遺伝子系統樹の重層構造によるゲノム進化解析法と生物学的知識自動獲得システムの開発

利用多层基因系统发育树结构开发基因组进化分析方法和自动生物知识获取系统

• 批准号: 11149227
• 负责人: 斎藤 成也
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11149227/
• 关键词: 遺伝子系統樹; 組織系統樹; ゲノム; 非コード領域; 類人猿ゲノム計画

(1)遺伝子系統樹の重層による筋肉組織の進化的関係の推定筋肉組織に発現する6つのタンパク質(ミオシン重鎖、ミオシン必須軽鎖、ミオシン調節軽鎖、トロポニンC、筋発生調節因子、アクチン)の遺伝子の系統樹を推定し、重ね合うことで、筋肉組織(脊椎動物では、平滑筋、速筋、遅筋、心筋、無脊椎動物では、横紋筋と平滑筋)の系統樹を推定した。この解析の結果、平滑筋は脊椎/無脊椎動物の分岐の下限よりも前に起きたことが示唆され、また遅筋と心筋の進化的関係がもっとも近かった。研究成果を論文1で発表した。(2)エレガンス線虫(C.elegans)ゲノムの非コード領域の解析多くのゲノム解析はコード領域に集中しているが、組織特異的発現や細胞系譜を決定するのは、非コード領域の塩基配列の可能性がある。そこで、多細胞生物で唯一全ゲノムの塩基配列が決定された線虫を利用して非コード領域に絞った解析を試みた。DDBJの線虫ゲノム配列だけをターゲットに相同性検索するシステムを用いた解析の結果、数百bpのわたって高い相同性を有するDNA領域が、線虫ゲノムの中に多数発見された。(3)類人猿ゲノム計画SilverのWWWデータベース概念構築科学研究費補助金の基盤A(展開研究)として、「ヒト化を特徴づける遺伝子変化探索システムの開発」を開始した。これは、配列が決定されたヒトと種分化相同な類人猿の塩基配列を決定し、ヒトの系統でだけ生じた遺伝的変化を大量に決定するものである。また決定された配列データをWWW(http://sayer.lab.ac.Jp/〜silver/)で公開するシステムの概念構築を行った。データベースの本体は、遺伝子名のリスト、多重整列した配列、近隣結合法で作成した系統樹等からなり、ハイパーリンクで繋がっている。

The main results are as follows: (1) the estimation of the improvement of the muscle tissue in the sub-system, the estimation of the muscle tissue, the muscle tissue. Tendons, tendons, vertebrae animals, horizontal tendons, smooth tendons) system system presumption. Analyze the results, smooth the lower limit of the differences between the spine and vertebrae, and make sure that there is a difference between the spine and the vertebrae. The research results are listed in the table of article 1. (2) in the field of C.elegans, it is necessary to analyze the number of cells in the field, the number of cells in the field of organization, the number of cells in the field, and the possibility in the field. The unique full-scale configuration of multi-celled organisms determines that the worms are used to analyze the test data in the field. The results of the analysis of the results of the analysis of the results, hundreds of BP data, the homology of the DDBJ worm, the domain of the DNA and the majority of the data in the worm database were analyzed in terms of the results of the analysis of the results, hundreds of BP data, and most of the data in the worm database. (3) the human ape project "Silver", "WWW", "Conceptual Research", "Scientific Research Grant" (unfolding Research), "Research in Development", "Exploration and Development", and the beginning of the project. There are a large number of factors that determine the differentiation of the same type. there are a large number of factors that determine the number of people in the system. It is decided that the WWW (http://sayer.lab.ac.Jp/ silverware /) is open to the public and that the concept is the line. In other words, such as the ontology, the child name, the allocation of multiple whole rows, the ability to make a system, and so on, and so on.

项目成果

北上始: "異種系統間の調停のためのゼロ交差制約の充足"情報処理学会論文誌:データベース. 40. 1-14 (1999)

Hajime Kitakami：“不同谱系之间调解的零交叉约束的满足”日本信息处理协会交易：数据库 40. 1-14 (1999)。