免疫精製法を用いた転写ネットワークの解析

使用免疫纯化方法分析转录网络

• 批准号: 14014230
• 负责人: 高橋 直樹
• 金额: $ 4.48万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14014230/
• 关键词: 転写調節; 標的遺伝子; マイクロアレイ; クロマチン; ゲノム

我々は、MATα2などいくつかの酵母転写因子にエピトープタグを結合したコンストラクト約30を作製し、これらの転写因子が細胞内で直接結合している標的配列を抗体を用いて濃縮し、DNAマイクロアレイで全ゲノム中の結合配列を同定してきた(ChIP on Chip法)。最近Leeらによって、酵母の約100の転写因子の標的配列をChIP on Chip法で同定したという報告があった(Science298,799(2002))。我々が解析中の転写因子のいくつかは、その中に含まれていたが、結果が異なっていた。CRZ1,PH04などの転写因子については、我々は既知標的遺伝子の近傍の結合解列の濃縮を確認できたが、Leeらの報告では確認できていない。この相違の原因を明かにするため、培養条件、免疫精製法の条件の検討などを行なった。Leeらはすべての転写因子の解析は、酵母の培養を同一条件でおこなっているが、我々の結果と相違の見られた転写因子の多くは、外部からのシグナルによってリン酸化などの修飾を受け、転写調節活性が変化するものであり、培養の条件によって検出される標的配列が大きく変化するということを明かにした。また、タグの位置や種類、架橋の有無によっても結果に違いの生じる転写因子が存在することも明かになった。これらの成果をふまえて、MATα2,MCM1など既に解析した転写因子に加え、MATα1,STE12などの転写因子の解析を行ないつつあり、酵母mating typeの決定に関わる転写ネットワークの解明を目指している。

I 々 は, MAT alpha 2 な ど い く つ か の yeast planning write factor に エ ピ ト ー プ タ グ を combining し た コ ン ス ト ラ ク ト about 30 を as し, こ れ ら の planning write factor で が cell directly combined し て い る mark matched with column を antibody を い て enrichment し, DNA マ イ ク ロ ア レ イ で full ゲ ノ ム の in combination with column を with fixed し て き た (ChIP (on Chip method) Recently Lee ら に よ っ て, yeast の about 100 の planning write factor の mark with column を ChIP で on ChIP method with fixed し た と い う report が あ っ た (Science298, 799 (2002)). I 々 が parsing の planning write factor の い く つ か は, そ の に in containing ま れ て い た が, results が different な っ て い た. CRZ1, PH04 な ど の planning write factor に つ い て は, I 々 は already know mark heritage 伝 の son nearly alongside の combination solution column の enrichment を confirm で き た が, Lee ら の report で は confirm で き て い な い. The reasons for the contradiction between を and にするため are を. The culture conditions and the conditions of the immunorefining method are 検. Discuss な and を. Lee ら は す べ て の planning write の factor analytical は の, yeast culture を same condition で お こ な っ て い る が, I 々 の results と conceives の see ら れ た planning write factor の く は, external か ら の シ グ ナ ル に よ っ て リ ン acidification な ど の modified を け, planning to write が regulate activity - the す る も の で あ り conditions, cultivating の に よ っ て 検 out さ れ る mark List が large く く variations すると う う とを とを light に に に た. ま た, タ グ の position type, bridging や の presence of に よ っ て も results に violations い の raw じ る planning write factors が す る こ と も Ming か に な っ た. こ れ ら の results を ふ ま え て, MAT alpha 2, MCM1 な ど に both parsing し た planning write factor に え, MAT alpha 1, STE12 な ど の line planning write factor analytical を の な い つ つ あ り, yeast mating type の decided に masato わ る planning write ネ ッ ト ワ ー ク の interpret を refers し て い る.

项目成果

Takeda, Y. et al.: "Impaired Motor Coordination in Mice Lacking Neural Recognition Molecule NB-3 of the Contacin/F3 Subgroup"Journal of Neurobiology. (in press). (2003)

Takeda，Y.等人：“Contacin/F3 亚组的神经识别分子 NB-3 小鼠的运动协调受损”神经生物学杂志。

Yamada, R. et al.: "Cell-autonomous involvement of Mab2191 is essential for lens placode development"Development. (in press). (2003)

Yamada, R. 等人：“Mab2191 的细胞自主参与对于晶状体基板的开发至关重要”。