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アサガオゲノムの解析

牵牛花基因组分析

基本信息

批准号：
12202040
负责人：
仁田坂英二
金额：
--
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12202040/
关键词：
アサガオトランスポゾン Tpn Ipomoea 連鎖地図

项目摘要

アサガオは、江戸時代後期に多くの自然突然変異体が単離され、さらに大正から昭和初期にかけて、わが国で古典遺伝学的研究が盛んに行われた。本研究の目的は今後の分子生物学的研究の基礎となるようなアサガオのゲノム解析を行うことである。我々のグループは既に、アサガオの変異の大部分は、En/Spm系のTpn1類縁のトランスポゾン(Tpn1ファミリー)の挿入によるという事を見出している。具体的には以下の項目について研究を行った。1)突然変異系統の解析・整理:500系統以上、約3000個体の系統更新・写真記録を行い、この際に各系統の突然変異形質の記録を行った。2)統合的連鎖地図の作製:約400のAFLPマーカー、表現型マーカー、クローン化された遺伝子の分子マーカーを用いて15連鎖群からなる最初のバージョンの連鎖地図を作製した。今後、AFLPマーカーを、より精度の高い、クローン化された遺伝子やESTによる共優性マーカーに切り替えていきたい。3)Tpn1ファミリーの解析:Tpn1ファミリーを含む約200クローンを制限酵素地図で分類し、現在までに24グループについて塩基配列を決定した。その結果、内部配列はアサガオの遺伝子を取り込んだ特殊な構造をしていることが明らかになった。塩基配列決定したTpnの中でtransposaseをコードしている自律型因子を同定する。4)Tpn1ファミリーを指標にした突然変異体の原因遺伝子の単離・解析:Tpnによりタグされた未知有用遺伝子を簡単に同定できる簡易トランスポゾンディスプレイ(Simplified Transposon Display;STD)法を開発し、紫地に青色の絞り花を咲かせる易変性「紫」変異purple-mutableの同定に成功した。このSTD法は非常に有効であり、今後、他の易変性を示す突然変異体に応用し原因遺伝子を単離する。4)均一化cDNAライブラリーの作製・塩基配列決定等については現在準備を行っている。

In the late Edo period, many natural phenomena suddenly changed, and the study of classical heritages flourished. The purpose of this study is to provide a basis for future molecular biology research. Most of the differences between the two groups are found in the case of the Tpn1 group of the En/Spm system. Specific research projects include the following: 1)Analysis and arrangement of sudden change system: more than 500 systems, about 3000 individual system updates and photo records, and records of sudden change quality of each system. 2)Integrated linkage mapping: about 400 AFLP markers, phenotypes, and molecular markers used in 15 linkage groups. In the future, AFLP will be highly accurate, and the genetic diversity will be high. 3) Analysis of Tpn1:Tpn1 contains about 200 samples for restriction enzyme classification, and now 24 samples for determination of base alignment. As a result, the internal arrangement is different from that of the original structure. The base alignment determines whether Tpn is present or not, and whether Tpn is present or not. 4)Tpn1 is the indicator of sudden change in the cause of the gene separation analysis:Tpn is the unknown useful gene in the simplified version of the same determination, simple version of the same (Simplified Transposon Display;STD) method to develop, purple, blue and green flowers in the easy change "purple" different purple-mutable identification success. This STD law is very specific, and in the future, it is easy to show that there is a sudden change in the reason for the change. 4)Homogenization of cDNA sequences, gene alignment determination, etc.