ヒトXPA蛋白質のRPA,及び損傷DNAとの複合体の立体構造解析

人类XPA蛋白与RPA和受损DNA复合物的三维结构分析

• 批准号: 10165216
• 负责人: 池上 貴久
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10165216/
• 关键词: 色素性乾皮症; XPA; 核磁気共鳴; NMR; RPA; 損傷DNA; 遺伝子修復; ヌクレオチド除去修復

1、 DNA、RPA70と相互作用する部位の決定核磁気共鳴の化学シフト摂動実験法により、ヒト遺伝子修復系蛋白質XPAの中央ドメインが、RPAの単鎖DNA結合ドメイン(RPA70_<181-422>)、あるいは、cisplatinによる損傷24-mer二本鎖DNAと結合する部位を同定した。その結果、亜鉛含有サブドメインはRPA70_<181-422>と相互作用し、C末側サブドメインのくぼみはDNAと相互作用することが分かった。従来より、転写因子などのzinc-fingerと核酸が相互作用する例が多く見い出されているが、XPAの亜鉛含有サブドメインは、蛋白質と相互作用する数少ない例の一つである。亜鉛含有サブドメインが負に帯電していることからも、DNAと静電的に反発しあうと推測できる。一方、DNAと相互作用するC末側サブドメインのくぼみは、ほぼDNAの直径と同じ大きさをもち、表面が正に帯電していることから、当結果と矛盾しないといえる。2、 運動性の解析アミド^<15>N核の磁化の緩和時間の測定と解析から、XPA中央ドメインの分子全体および分子内部の運動性を解析した。その結果、分子全体の溶液内での回転拡散には異方性が存在することが分かった(回転拡散テンソルの主値の比率が1.38)。構造決定された分子座標の慣性テンソルの異方性は回転拡散テンソルの異方性とよく一致した。その異方性も考慮した内部運動の解析からC末側サブドメインのくぼみ領域が非常に柔軟であることが分かった。このくぼみの柔軟性は、XPA蛋白質が構造の異なるさまざまなDNA損傷に適応して結合し、それらを認識するために必要であると考察される。

1 Interaction between DNA and RPA70 と す る parts の decided to nuclear magnetic 気 resonance の chemical シ フ ト, still be 験 method に よ り, ヒ ト heritage 伝 son protein XPA repair department の central ド メ イ ン が, RPA の 単 lock dna-binding ド メ イ ン (RPA70_ < > 181-422), あ る い は, cisplatin に よ る damage 24 - m er 's two-lock DNAと binds to the する site を co-determinates <s:1> た. そ の results, 亜 lead containing サ ブ ド メ イ ン は RPA70_ < 181-422 > と し interaction, at the end of the C side サ ブ ド メ イ ン の く ぼ み は DNA と interaction す る こ と が points か っ た. 従 to よ り, planning to write factor な ど の any zinc finger - と nucleic acid が interaction す る example が く see い out さ れ て い る が, XPA の 亜 lead containing サ ブ ド メ イ ン は interaction, protein と す る number less な い example の a つ で あ る. 亜 lead containing サ ブ ド メ イ ン が negative に 帯 electric し て い る こ と か ら も, DNA と electrostatic に 発 し あ う と speculation で き る. Side, DNA と interaction す る C at the end of the lateral サ ブ ド メ イ ン の く ぼ み は, ほ ぼ DNA の と じ with large diameter き さ を も ち, surface が is に 帯 electric し て い る こ と か ら, when the result と contradiction し な い と い え る. 2, motility の analytic ア ミ ド ^ < 15 > N nuclear の の magnetization time determination of の と parsing か ら, XPA central ド メ イ ン の molecules all お よ び molecular internal の motility を parsing し た. そ の results, all the の solution で の back planning company, scattered に は square difference exist が す る こ と が points か っ た (back planning company, scattered テ ン ソ ル の main numerical が の ratio 1.38). The construction determines the された molecular coordinates, <s:1> inertia, テ, ソ, <s:1> anisotropy, <s:1> return 転拡 dispersion, テ, ソ, とよく anisotropy, とよく consistency, and た た. そ の square difference も consider し た internal motions の parsing か ら C at the end of the lateral サ ブ ド メ イ ン の く ぼ が み field very で に soft あ る こ と が points か っ た. こ の く ぼ み の softness は の different structures, XPA protein が な る さ ま ざ ま な DNA damage に optimum 応 し て し, そ れ ら を know す る た め に necessary で あ る と investigation さ れ る.

项目成果

池上貴久: "Solution structure of the DNA- and RPA-binding domain of the human repair factor XPA" Nature structural biology. 5・8. 701-706 (1998)

Takahisa Ikegami：“人类修复因子XPA的DNA和RPA结合域的溶液结构”《自然结构生物学》5・8（1998）。

池上貴久: "Resonance assignments, solution structure, and backbone dynamics of the DNA- and RPA-binding domain of human repair factor XPA" Journal of Biochemistry. 125・3. (1999)

Takahisa Ikegami：“人类修复因子 XPA 的 DNA 和 RPA 结合域的共振分配、溶液结构和骨架动力学”《生物化学杂志》125・3。