权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

組織特異性を決める遺伝子発現調節領域の進化メカニズム解析と人工合成による検証

决定组织特异性的基因表达调控区的进化机制分析及人工合成验证

基本信息

批准号：
17657079
负责人：
斎藤成也
金额：
$ 2.18万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでにコンピュータ解析によるゲノム中の新規機能モチーフの探索を行った。従来の方法論とはまったく異なる方法でモチーフを探索し、その結果を、進化的保存領域や機能既知の非コードゲノム領域などに基づく従来の結果と組み合わせることで新しい機能モヂュールの推定を行うことを目標としてきた。具体的には、まず最初に全ゲノム配列がわかっている生物種において、ゲノム全体を特定の長さのモチーフに切断し、そのモチーフの出現頻度を調べた。高度反復配列に含まれるモチーフや、機能の無いモチーフはゲノム中に多く見出されることが期待されるが、特定の重要な機能に結びつく配列の出現頻度は厳しく制限を受けている可能性が高い。解析の結果、期待値よりもはるかに少ないモチーフ(超低頻度モチーフ)が多数見出された。このようなゲノムの多様性は、進化的に高度な種ほど大きい傾向が見いだされた。体制の単純な生物のゲノムは超低頻度モチーフの多様性が少ない。また、超低頻度モチーフがUltra Conserved Element中に有意に高い頻度で見いだされることが判明した。このことは機能的に重要な非コード領域中の機能モチーフがゲノムの中で他にはない独自の機能を持っていることを示す。このような例に、HOXクラスター中のエンハンサーエレメントなどが見いだされ、現在この機能をトランスジェニックマウスで解析中である。また他のUltra Conserved Elementで超低頻度モチーフを持つものをリスト化し、順次機能解析を行っているところである。

Youdaoplaceholder2 れまでにコピュタタタタ analysis of the function of the <s:1> new regulations in によるゲノムモチフフフ <e:1> explore を lines った. 従 methodology to のとはまったく different なる method でモチーフを exploring し, その results をや, evolution of preservation field function is known のコードゲノム field などに base づく従 to の results と group み close わせることで new しい function モヂュールの presumed line をうことを target としてきた. Specific には, まずに all initial ゲノム match column がわかっている biological において, ゲノム all を specific の long さのモチーフに cut し, そのモチーフ frequency のを adjustable べた. Contains highly repeated match column にまれるモチーフや, functional のいモチーフはゲノムにく see more out されることが expect されるが, certain important なの functional に knot びつく match column frequency のは厳し limitations くを by けていが high いる possibilities. Analytical の results, looking forward to numerical よりもはるかに less ないモチーフ (ultra-low frequency モチーフ) が most see the された. <s:1> ようなゲノムようなゲノム polymorphisms, evolutionary に height な species ほ <s:1> large <s:1> ようなゲノム tendency が see だされただされただされた. Institutional <s:1> pure な biological <s:1> ゲノムゲノム ultra-low frequency モチフフフ <s:1> diversity が few なな. また, ultra-low frequency モチーフが Ultra Conserved in the Element に intentionally に high で see いい frequency だされることが.at した. このことは function important なに non コードの function in the field of モチーフがゲノムので he にはないの function を alone hold っていることをす. このようなに, HOX クラスター in のエンハンサーエレメントなどが see いださこれ, now の function をトランスジェニックマウスで parsing である. また he の Ultra Conserved Element で ultra-low frequency モチーフを hold つものをリストし, progressive functional analytical line をっているところである.