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動的・準動的X線結晶解析法による蛋白質間相互作用の研究

利用动态和准动态 X 射线晶体学研究蛋白质-蛋白质相互作用

基本信息

批准号：
13014210
负责人：
樋口芳樹
金额：
$ 1.02万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)CO結合型およびこれを光照射により遊離させた光解離型[NiFe]ヒドロゲナーゼの超高分解能X線結晶解析を行い、水素の結合位置および初期反応機構を準動的X線結晶解析法にて解析した.その結果、阻害剤・CO分子はFe原子ではなく、Ni原子に結合することが分り、またその結合の様式は、ヘムタンパク質等で見いだされている「直線配位型」ではなく、「曲がった配位型」であることが明らかになった.さらに水素結合型と遊離型の結晶回折データから計算した差の電子密度図(Fo-Foマップ)によるとCO分子の結合と遊離の過程でNi原子とひとつのシステイン(Cys546)S原子の電子密度分布が大きく変化していることが分った.(2)DsrDタンパク質の高分解能X線結晶解析の結果から、その主鎖の折れたたみ構造のパターンはDNA結合タンパク質に見られるwinged-HTHモチーフであり、その中でもADAR1(Double-stranded RNA Adenosine Deaminase)のZαドメインの構造と酷似していることが分かった.高分解能での精密化の結果,分子表面にダイマーあたり5個の硫酸イオンが同定された.これはDsrDが核酸のリン酸イオンと相互作用する可能性とともに、亜硫酸イオンの運搬・濃縮の機能を持つ可能性も示すものである.あるいは、これらのイオンと相互作用して転写・翻訳調節に関与している可能性がある.(3)細胞分化に関与するAxinタンパク質のC末に位置しAxin全体のオリゴマー化に機能するDIXドメインの精製法の関発に成功し、またこれが酸素条件下で2量体を形成することを見出した.DIXドメイン中の3個のシステイン残基のS原子を重原子試薬PCMBでブロックしてダイマー化を阻止することにより3.0Å分解能の回折像を示す結晶を得ることに成功した.

The main results are as follows: (1) the combination of CO and X-ray photoirradiation, the X-ray crystal analysis of the ultra-high decomposition energy of X-ray diffraction, the X-ray crystal analysis method of X-ray crystal analysis prepared by the reaction mechanism at the initial stage of the reaction. The results show that blocking CO molecules, Fe atoms, Ni atoms, Ni atoms, and so on, have significant effects on the performance of linear coordination systems, such as straight-line coordination, curved coordination, and so on. Differential electron density (Fo-Fo), differential electron density (Ni), differential electron density (Cys546), differential electron density (Cys546), electron density distribution (Cys546), electron density distribution, X-ray analysis, X-ray analysis. The main reason for this is that the DNA is very similar to that of the computer, which is exactly the same as that of the ADAR1 (Double-stranded RNA Adenosine Deaminase) Z α, which is the same as that of others. The results of high decomposition can be refined, and the five sulfuric acid compounds on the molecular surface are the same as those on the molecular surface. The possibility of interaction between nucleic acid and sulfuric acid is very important. The possibility of DsrD nucleic acid interaction is different. The possibility of cell differentiation is different from that of Axin. (3) Cell differentiation and cell differentiation are not possible. (3) Cell differentiation and cell differentiation, cell differentiation and cell differentiation. Under the condition of sulfuric acid, two masses were formed and the S atoms of the three fragments were detected. The heavy atoms of the S atoms were detected in the DIX column. The chemical reaction of the heavy atoms of the PCMB fragments prevented the decomposition of the compounds 3.0. The results showed that the results showed that the cycles were successful.