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ガン遺伝子の機能と構造の推定のためのコンピュータシステムの開発

开发用于估计癌基因功能和结构的计算机系统

基本信息

批准号：
61010055
负责人：
宮田隆
金额：
$ 8.19万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Cancer Research
财政年份：
1986
资助国家：
日本
起止时间：
1986 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-61010055/
关键词：
データベースホモロジーがん遺伝子立体構造系統樹

项目摘要

(1)昨年度にひきつづき、タンパク質データベースの拡充が3人の班員によって行なわれ、総計約400種類のタンパク質データが追加された。最近遺伝子配列の報告数が急増し、その計算機への入力が追いつかなくなった為、NBRFデータベースに最新の配列を追加するように方針を変更した。それに伴い、プログラムの変更を行なった。(2)本研究班で開発したホモロジー探査システムを新たに報告されたmasがん遺伝子に応用した結果、masはロドプシンやβアドレノレセプター、ムスカリンリセプターと相同であることが明らかになり、masはシグナル伝達系に関与するレセプターの一種であることが示唆できた。さらに配列が進化の過程で変り易いタンパク間でもホモロジーを十分検出し得る方法を新たに開発した。この方法をfmsがん遺伝子に応用した結果、fmsの細胞外領域は5重に重複しており、おのおのは免疫グロブリンV領域に相同であることが明らかになった。同システムはさらにレトロウイルスにも応用され、HTLV-IのpXとマウスのインターロイキン3が部分的相同性を示し、またLentivirusのpolは逆転写領域とエンドヌクレアーゼの中間に余分なプロテアーゼ様配列を持つことが明らかになった。(3)タンパク質の一次構造から三次構造を推定する上で、確度の高い二次構造の推定が重要であるとの昨年度の結果に基づき、二次構造推定の改良がなされた。統計力学的方法を基礎に、構造既知のタンパク質からパラメターを決定することによって、80%近い確度で二次構造が推定出来るまでに改良が進んだ。またコンピュータによく適合するようにこの方法に改良を加えた。(4)高等動物のがん遺伝子と微生物の遺伝子との対応関係を正しく理解するために、遺伝子の進化系統樹を構築するための新しい方法を開発した。現在コンピュータプログラムまで完成し、試験的作動を試みている。来年度はsrcやras族にこの方法を応用する予定である。

(1)Last year, the number of employees in the team was increased by about 400 types of personnel. The number of reports on the latest sub-list has increased rapidly, and the number of computer applications has increased rapidly. The latest sub-list of NBRF applications has been added. The policy has been changed. In addition to the above, it is also possible to change the behavior of the company. (2)This research team has developed a new report on mas and its application results. mas and its application results are the same as those of mas and its application system. The process of evolution of the array is easy to change, and the method of evolution is very simple to develop. The method of FMS is the same as that of FMS in the extracellular domain. In the same way, the pX of HTLV-I and the pX of HTLV-I show the identity of the three parts of the virus, and the pol of Lentivirus shows the identity of the three parts of the virus. (3)The estimation of primary and tertiary structures is important for the estimation of secondary structures. The method of statistical mechanics is based on the determination of the known quality of the structure and the estimation of the secondary structure with 80% accuracy. The method is improved. (4)A new approach to understanding the relationship between higher animals and microorganisms has been developed. Now, try to complete the test. In the future, the method of src and ras should be determined.