ゲノム情報を利用した転写因子の標的遺伝子単離法の開発

利用基因组信息开发转录因子靶基因分离方法

基本信息

批准号：
11149216
负责人：
高橋直樹
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11149216/
关键词：
転写調節動物発生ホメオボックス線虫ゲノム情報標的遺伝子

项目摘要

高等植物の発生過程は多くの転写因子の空間的、時間的に特異な発現によってコントロールされていると考えられる。ホメオボックスやZnフィンガーなどのモチーフを利用したスクリーニングやゲノムプロジェクトなどによって、これまでに数多くの転写因子をコードする遺伝子がクローン化されてきた。しかしこれらの転写因子が発現制御する標的遺伝子群についてはほとんど明らかにされていない。我々はマウスを実験材料として、転写因子の抗体を用いた標的遺伝子クローン化法を開発し、Hox遺伝子のいくつかの標的遺伝子を特定してきた。本研究の目的は、ゲノム情報の明らかになっている線虫をモデル動物として、効率の良い標的遺伝子群の単離法を開発し、多くの動物種で保存されている、発生過程における転写調節機構を明らかにすることである。昨年度作製したタグ付き転写因子導入線虫個体を用いて、転写因子が生体内で結合している配列を濃縮したDNAプールを調製した。この中に濃縮された配列(標的配列)をゲノムDNAチップを用いて検出することができることを示すためにチップを試作し、条件の検討を行った。昨年度作製した、短い(約100bp)線虫ゲノムDNA断片をλgt10ベクターに組み込んだライブラリーを用い、その挿入配列をPCR法によって調製した。このゲノム断片をスポットしたゲノムDNAチップを試作した。線虫全ゲノム中の標的配列を明らかにするためには、10万スポットのチップを必要とするが、今回は1000スポットのチップを作製し、ラジオアイソトープラベルプローブによる検出、Cy3,Cy5を用いた comparative hybridizationなどの条件について検討を行った。

据认为，高等植物的发育过程受许多转录因子的空间和时间特定表达控制。迄今为止，通过筛选和基因组项目（例如Homeobox和Zn手指）将编码众多转录因子的基因克隆。但是，几乎没有关于这些转录因子调节表达的靶基因组的澄清。我们已经开发了一种使用小鼠作为实验材料的转录因子抗体克隆靶基因的方法，并确定了HOX基因的几个靶基因。这项研究的目的是开发一种有效的方法，使用线虫（将基因组信息作为模型动物）隔离靶基因组，并阐明在许多动物物种中保守的发育过程中的转录调节机制。使用去年产生的标记的转录因子介绍的线虫个体，制备了一个DNA池，其中序列中的转录因子在体内被浓缩。为了证明可以使用基因组DNA芯片检测到富含该（目标序列）的序列，并检查了芯片并检查了条件。使用PCR使用包含去年在λgt10载体中产生的短（约100 bp）线虫基因组DNA片段的库来制备插入的序列。产生了带有这种基因组片段的基因组DNA芯片。为了阐明线虫的整个基因组中的目标序列，需要100,000个芯片斑点，但是在这种情况下，准备了1,000个斑点，并使用放射性同位素标签探针进行检测和使用CY3和CY5进行比较杂交等条件。