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がん遺伝子のコンピュータ解析と機能及び進化の推定

癌症基因的计算机分析以及功能和进化的估计

基本信息

批准号：
01010044
负责人：
宮田隆
金额：
$ 7.81万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1989
资助国家：
日本
起止时间：
1989 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)昨年度に引き続き、タンパク質配列のデータベースの拡充が計られ、総計約2500程のタンパク質がコンピュータファイルに格納された。これらの配列は主に最近発表されたデータであること、および入力ミスを防ぐため、2度づつ入力され、チェックされている、などが特徴であり、NBRFのデータベースに結合して、ホモロジー探査に利用された。(2)ホモロジー探査のためのコンピュータ法には、広い領域のホモロジーを検出するドットマトリックス法と、強く保存された数アミノ酸の配列(モチーフ)をデータベース中に探査する、局所探査法があるが、後者の方法がほぼ実用段階に入った。この方法は高速でデータが処理出来ることから、将来データベース中の配列の増加にも対応出来る。この方法を応用して、サイトメガロウイルス中にG-protein-coupledセプター(ロドプシン)族と相同な配列を2つ見つけることに成功した。さらにマラリアの抗原にDNA結合タンパク質と相同な配列を見い出した。(3)新しい分子系統樹の推定法が開発され、実用化した。この方法は既存の系統樹推定法中、最も信頼度の高い最尤法を、タンパク質配列データへも応用出来るように改良したものである。(4)src族に見られるように、最近多数の遺伝子間にホモロジーが検出されている。こうした遺伝子族を整理・分類し、そこから新しい情報を得るために、分子系統樹による分類を試みてきた。src族、ras族に加え、今年度は特にシグナル伝達系に関与する遺伝子族、すなわちロドプシン族、Gータンパク質族、イオンポンプ(ATPase)族、イオンチャネル族、ニコチン性アセチルコリンレセプター族の分子系統樹が解析され、遺伝子重複による機能的分化は脊椎/無脊椎動物の分岐前に起こり、その後各系統で独立に組織あるいは細胞特異的に発現する遺伝子の分化が起こる、ことが明らかになった。この結果は、機能の推定に利用出来るものと期待される。

(1) Last year's に cited き続き, タンパクquality arrangement のデータベースの拡charge が记られ, a total of about 2,500 pieces of のタンパク性がコンピュータファイルにgna された.これらの配arrayは主にmost recent listされたデータであること、および入力ミスを Defenseぐため、2 Degreeづつ入力され、チェックされている, などが特徴であり, NBRF のデータベースに Combined して, ホモロジーExploration にutilization された. (2) ホモロジーExploring the field of のためのコンピュータ法には、広いのホモロジーを検出するドットマトリックス法と、strongくSaveされたアミノ acid の arrangement(モチーフ)をデータベース中にExplorationする、Bureau detection method があるが、The latter method is がほぼ実用stepsに入った.この method は high-speed でデータが processing out ることから, future データベース中のalignment のincrease plus にも対応出る. G-protein-coup The led セプター(ロドプシン) family is the same as the arrangement を 2 つつけることにした. The antigen and DNA of the さらにマラリアのDNA bind to the タンパクquality and the same なarray を见い出した. (3) New molecular phylogenetic tree derivation method, open method, and applied method. Among the existing phylogenetic tree estimation methods, the most reliable method, the most reliable method, and the quality allocation method were used to improve the method. (4) The src clan has seen the られるように, and most of the recent の伝子间にホモロジーが検出されている.こうした缝subfamilyをarrangement and classificationし,そこから新しいinformationをgetるために, molecular phylogenetic treeによるclassificationをtrialみてきた. src clan, ras clan に卡え, this year's は特にシグナル伝大组に关与する缝子 clan, すなわちロドプシン clan, G-ータンパク, イオンポンプ(ATPase), イオンチャネル, ニコチン性アセチルコリンレセAnalyzes of the molecular phylogenetic tree of the family, "Functional differentiation of vertebrates/invertebrates", After each system is independent, the tissue and cells are specific, and the differentiation of each system is different. It is expected that the results and functions will be utilized.