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遺伝子系統樹の重層構造によるゲノム進化解析法と生物学的知識自動獲得システムの開発

利用多层基因系统发育树结构开发基因组进化分析方法和自动生物知识获取系统

基本信息

批准号：
12024229
负责人：
斎藤成也
金额：
$ 1.28万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究代表者は,平成11年度から科学研究費補助金の基盤A(展開研究)として,研究課題「ヒト化を特徴づける遺伝子変化探索システムの開発」を開始した。これは,すでに配列の決定しているヒトのゲノムデータをもとにしてPCRプライマーをデザインし,それを用いて類人猿の種分化相同な塩基配列を決定し,ヒトの系統でだけ生じた遺伝的変化を大量に決定しようというものである。この研究計画をSilverと命名し,この研究によって決定された塩基配列データをWWW(http://sayer.lab.nig.ac.jp/〜silver/)で公開するシステムの概念構築を行った。データベースの本体は,まず遺伝子名のリストからなり,そのどれかをクリックすると,その遺伝子の詳細な情報を示すページに飛ぶ。そこでは,すでにDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに登録されているヒトの配列を先頭に,Silver計画で決定されたヒトおよび類人猿の配列名が並ぶ。それらのaccession番号をクリックすると,DDBJのデータベースエントリーを参照できる。またその下には,ClustalWで多重整列したヒトと類人猿の配列が表示され,さらに近隣結合法で作成した系統樹が遺伝子ごとに表示される。これら一連のデータ加工は,現在のところはマニュアル操作がかなり入っているが,自動化できるところもあるので,それらについては近い将来,自動化するプログラムを作成する予定である。

The representative of this research team has started the research project "Development of the characteristics of transformation and the exploration of transformation" with the Foundation A(Research) of the Scientific Research Grant for the Year 2011 of Heisei. However, when the necessary computer data is used to determine the allocation, the PCR protocol is developed, and when the same base allocation is determined in the species differentiation of anthropoids, the genetic variation of the components of the system is greatly determined. This research project was named Silver, and the research was conducted to determine the basis for the design of the project. WWW(http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/) was used to open up the conceptual framework of the project. The main body of the file is displayed, and the name of the file is displayed, and the detailed information of the file is displayed. The Silver Project determined that the number of hominid homin DDBJ's accession number is a reference number. The next step is to construct a phylogenetic tree by clustering W, which is a representation of multiple whole arrays of apes. This is a series of processing, now and again, operation, automation, near future, automation, pre-determined.