Evol.26。

M.Hasegawa: J.Mol.Evol.26. 132-147 (1987)

M.Hasekawa：J.Mol.Evol.26。