遺伝子系統樹の重層構造によるゲノム進化解析法と生物学的知識自動獲得システムの開発

利用多层基因系统发育树结构开发基因组进化分析方法和自动生物知识获取系统

• 批准号: 11149227
• 负责人: 斎藤 成也
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11149227/
• 关键词: 遺伝子系統樹; 組織系統樹; ゲノム; 非コード領域; 類人猿ゲノム計画

(1)遺伝子系統樹の重層による筋肉組織の進化的関係の推定筋肉組織に発現する6つのタンパク質(ミオシン重鎖、ミオシン必須軽鎖、ミオシン調節軽鎖、トロポニンC、筋発生調節因子、アクチン)の遺伝子の系統樹を推定し、重ね合うことで、筋肉組織(脊椎動物では、平滑筋、速筋、遅筋、心筋、無脊椎動物では、横紋筋と平滑筋)の系統樹を推定した。この解析の結果、平滑筋は脊椎/無脊椎動物の分岐の下限よりも前に起きたことが示唆され、また遅筋と心筋の進化的関係がもっとも近かった。研究成果を論文1で発表した。(2)エレガンス線虫(C.elegans)ゲノムの非コード領域の解析多くのゲノム解析はコード領域に集中しているが、組織特異的発現や細胞系譜を決定するのは、非コード領域の塩基配列の可能性がある。そこで、多細胞生物で唯一全ゲノムの塩基配列が決定された線虫を利用して非コード領域に絞った解析を試みた。DDBJの線虫ゲノム配列だけをターゲットに相同性検索するシステムを用いた解析の結果、数百bpのわたって高い相同性を有するDNA領域が、線虫ゲノムの中に多数発見された。(3)類人猿ゲノム計画SilverのWWWデータベース概念構築科学研究費補助金の基盤A(展開研究)として、「ヒト化を特徴づける遺伝子変化探索システムの開発」を開始した。これは、配列が決定されたヒトと種分化相同な類人猿の塩基配列を決定し、ヒトの系統でだけ生じた遺伝的変化を大量に決定するものである。また決定された配列データをWWW(http://sayer.lab.ac.Jp/〜silver/)で公開するシステムの概念構築を行った。データベースの本体は、遺伝子名のリスト、多重整列した配列、近隣結合法で作成した系統樹等からなり、ハイパーリンクで繋がっている。

(1) heritage 伝 subsystem tree の heavy layer に よ る の brawn organization evolution of masato presumption is の brawn organization に 発 now す る 6 つ の タ ン パ ク mass (ミ オ シ ン heavy lock, ミ オ シ ン must 軽 lock, ミ オ シ ン adjust 軽 lock, ト ロ ポ ニ ン C, jin 発 regulatory factor, ア ク チ ン) の heritage 伝 tree を の system and constructive し, heavy ね う こ と で, brawn organization (spinal motion The <s:1> system tree を of the species で で, smooth tendons, rapid tendons, 遅 tendons, cardiac tendons, invertebrates で, transverse striated tendons と smooth tendons is presumed to be た た. こ の parsing の results, smooth muscle は spine/invertebrates の branching の floor よ り に も ago き た こ と が in stopping さ れ, ま た 遅 reinforcement と heart muscle の evolution masato is が も っ と も nearly か っ た. Research results を paper 1で shows that た. (2) エ レ ガ ン ス nematodes (c. elegans) ゲ ノ ム の non コ ー の ド field analytical more く の ゲ ノ ム parsing は コ ー に ド field concentrated し て い る が, tissue specific 発 now や pedigree を decided す る の は, non コ ー ド field の salt base with column の possibility が あ る. そ こ で, multicellular organisms で only fully ゲ ノ ム の salt base with column が decided さ れ た nematodes を using し て non コ ー に ド field ground っ た parsing を try み た. DDBJ の nematodes ゲ ノ ム match column だ け を タ ー ゲ ッ ト に identity 検 cable す る シ ス テ ム を with い た analytical の results, hundreds of bp の わ た っ て high い phase gay を す る areas of DNA が, nematode ゲ ノ ム の に most 発 see さ れ た. (3) the ape ゲ ノ ム project Silver の WWW デ ー タ ベ ー fee subsidy の ス concept to construct scientific research base plate of A (study) と し て, "ヒ omens を ト 徴 づ け る heritage 伝 sub - chemical exploration シ ス テ ム の 発" を began し た. こ れ は, column が decided さ れ た ヒ ト と differentiation of same な apes の salt base with を decided し, ヒ ト の system で だ け raw じ た heritage 伝 を variations of a large number of に decided す る も の で あ る. ま た decided さ れ た match column デ ー タ を WWW (http://sayer.lab.ac.Jp/~silver/) で す publicly る シ ス テ ム の concept to construct line を っ た. は デ ー タ ベ ー ス の ontology, but 伝 name の リ ス ト, reforming columns し た column, close combination with 隣 で made し た system tree か ら な り, ハ イ パ ー リ ン ク で 繋 が っ て い る.

项目成果

北上始: "異種系統間の調停のためのゼロ交差制約の充足"情報処理学会論文誌:データベース. 40. 1-14 (1999)

Hajime Kitakami：“不同谱系之间调解的零交叉约束的满足”日本信息处理协会交易：数据库 40. 1-14 (1999)。