遺伝子系統樹の重曹統合によるゲノム進化解析法と生物学的知識自動獲得システムの開発

基因系统发育树与小苏打结合开发基因组进化分析方法及生物知识自动获取系统

• 批准号: 10168227
• 负责人: 斎藤 成也
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10168227/
• 关键词: 分子進化; 遺伝子系統樹; 筋肉; 組織の進化; Deep Forest

(1) 遺伝子系統樹の重層による筋肉組織の進化的関係の推定筋肉組織に発現するタンパク質の遺伝子の系統樹を推定し,これらを重ね合わせることで,組織の系統樹を推定した。用いたタンパク質は,ミオシン重鎖,ミオシン必須軽鎖,ミオシン調節軽鎖,トロポニンC,筋発生調節因子,アクチンである。PIRデータベースからこれらのタンパク質のアミノ酸配列を相同性検索を用いて抽出し,分子系統樹を作成した。またそれらのタンパク質がからだのどの組織で発現しているかについての記述を抽出し,組織の進化系統樹を推定した。そのあと,これら全体がもっとも矛盾なくあてはまる組織系統樹を,開発したプログラムSuperを用いて選んだ。その結果,脊椎動物の筋肉組織の進化的な関係は,(平滑筋,((心筋,遅筋),速筋))と推定された。無脊椎動物のデータも加えて解析したところ,無脊椎動物の筋肉組織は,脊椎動物の骨格筋(速筋,遅筋,心筋)と起源を共通とするが,脊椎動物の平滑筋はそれらとは独立に生じたと推定された。(2) 分子進化解析システムDeepForestの開発DeepForestは,分子進化学研究を支援するために,HTMLで書かれたドキュメントから呼び出されるCGIプログラムである。ユーザーがスクリプトを書き込むとインタープリターがそれを解釈して述語を呼び出す。また,塩基配列やアミノ酸配列の進化のシミュレーションのようなアプリケーション・プログラムも,CGIを用いたインターフェースによって使うことができる。DeepForestは,以下のWWWで公開している:http://thinker.lab.nig.ac.jp/DeepForest/deepforest.html

(1) heritage 伝 subsystem tree の heavy layer に よ る の brawn organization evolution of masato presumption is の brawn organization に 発 now す る タ ン パ ク qualitative の heritage 伝 tree を の system and constructive し, こ れ ら を heavy ね close わ せ る こ と で, organization の presumption system tree を し た. Use い た タ ン パ ク は, ミ オ シ ン heavy lock, ミ オ シ ン must 軽 locks, ミ オ シ ン adjust 軽 lock, ト ロ ポ ニ ン C, jin 発 regulatory factor, ア ク チ ン で あ る. PIR デ ー タ ベ ー ス か ら こ れ ら の タ ン パ ク qualitative の ア ミ ノ acid with column を identity 検 cable を with い し て spare, molecular phylogenetic tree を made し た. ま た そ れ ら の タ ン パ ク qualitative が か ら だ の ど の organization で 発 now し て い る か に つ い て account の を drew し, organization の evolutionary tree を presumption し た. そ の あ と, こ れ ら all が も っ と も contradiction な く あ て は ま る tree を organization system, open 発 し た プ ロ グ ラ ム Super を with い て choose ん だ. Youdaoplaceholder0 そ as a result, the な relationship of vertebrate tendon tissue evolution な,(smooth tendon,(heart tendon,遅 tendon), speed tendon)と is presumed to be された. Invertebrates の デ ー タ も plus え て parsing し た と こ ろ, invertebrates の brawn は, vertebrate の skeletal muscle (reinforcement, 遅 reinforcement, the heart muscle) common origin を と と す る が, vertebrate の smooth muscle は そ れ ら と は independent に raw じ た と presumption さ れ た. (2) the molecular evolution parsing シ ス テ ム DeepForest の open 発 DeepForest は, molecular evolutionary を support す る た め に, HTML で book か れ た ド キ ュ メ ン ト か ら shout び out さ れ る CGI プ ロ グ ラ ム で あ る. ユ ー ザ ー が ス ク リ プ ト を book き 込 む と イ ン タ ー プ リ タ ー が そ れ を solution 釈 し て adnex を shout び す. ま た, salt base with や ア ミ ノ acid with column の evolution の シ ミ ュ レ ー シ ョ ン の よ う な ア プ リ ケ ー シ ョ ン · プ ロ グ ラ ム も, CGI を with い た イ ン タ ー フ ェ ー ス に よ っ て make う こ と が で き る. DeepForest は, the following の WWW で public し て い る : http://thinker.lab.nig.ac.jp/DeepForest/deepforest.html

项目成果

斎藤成也: "近隣結合法と最大節約法" 宮田隆編,「分子進化-解析の技法とその応用-」共立出版. 54-63 (1998)

Seiya Saito：“邻接法和最大简约法”Takashi Miyata（编），“分子进化-分析技术及其应用”Kyoritsu Shuppan 54-63（1998）。

OOta S.: "Three Tree : A new method to reconstruct phylogenetic trees" Genome Informatics 1998,Universal Academy Press, Tokyo. 340-341 (1998)

OOta S.：“三棵树：重建系统发育树的新方法”基因组信息学 1998 年，环球学院出版社，东京。