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Comparative genome mapping of experimental animals by FISH

通过 FISH 对实验动物进行比较基因组作图

基本信息

批准号：
07680926
负责人：
MATSUDA Yoichi
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Nagoya University (1996)National Institute of Radiological Sciences (1995)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至 1996
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07680926/
关键词：
FISH chromosome mapping genome map cDNA mouse rat hamster Suncus 遺伝子マッピング R-バンディング DNAクローンシリアンハムスター

项目摘要

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is an effective technique for localization of cloned DNA probes directly onto metaphase chromosomes. Human and mouse genome mapping using FISH has been significantly enhanced by development of new techniques, especially high-resolution gene mapping with direct R-banding FISH.In this study we applied direct R-banding FISH to some map-poor experimental animals, rat, Syrian hamster and Suncus murinus, and established high-resolution sytogenetical mapping system for construction of genome map in these species. The hybridization efficiency of DNA clones on the replication R-banded chromosomes was sufficient for mapping of small sizes of cDNA clones and genomic DNA clones in all the species.The advantage of FISH method allows direct mapping of mouse and human cDNA probes to choromosomes of different species. We tried chomosome mapping of functional genes in rat and Syrian hamster using mouse and human cDNA clones to construct comparative genome map in these species. We mapped 70 and 46 genes to rat and Syrian hamster chromosomes, respectively, and we could identified a new syntenic region between mouse Chromosome 13 and rat Chromosome 1, and new 17 syntenic regions between mouse and Syrian hamster chromosoes. We colud also map three functional genes to Suncus chromosomes with human, mouse and rat cDNA clones.We found at least two chromosome inversions between mouse ans rat X chromosomes by comarative mapping with 21 mouse X chromosome-specific cDNA clones. This result suggests that comparative genome mapping between mouse and other rodent species is very useful to study genomic rearrangement on the process of evolution in the rodent species

荧光原位杂交 (FISH) 是将克隆 DNA 探针直接定位到中期染色体上的有效技术。随着新技术的发展，使用 FISH 进行的人类和小鼠基因组作图得到了显着增强，特别是使用直接 R 显带 FISH 进行的高分辨率基因作图。在本研究中，我们将直接 R 显带 FISH 应用于一些图谱贫乏的实验动物、大鼠、叙利亚仓鼠和鼹鼠，并建立了高分辨率系统遗传学作图系统，用于构建这些物种的基因组图谱。复制 R 带染色体上 DNA 克隆的杂交效率足以对所有物种的小尺寸 cDNA 克隆和基因组 DNA 克隆进行定位。FISH 方法的优点允许将小鼠和人类 cDNA 探针直接定位到不同物种的染色体。我们尝试使用小鼠和人类 cDNA 克隆对大鼠和叙利亚仓鼠的功能基因进行染色体作图，以构建这些物种的比较基因组图谱。我们分别将 70 和 46 个基因映射到大鼠和叙利亚仓鼠染色体上，并且我们可以在小鼠 13 号染色体和大鼠 1 号染色体之间鉴定出一个新的同线区域，以及在小鼠和叙利亚仓鼠染色体之间鉴定出新的 17 个同线区域。我们还与人类、小鼠和大鼠的 cDNA 克隆一起将三个功能基因映射到 Suncus 染色体上。通过与 21 个小鼠 X 染色体特异性 cDNA 克隆进行比较作图，我们发现小鼠和大鼠 X 染色体之间至少有两个染色体倒位。这一结果表明，小鼠和其他啮齿动物物种之间的比较基因组图谱对于研究啮齿动物物种进化过程中的基因组重排非常有用。