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ヒトXPA蛋白質のRPA,及び損傷DNAとの複合体の立体構造解析

人类XPA蛋白与RPA和受损DNA复合物的三维结构分析

基本信息

批准号：
10165216
负责人：
池上貴久
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1998
资助国家：
日本
起止时间：
1998 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10165216/
关键词：
色素性乾皮症 XPA 核磁気共鳴 NMR RPA 損傷DNA 遺伝子修復ヌクレオチド除去修復

项目摘要

1、 DNA、RPA70と相互作用する部位の決定核磁気共鳴の化学シフト摂動実験法により、ヒト遺伝子修復系蛋白質XPAの中央ドメインが、RPAの単鎖DNA結合ドメイン(RPA70_<181-422>)、あるいは、cisplatinによる損傷24-mer二本鎖DNAと結合する部位を同定した。その結果、亜鉛含有サブドメインはRPA70_<181-422>と相互作用し、C末側サブドメインのくぼみはDNAと相互作用することが分かった。従来より、転写因子などのzinc-fingerと核酸が相互作用する例が多く見い出されているが、XPAの亜鉛含有サブドメインは、蛋白質と相互作用する数少ない例の一つである。亜鉛含有サブドメインが負に帯電していることからも、DNAと静電的に反発しあうと推測できる。一方、DNAと相互作用するC末側サブドメインのくぼみは、ほぼDNAの直径と同じ大きさをもち、表面が正に帯電していることから、当結果と矛盾しないといえる。2、運動性の解析アミド^<15>N核の磁化の緩和時間の測定と解析から、XPA中央ドメインの分子全体および分子内部の運動性を解析した。その結果、分子全体の溶液内での回転拡散には異方性が存在することが分かった(回転拡散テンソルの主値の比率が1.38)。構造決定された分子座標の慣性テンソルの異方性は回転拡散テンソルの異方性とよく一致した。その異方性も考慮した内部運動の解析からC末側サブドメインのくぼみ領域が非常に柔軟であることが分かった。このくぼみの柔軟性は、XPA蛋白質が構造の異なるさまざまなDNA損傷に適応して結合し、それらを認識するために必要であると考察される。

1. DNA, RPA70 and the interactive site that determines the nuclear magnetic resonance, the chemical system that determines the nuclear magnetic resonance, the chemical system that determines the nuclear magnetic resonance, the repair system protein XPA that determines the nuclear magnetic resonance, and the RPA lock DNA binding ドメイン (RPA70_<181-422>), あるいは, cisplatin による damage 24-mer double lock DNA and binding する site を同定した.その Results, 亜 lead containing サブドメインはRPA70_<181-422> and interactions Use し, C-terminal サブドメインのくぼみはDNA とinteraction することが分かった.従来より、転WRITING FACTOR などのzinc-finger とNucleic acid がinteraction する Example が多く见い出されているが, The lead contains サブドメインがnegative に帯电していることからも, DNA and とstatic にanti-発しあうと speculated to be できる. On the one hand, the interaction between DNA and C-terminal side is the same as the diameter and diameter of DNA.じ大きさをもち, surface が正に帯电していることから, when the result is contradictory しないといえる. 2. Analysis of mobility <15> Measurement and analysis of the relaxation time of magnetization of N nuclei, XPA analysis of the mobility of the whole molecule in the center of the molecule. As a result, the presence of anisotropy in the solution of the entire molecule is 1.38. The structure determines the inertia of the molecular coordinates, the anisotropy of the molecule, and the anisotropy of the molecule.そのisotropy もConsideration of した internal motion のanalytic からC end side サブドメインのくぼみ field がvery にsoft であることが分かった.このくぼみのsoftnessは、XPA protein structure のdifferent なるさまざまなDNA damage The combination of injury and illness, the recognition of knowledge and the necessity of inspection are necessary.