がん遺伝子のコンピュータ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

• 批准号: 63010048
• 负责人: 宮田 隆
• 金额: $ 7.04万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Cancer Research
• 财政年份: 1988
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1988 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-63010048/
• 关键词: データベース; 超遺伝子族; 分子系統樹; G-タンパク質; 最尤法; アミノ酸置換; エイズウイルス

1)DNA及びタンパク質のデータベースの拡充が続行され、総数1600種の配列がコンピュータファイルに入力された。入力ミスを防止するため同一の配列を二度入力してチェックしたので、このデーターベースは正確度の点で良質である。また最近報告されたデータを中心に入力しているため、Gen Bank及びNBRFデーターベースの補充にもなっている。2)最近src・rasなどのがん遺伝子に相同な配列を持つ遺伝子が多数同定され、多数のメンバーから成る遺伝子族が形成されていることが明らかになった。これらの遺伝子族を整理・分類し、新しい情報を得る目的で、分子系統樹法に基づくがん遺伝子族の解析を試みた。その結果、類似の機能を持つメンバーは系統樹の上でクラスターを組むことが明らかになった。この結果は分子系統樹が機能の分類に役立つこと、および系統樹から機能の推定が可能であることを示唆している。特にras族を含むGTP-結合たんぱく質(G-protein)族について詳細な解析を行った結果、G-protein族は機能的に異なる7つのsubfamilyに分類でき、それぞれ原核生物と真核生物の分岐以前に遺伝子重複によって機能分化したことが明らかになった。このことは各subfamilyに属する遺伝子が少なくとも1つ原核生物に存在することを示唆する。大腸菌で同定されているras(era)は哺乳類のrasに対応しないこと、また各subfamilyに特異的保存配列が決定出来た、など今後の実験に有用な情報が分子系統樹に基づく解析から得られた。3)分子系統樹の有益性が確認できたが、より精度の高い系統樹作成法の開発も同時に進められた。開発された系統樹作成法の最大の特徴は、推定した系統樹の信頼性が確率で定量的に判定できる点にある。4)HlVをはじめ、がん関連ウイルスの表面抗原を推定するためのコンピュータ法の開発が試みられた。この方法は表面抗原のアミノ酸置換えバターンの解析に基づいた方法であり、HlVに応用された。

1) DNA and び タ ン パ ク qualitative の デ ー タ ベ ー ス の company が filling line 続 さ れ, 総 number 1600 の match column が コ ン ピ ュ ー タ フ ァ イ ル に さ into force れ た. ミ into force ス を prevent す る た め same の 2 degrees into force column を し て チ ェ ッ ク し た の で, こ の デ ー タ ー ベ ー ス は の point accuracy で good quality で あ る. ま た recently reported さ れ た デ ー タ を center に し into force て い る た め, Gen Bank and び NBRF デ ー タ ー ベ ー ス の supplement に も な っ て い る. 2) recently the SRC, ras な ど の が ん heritage 伝 に な with same sequence を hold つ heritage 伝 son が most be さ れ, most の メ ン バ ー か ら into る heritage 伝 subfamily が form さ れ て い る こ と が Ming ら か に な っ た. こ れ ら の heritage 伝 subfamily を し finishing, classification, new し い intelligence を る purpose で, molecular phylogenetic tree に づ く が ん heritage 伝 subfamily の parsing を try み た. そ の results, similar の function を つ メ ン バ ー は system tree の で ク ラ ス タ ー を group む こ と が Ming ら か に な っ た. こ の results は molecular phylogenetic tree が function classification に の servants made つ こ と, お よ び system tree か ら presumption function の が may で あ る こ と を in stopping し て い る. を に ras family including む GTP - made combining た ん ぱ く mass (G - protein) clan に つ い detailed analytical を な line っ て た results, the G protein function of は に different な る 7 つ の subfamily に classification で き, そ れ ぞ れ prokaryotes と eukaryotes の gaps before に heritage 伝 son repeat に よ っ て functional differentiation し た こ と Youdaoplaceholder0 Ming ら になった. こ の こ と は each subfamily に genus す る posthumous son 伝 が less な く と も 1 つ prokaryotes に exist す る こ と を in stopping す る. Coliform で with fixed さ れ て い る ras (era) は mammals の ras に 応 seaborne し な い こ と, ま た each subfamily に specific preservation with column が decided た, な ど の future be 験 に な useful intelligence が molecular phylogenetic tree に base づ く parsing か ら must ら れ た. 3) The <s:1> benefit of the molecular system tree が is confirmed, and the で たが たが and よ precision <e:1> are high. The <s:1> system tree creation method <e:1> is developed and に is simultaneously advanced to められた. For the development of された system tree construction method, the <s:1> maximum <s:1> characteristic <e:1>, the presumption of the た system tree <s:1> reliability が certainty rate で quantitative に determination で る る る points にある. 4) HlV を は じ め, が ん masato even ウ イ ル ス の surface antigen を presumption す る た め の コ ン ピ ュ ー タ method の open 発 が try み ら れ た. こ の way は surface antigen の ア ミ ノ acid replacement え バ タ ー ン の parsing に base づ い た method で あ り, HlV に 応 with さ れ た.

项目成果

H.Hayashida: Proc.Japan Acad.64B. 113-118 (1988)

H.Hayashida：Proc.Japan Acad.64B。

M.Miyamoto: Cell. 54. 903-913 (1988)

M.宫本：细胞。

H.Kishino: J.Mol.Evol.

H.Kishino：J.Mol.Evol。

N.Iwabe: J.Mol.Biol.

N.Iwabe：J.Mol.Biol。

Yokoyama: Mol.Biol.Evol.5(3). 237-251 (1988)

横山：Mol.Biol.Evol.5(3)。