ヒトメガサテライトDNAのゲノム構造と超可変性

98年度にヒトゲノムにおけるRS447メガサテライトDNAという新しい概念を公に認められ(Gondo et al.,Genomics 1998)、詳細な解析を進めたところ、タンデムコピー数が親子間で10%の高頻度で変動し(Okada et al.,in preparation)、また、junk DNAなどと異なりその反復単位のなかに活性をもつ脱ユビキチン化酵素をコードし、5'上流にプロモーター活性もあった(Saitoh et al.,Molec.Cell Biol.submitted)。この全く新しい機能をもちながら超可変性を示すヒトゲノム構造機能を実験的に解析できるよう、モデル動物系の探索も行った。調べた哺乳動物すべてにRS447メガサテライト相同配列が存在し、チャイニーズハムスター、ラットから相同クローンを得た。タンデム構造、コピー数、脱ユビキチン化酵素をコードすることなど全て確認できた。このRS447配列群と最も高い相同性を示す配列として、すでにマウス脱ユビキチン化酵素であるDUB-1、DUB-2がわかっていた。しかし、マウスゲノムにはこれらの遺伝子はタンデム構造をしておらず、他にもタンデム反復した相同配列はない。そのかわりに多数の散在する相同配列は存在する。ヒトをはじめタンデム構造のRS447メガサテライト配列は種内ではほぼ100%相同(>99.3%)であり、協調進化によって変化しないような機構があることが考えられるが、マウスにはその機構がないわけであり、ヒトRS447導入トランスジェニックマウスの利用によって検討している。現在12系統得られ3系統について詳細な解析を行っている。また、類似の不安定なタンデムリピートとして、ヒトNAIP遺伝子のcDNAクローン(Yamamoto et al.,BBRC 1999)およびミニブタハンチントン病遺伝子cDNAクローン(Matsuyama et al.,in preparation)も得て解析している。

98年度にヒトゲノムにおけるRS447メガサテライトDNAという新しい概念を公に認められ(Gondo et al.,Genomics 1998)、詳細な解析を進めたところ、タンデムコピー数が親子間で10%の高頻度で変動し(Okada et al.,in preparation)、また、junk DNAなどと異なりその反復単位のなかに活性をもつ脱ユビキチン化酵素をコードし、5'上流にプロモーター活性もあった(Saitoh et al.,Molec.Cell Biol.submitted)。この全く新しい機能をもちながら超可変性を示すヒトゲノム構造機能を実験的に解析できるよう、モデル動物系の探索も行った。調べた哺乳動物すべてにRS447メガサテライト相同配列が存在し、チャイニーズハムスター、ラットから相同クローンを得た。タンデム構造、コピー数、脱ユビキチン化酵素をコードすることなど全て確認できた。このRS447配列群と最も高い相同性を示す配列として、すでにマウス脱ユビキチン化酵素であるDUB-1、DUB-2がわかっていた。しかし、マウスゲノムにはこれらの遺伝子はタンデム構造をしておらず、他にもタンデム反復した相同配列はない。そのかわりに多数の散在する相同配列は存在する。ヒトをはじめタンデム構造のRS447メガサテライト配列は種内ではほぼ100%相同(>99.3%)であり、協調進化によって変化しないような機構があることが考えられるが、マウスにはその機構がないわけであり、ヒトRS447導入トランスジェニックマウスの利用によって検討している。現在12系統得られ3系統について詳細な解析を行っている。また、類似の不安定なタンデムリピートとして、ヒトNAIP遺伝子のcDNAクローン(Yamamoto et al.,BBRC 1999)およびミニブタハンチントン病遺伝子cDNAクローン(Matsuyama et al.,in preparation)も得て解析している。