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がん遺伝子のコンピュ-タ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

基本信息

批准号：
02151042
负责人：
宮田隆
金额：
$ 7.04万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1990
资助国家：
日本
起止时间：
1990 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-02151042/
关键词：
遺伝子族分子系統樹ホモロジ-探査がん遺伝子 AIDSウイルス進化

项目摘要

(1)src族、ras族、Gタンパク質族、GーProteinーCoupled Receptor族などのがん関連遺伝子族のメンバ-を整理・分類し、そこから新しい、機能、構造、進化に関する情報を得る目的で、それぞれの遺伝子族について、メンバ-の分子系統樹を推定した。その結果、以下のことが明らかになった:(イ)推定された系統樹上、異なる機能を持つメンバ-は異なるクラスタ-(系統樹における枝のかたまり)に属する。(ロ)異なるクラスタ-は脊椎動物と無脊椎動物の分岐を目安に、客観的に区別出来る。(ハ)同一機能を持ち、異なる組織で特異的に発現しているメンバ-は同一クラスタ-に族する。これらの結果は以下の点について、新しい情報となると期待される。(i)分子系統樹から機能の推定が可能となる。最近既知遺伝子族メンバ-のコンセンサス配列をプロ-ブにして、PCR法で新しいメンバ-を単離する方法がさかんに行なわれているが、新たに単離されたメンバ-が分子系統樹上、どのクラスタ-に属するか、で機能の推定が出来る。(ii)こうした解析から、分子進化学上の重要なテ-マである「表現形レベルの進化と分子進化の関係」を解明する糸口が得られるものと期待される。(2)既存の分子系統樹推定法より高い精度を持ち、かつ推定された系統樹の信頼性を定量的にチェックし得る新しい方法の開発に成功した。(3)新しい遺伝子族メンバ-を同定するための新しいコンピュ-タ法を開発した:メンバ-のアラインメントから、保存領域のアミノ酸頻度を算出し、この情報をもとに相同な配列をデ-タベ-ス中に探査すると、従来の方法より高い感度で相同な配列が検出出来る。(4)種々のヒト及びサルのAIDSウイルスを分子系統樹を利用して系統分類した結果、HIVの起源に関する推定を行なうことができた。

(1)src family, ras family, G Protein family, G protein family, The results are as follows:(i) Presumptive phylogenetic tree, different function, different The difference between vertebrates and invertebrates is the difference between the eyes and the eyes. (b) The same function is maintained, different organizations are organized, and specific occurrences occur. The results are as follows: new information and expectations. (i)Molecular phylogenetic tree ~ Recently, it has been known that gene families are different from each other in terms of gene sequence, gene sequence and function. (ii)The relationship between molecular evolution and phenotype evolution is an important topic in molecular evolution. (2)The existing molecular phylogenetic tree estimation method has been successfully developed with high accuracy and reliability. (3)The new method of identification of the new sub-family is developed by calculating the frequency of loss of information in the storage area, detecting the information in the same column, and detecting the method of identification of the same column with high sensitivity. (4)The molecular phylogenetic tree of HIV and AIDS is used to classify and estimate the origin of HIV.