ヒトメガサテライトDNAのゲノム構造と超可変性

人类巨卫星 DNA 的基因组结构和高变异性

• 批准号: 12024231
• 负责人: 権藤 洋一
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12024231/
• 关键词: ヒトゲノム; タンデム反復配列; サテライトDNA; ゲノム;不安定性; 突然変異; ゲノム機能; ゲノム構造; 脱ユビキチン化酵素

世代間10%という超可変性を示すヒト4p15領域に存在するRS447メガサテライトDNAは単位長4746bpのタンデム反復配列構造をもつ。単位長内には1590bpからなるORF様配列があり脱ユビキチン化酵素と高い相同性を示す。RS447相同配列はサル、ウシ、ウサギ、イヌ、ブタ、チャイニーズハムスター、ラットにも存在し、イヌ、マウス以外ではタンデム反復構造も示唆された。チャイニーズハムスターやラットよりも、マウスDUB-1、DUB-2の方が、ヒトRS447配列と高い相同性を示したが、マウスにおいては顕著なタンデム反復構造はない。本年度は、ヒトRS447反復配列の生物学的機能、とくにその中のORFにコードされている脱ユビキチン化酵素様の配列について検討した(Saitoh et al.,Genomics)。RNA blotting解析を行った結果、心臓、脳、肝、骨格筋に約2.4kbの転写産物が認めらた。想定される開始コドンの-89のGが転写開始塩基とわかった。また+2367と+2388が3′端と推定されpolyA付加サイトも+2321、+2362にそれぞれ存在している。転写長は2.47kbとなり、RNA blottingの結果と一致した。プロモーター活性解析の結果、-179から-143に必須な配列を同定した。この領域には逆向きのCAATボックスがあり、実際にCATCに置換すると転写活性が失われた。ちなみにTATAボックスは確認できない。ORFによってコードされる530残基ペプチドには、脱ユビキチン化酵素共通のCysドメイン、Hisドメイン領域がよく保存性されている。ヒト遺伝子命名法ガイドラインに沿ってこのペプチドをUSP17と名付けた。E.coliで発現させたUSP17は、実際に、T7タッグをつけたユビキチン化GFPを脱ユビキチン化した。しかし、CysドメインのCys-89をSerに置換したUSP17(S89)ではこの脱ユビキチン化は起こらなかった。以上より、RS447ORFにコードされるUSPは脱ユビキチン活性を持つことが証明された。

10% between generations と い う super - can be を shown す ヒ ト 4 に p15 field exist す る RS447 メ ガ サ テ ラ イ ト DNA は 単 a 4746 bp long の タ ン デ ム repeatedly with column structure を も つ. The 単 bit length is に に 1590bp があ らなるORF in sequence, and the があ <s:1> deユ ビキチ socialization enzyme と has a high <s:1> similarity を and is shown as す. RS447 with same column は サ ル, ウ シ, ウ サ ギ, イ ヌ, ブ タ, チ ャ イ ニ ー ズ ハ ム ス タ ー, ラ ッ ト に も し, イ ヌ, マ ウ ス outside で は タ ン デ ム repeatedly tectonic も in stopping さ れ た. チ ャ イ ニ ー ズ ハ ム ス タ ー や ラ ッ ト よ り も, マ ウ ス DUB - 1, 2 の が, DUB - ヒ ト RS447 match column high と い identity を shown し た が, マ ウ ス に お い て は 顕 the な タ ン デ ム repeatedly tectonic は な い. This year は, ヒ ト RS447 repeatedly with column の biology function, と く に そ の in の ORF に コ ー ド さ れ て い る ユ off ビ キ チ ン phenoloxidase others の match column に つ い て beg し 検 た (Saitoh et al., Genomics). RNA blotting analysis of を line った results, heart, 脳, liver, bone, sasa に about 2.4kb 転 writing products が recognize めらた. Decide on される to start コド コド <s:1> -89 <s:1> Gが転 to write to start the base とわ った った. ま た + 2367 + 2388 が と 3 'end と presumption さ れ polyA plus サ イ ト も + 2321, + 2362 に そ れ ぞ れ exist し て い る. Youdaoplaceholder0 is とな 2.47kb in length. Youdaoplaceholder1 とな and the RNA blotting <s:1> results are と consistent with た た. The activity analysis of プロモ, タ, and <s:1> results, -179 ら, ら, -143に, must be な matched with を to determine た. The <s:1> <s:1> domain に に reverse <s:1> <s:1> CAATボッ スがあ スがあ スがあ スがあ が すると転 すると転 permutation すると転 write activity が loss われた. Youdaoplaceholder0 TATAボッ ス ス ス confirm で な な な で. ORF に よ っ て コ ー ド さ れ る 530 residues ペ プ チ ド に は, ユ ビ キ チ ン phenoloxidase common の Cys ド メ イ ン, ihs ド メ イ ン field が よ く save sex さ れ て い る. ヒ ト posthumous son 伝 nomenclature ガ イ ド ラ イ ン に along っ て こ の ペ プ チ ド を USP17 と name pay け た. E.c. with our fabrication: oli で 発 now さ せ た USP17 は, the event be に, T7 has タ ッ グ を つ け た ユ ビ キ チ ン the GFP を ユ off ビ キ チ ン change し た. し か し, Cys ド メ イ ン の Cys - 89 を Ser に replacement し た USP17 (S89) で は こ の ユ off ビ キ チ ン change since は こ ら な か っ た. The above よ よ, RS447ORFにコ ドされる ドされるUSP <s:1> dehumidification ユビキチ <s:1> activity を is supported by された とが とが とが proof された.

项目成果

N.Matsuyama,S.Hadano,K.Onoe,H.Osuga,J.Showguchi-Miyata,Y.Gondo,J.E,Ikeda: "Identification and characterization of the miniature pig Hungtinton's disease gene homolog : evidence for conservation and polymorphism in the CAG triolet repeat"Genomics.. 69(1).

N.Matsuyama,S.Hadano,K.Onoe,H.Osuga,J.Showguchi-Miyata,Y.Gondo,J.E,Ikeda：“小型猪亨廷顿氏病基因同源物的鉴定和特征：保存和多态性的证据

Y.Saitoh,N.Miyamoto,T.Okada,Y.Gondo,J.Showguchi-Miyata,S.Hadano,J.-E.Ikeda: "The RS447 human megasatellite tandem repetitive encodes a novel deubiquitinating enzyme with a functional promoter."Genomics.. 67(3). 291-300 (2000)

Y.Saitoh、N.Miyamoto、T.Okada、Y.Gondo、J.Showguchi-Miyata、S.Hadano、J.-E.Ikeda：“RS447 人类巨卫星串联重复序列编码一种具有功能启动子的新型去泛素化酶。

Y.Shioyama,Y.Gondo,K.Nakao,M.Katsuki: "Different mutation frequencies and spectra among organs by N-methyl-N-nitrosourea in rpSL (strA) transgenic mice."Jpn J Cancer Res.. 91(5). 482-491 (2000)

Y.Shioyama,Y.Gondo,K.Nakao,M.Katsuki：“rpSL (strA) 转基因小鼠中 N-甲基-N-亚硝基脲对器官的不同突变频率和谱。”Jpn J Cancer Res.. 91(5)

H.Murai,S.Takeuchi,Y.Nakatsu,M.Ichikawa,M.Yoshino,Y.Gondo,M.Katsuki,K.Tanaka: "Studies of in vivo mutations in rpSL transgene in UVB-irratiated epidermis of XPA-deficient mice."Mutat Res.. 450(1-2). 181-192 (2000)

H.Murai、S.Takeuchi、Y.Nakatsu、M.Ichikawa、M.Yoshino、Y.Gondo、M.Katsuki、K.Tanaka：“XPA 缺陷型 UVB 照射表皮中 rpSL 转基因体内突变的研究

K.Ise,K.Nakamura,K.Nakao,S.Shimizu,H.Harada,T.Ichise,J.Miroshi,Y.Gondo,T.Ishikawa,Aiba: "Targeted deletion of the H-ras gene decreases tumor formation in mouse skin carcinogenesis."Oncogene.. 19(26). 2951-2956 (2000)

K.Ise、K.Nakamura、K.Nakao、S.Shimizu、H.Harada、T.Ichise、J.Miroshi、Y.Gondo、T.Ishikawa、Aiba：“H-ras 基因的靶向删除可减少肿瘤形成