免疫精製法を用いた転写ネットワークの解析

使用免疫纯化方法分析转录网络

• 批准号: 13206048
• 负责人: 高橋 直樹
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13206048/
• 关键词: 転写調節; DNAマイクロアレイ; 酵母; 転写因子; 蛋白DNA相互作用; システムバイオロジー

遺伝子の特異的転写は、遺伝子の近傍に存在するシスエレメントに複数の転写因子が結合することによって、実現されていると考えられる。極めて多くの転写因子をコードすると考えられる遺伝子がこれまでに同定されているが、それらの転写因子のほとんどについては、その機能が明らかにされていない。本研究の目的は、酵母をモデルとし、特異的配列の認識によって転写調節に関わっていると考えられる蛋白群について、それらの細胞内での全結合配列をDNAアレイを用いて同定するという研究法を開発し、転写ネットワークの全容を明らかにすることである。今年度は、20の様々なタイプの転写因子について、HAタグを結合した遺伝子を相同組み替えで酵母に導入し、タグを利用して濃縮したDNAを用いたゲノム中の全in vivo結合配列の同定をマイクロアレイでおこなった。その結果は下記の3つのグループに分類された。1.MATα2,MCM1のように十分な濃縮が確認でき、全ゲノム中の標的配列を検出できていると考えられるもの(特にMATα2は、全ての既知標的遺伝子の特定ができた)。2.YDR451,YOX1のように、有意な結果は得られたが、濃縮の程度が十分でないため標的配列を確実に検出できないもの。3.CRZ1のように特異的濃縮が確認できなかったもの。これらの結果から本研究法の有用性が明らかになったとともに、約200と考えられる酵母転写因子について解析を行うことによって転写ネットワークの全容を明らかにできる可能性が示された。

The special writing of the gene, the existence of the gene near the gene, the combination of multiple writing factors, the realization of the gene in the study The number of factors that can be used to determine the number of factors that can be used to determine the number of factors that can be used to determine the number of factors that can be used. The purpose of this study is to investigate the regulation of protein groups in yeast cells and to develop methods for the identification of DNA binding sequences in yeast cells. This year, 20 of them are in the same group as the yeast, and the HA is in the same group as the yeast. The results are listed below. 1. MAT α2,MCM1 are very concentrated and confirmed. The target arrangement in the whole list is checked and verified.(In particular, MATα2 is checked and the target sequence in the whole list is specified.) 2. YDR451, YOX1 is a perfect match for the target. 3. CRZ1 and its special concentration are confirmed. The usefulness of this method is demonstrated by the possibility of analyzing the yeast expression factor at about 200 ℃.

项目成果

高橋直樹 他: "生物薬科学実験講座8 遺伝子"廣川書店(印刷中). (2002)

高桥直树等：《生物制药科学实验课程 8 基因》广川书店（2002 年出版）。

Kojima, T. et al.: "Cell-type non-selective transcription of mouse and human genes encoding neural-restrietive silencer factor"Molecular Brain Research. 90. 174-186 (2001)

Kojima, T. 等人：“编码神经抑制沉默因子的小鼠和人类基因的细胞类型非选择性转录”分子脑研究。

Kojima, T. et al.: "Genomic organization of the full-length Sck/ShcB : specific association of p68-Sck/ShcB with pp135"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 284. 1039-1047 (2001)

Kojima, T. 等人：“全长 Sck/ShcB 的基因组组织：p68-Sck/ShcB 与 pp135 的特异性关联”Biochem。